Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis kesuburan perairan berdasarkan kandungan klorofil-a dan kelimpahan fitoplankton di perairan Bungkutoko. Penelitian ini dilaksanakan selama dua bulan dari bulan Januari sampai Februari 2016. Lokasi pengambilan sampel dibagi dalam tiga stasiun. Penentuan lokasi didasarkan pada karakteristik perairan Pulau Bungkutoko dengan menggunakan metode purposive sampling. Hasil pengukuran parameter utama, yakni NO3, PO4, dan NH3 berkisar 0,0100-0,0670 mg/L, 0,0010-0,0076 mg/L, dan 0,0197-0,0303 mg/L. Hasil pengukuran parameter penunjang, yakni suhu, kecerahan (m), salinitas, pH, kecepatan arus dan DO berkisar 30-31oC, 2 m, 25-31 ppt, 6, 4-4,9 m/det, 4,1-7,8 mg/L. Pengukuran kesuburan perairan menggunakan metode TRIX. Hasil kesuburan perairan berdasarkan TRIX berkisar 1,25-1,28 mg/L, berdasarkan kategori TRIX perairan Pulau Bungkutoko tergolong dalam perairan oligotrofik. Terdapat lima kelas fitoplankton yang menempati perairan Pulau Bungkutoko, yaitu kelas Bacillariaophyceace, Dynophyceace, Cyanobacteria, Rotatoria dan Synurophyceace. Kelimpahan fitoplankton berkisar 115-3066 ind/L. Kelimpahan tertinggi dari kelas Bacillariaophyceace dan terendah dari kelas Cyanobacteria, berdasarkan kategori kelimpahan fitoplankton perairan Pulau Bungkutoko tergolong dalam periaran mesotrofik. Hasil pengukuran kandungan klorofil-a di perairan Pulau Bungkutoko berkisar 0,09-1,58 mg/m3, berdasarkan kategori kandungan klorofil-a perairan Pulau Bungkutoko tergolong dalam perairan oligotrofik-mesotrofik.Kata kunci: Kesuburan Perairan, Fitoplankton, Klorofil-a, Pulau Bungkutoko