Tujuan dalam penelitian ini adalah untuk mengetahui 1) pengaruh motivasi belajar terhadap kemampuan berpikir kritis siswa melalui penggunaan media animasi di MTs Negeri 2 Halmahera Selatan. 2) pengaruh kemandirian belajar terhadap kemampuan berpikir kritis siswa melalui penggunaan media animasi  di MTs Negeri 2 Halmahera Selatan. 3) pengaruh motivasi dan kemandirian belajar terhadap kemampuan berpikir kritis siswa melalui penggunaan media animasi di MTs Negeri 2 Halmahera Selatan. Jenis penelitian yang digunakan dalam penelitian ini adalah bersifat eksperimen dengan desain penelitian korelasional. Sampel dalam penelitian ini siswa kelas VIII A MTs Negeri 2 Halmahera Selatan yang berjumlah 20 siswa. Data diperoleh dengan menggunakan Teknik tes untuk variabel Y dan non tes (kuesioner) untuk variabel X1 dan X2. Instrumen yang dipakai sebelumnya diujicoba. Teknik analisis data yang digunakan adalah analisis regresi linear sederhana dan regresi ganda. Hasil analisis menunjukan bahwa terdapat Pengaruh motivasi dan kemandirian belajar terhadap kemampuan berpikir kritis siswa menggunkan media animasi. Berdasarkan hasil analisis data untuk melihat pengaruh motivasi belajar terhadap kemampuan berpikir kritis siswa diperoleh nilai sebesar 11,021 dengan Ftab = 4,41 sehingga dapat dikatakan Fhit Ftab, dan thit ttab  atau 3,316 2,101 sehingga hipotesis yang menyatakan terdapat pengaruh motivasi belajar terhadap kemampuan berpikir kritis siswa dapat diterima. Uji hipotesis yang sama diperlakukan untuk melihat pengaruh kemandirian belajar terhadap kemampuan berpikir kritis siswa diperoleh nilai sebesar 16,405 atau Fhit Ftab dan thit ttab  4,302 2,101 sehingga berdasarkan pengujian hipotesis tersebut menunjukan bahwa hipotesis Ha diterima dan hipotesis Ho ditolak. Hal ini menunjukan terdapat pengaruh antara kemanidrian belajar terhadap kemampuan berpikir kritis siswa kelas VIII-A MTs Negeri 2 Halmahera Selatan pada konsep pesawat sederhana. Sedangkan untuk melihat besar pengaruh motivasi dan kemandirian belajar secara bersama-sama terhadap kemampuan berpikir kritis siswa memilik konstribusi sebesar 55,65% maka Ha diterima pada taraf signifikan α = 5 %