Persalinan preterm adalah persalinan sebelum gestasi 37 minggu. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi bakteri dalam plasenta yang paling sering muncul dan besar risiko terhadap kejadian persalinan preterm menggunakan PCR 16S rRNA. Desain penelitian adalah hybrid dengan desain cross sectional study dan case kontrol. Pengambilan sampel dilakukan dengan teknik purposive sampling pada ibu bersalin di Rumah Sakit Khusus Daerah Ibu dan Anak Siti Fatimah Makassar, Rumah Sakit Ibu dan Anak Siti Khadija I Makassar, dan Rumah Sakit Umum Daerah Kota Makassar pada Juni sampai Agustus 2019. Sampel penelitian terdiri dari 50 plasenta ibu bersalin, yang terdiri dari 25 ibu bersalin preterm (kasus) dan 25 ibu bersalin aterm (kontrol). Hasil analisa nucleotide BLAS, didapatkan bakteri Stenotrophomonas maltophilia (36,0%) merupakan bakteri modus tertinggi yang muncul pada plasenta preterm dan terdapat hubungan yang signifikan (p-value=0.039) terhadap kejadian persalinan preterm dengan nilai OR = 5.905 yang berarti ibu yang terinfeksi bakteri Stenotrophomonas maltophilia mempunyai risiko 5.905 kali untuk mengalami persalinan preterm, kemudian bakteri Acinetobacter sp. (12,0%) sedangkan modus tertinggi yang muncul pada plasenta aterm adalah bakteri Pseudomonas sp (21,7%) dan Bacillus (13%). Terdapat mikrobiota pada plasenta persalinan aterm maupun plasenta preterm, dan bakteri Stenotrophomonas maltophilia merupakan bakteri modus tertinggi yang muncul pada plasenta preterm dengan nilai OR = 5.905 yang berarti ibu yang terinfeksi bakteri Stenotrophomonas maltophilia mempunyai risiko 5.905 kali lipat untuk mengalami persalinan preterm