Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji sistem kepemimpinan pendidikan yang diterapkan dalam meningkatkan capaian akademik peserta didik di MTs Ex PGA Proyek UNIVA Medan, sekaligus mengidentifikasi berbagai kendala yang dihadapi serta kondisi capaian akademik siswa. Penelitian menggunakan pendekatan kualitatif dengan desain deskriptif berlandaskan perspektif fenomenologis. Pengumpulan data dilakukan melalui teknik observasi, wawancara, dan studi dokumentasi terhadap informan yang dipilih secara purposive, meliputi kepala madrasah, wakil kepala madrasah, guru, siswa, dan orang tua. Data yang diperoleh dianalisis menggunakan model analisis interaktif Miles dan Huberman, yang mencakup tahapan reduksi data, penyajian data, serta penarikan dan verifikasi kesimpulan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kepemimpinan kepala madrasah berperan penting dalam meningkatkan capaian akademik siswa melalui penguatan kompetensi guru, supervisi akademik, pengembangan budaya akademik, serta pelaksanaan program pembelajaran tambahan. Hambatan yang ditemukan meliputi rendahnya motivasi belajar siswa, perbedaan kemampuan akademik, keterbatasan sarana dan prasarana, kurangnya dukungan keluarga, pengaruh penggunaan gawai, serta rendahnya disiplin belajar. Sementara itu, capaian akademik siswa secara umum berada pada kategori baik yang ditunjukkan oleh tingkat ketuntasan belajar yang tinggi dan peningkatan hasil belajar dari waktu ke waktu. Dengan demikian, sistem kepemimpinan pendidikan yang berjalan secara efektif terbukti berkontribusi secara signifikan dalam meningkatkan capaian akademik peserta didik, meskipun penguatan pada aspek proses pembelajaran, pemberian motivasi, serta kerja sama dengan orang tua masih perlu terus dioptimalkan