Paradigma integrasi-interkoneksi yang dikembangkan oleh M. Amin Abdullah telah menjadi salah satu pendekatan paling berpengaruh dalam upaya mendamaikan ilmu agama dan sains modern di perguruan tinggi Islam Indonesia. Artikel ini menganalisis implementasi paradigma integrasi-interkoneksi dalam pengembangan keilmuan Islam kontemporer dengan mengidentifikasi lima dimensi kunci implementasi, yakni epistemologis, metodologis, kurikular-pedagogis, institusional-struktural, dan kultural-kontekstual. Melalui pendekatan kualitatif-deskriptif dengan analisis literatur sistematis, penelitian ini mengembangkan kerangka kerja komprehensif yang mencakup indikator terukur untuk setiap dimensi, model kematangan transformasi empat fase yang terdiri dari dekonstruksi, reorientasi, integrasi-interkoneksi, dan institusionalisasi, serta studi kasus tiga institusi pendidikan Islam di Indonesia. Temuan menunjukkan bahwa implementasi paradigma integrasi-interkoneksi menghadapi tantangan signifikan pada dimensi epistemologis dan institusional, sementara dimensi kurikular-pedagogis menunjukkan kemajuan relatif lebih konsisten. Analisis kritis mengidentifikasi empat risiko utama yang meliputi risiko epistemologis berupa integrasi superficial, risiko institusional berupa resistensi struktural, risiko pedagogis berupa kesenjangan implementasi, dan risiko kontekstual berupa kehilangan identitas lokal. Artikel ini menyumbangkan model implementasi yang dapat dijadikan panduan bagi institusi pendidikan Islam dalam mengoperasionalisasikan paradigma integrasi-interkoneksi secara berkelanjutan dan kontekstual.