Claim Missing Document
Check
Articles

Found 4 Documents
Search

RANCANGAN PRIMER UNTUK DETEKSI VIRUS DENGUE SEROTIPE DENV-3 DAN DENV-4 DENGAN METODE NASBA DAN LFIA Dhian Prastowo; Asmarani Kusumawati; Triwibowo Ambar Garjito; Sitti Rahmah Umniyati; Mega Tyas Prihatin
Vektora : Jurnal Vektor dan Reservoir Penyakit Vol 13 No 1 (2021): Vektora : Jurnal Vektor dan Reservoir Penyakit
Publisher : Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Vektor dan Reservoir Penyakit (B2P2VRP) Salatiga

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22435/vk.v13i1.2494

Abstract

Simple, fast, and accurate early detection is expected to reduce the mortality rate due to dengue infection. The dengue virus RNA detection method using Nucleic Acid Sequence-Based Amplification (NASBA) is an alternative method that can reduce the use of a thermocycler. The detection of NASBA amplicons was carried out using the Lateral Flow Assay (LFIA). This study was conducted to prove the effectiveness of the new primer design to detect dengue virus serotypes DENV-3 and DENV-4. In addition, this study was also conducted to measure the sensitivity and specificity of the LFIA method to detect dengue virus serotypes DENV-3 and DENV-4. The initial stage of this research was the isolation of dengue virus RNA from C6/36 cell cultures, then proceeded to design primers for NASBA and LFIA probes. NASBA reactions were performed on dengue virus serotypes DENV-3 and DENV-4 and DENV-4. The NASBA reaction products were then visualized on LFIA and agarose gel electrophoresis. The NASBA method with a new primary design can be used for the detection of dengue virus serotypes DENV-3 and DENV-4 as evidenced by electrophoresis results bands at 196 bp and 144 bp. The LFIA method with probe design can be used for the detection of dengue virus serotype DENV-3 and DENV-4 dengue virus serotype with a positive line on the test line on LFIA. The LFIA method for the detection of the dengue virus has a sensitivity up to a concentration of 10-3 (1 g/μl). The results of this study indicate that the newly designed primers are specific and sensitive for DENV-3 and DENV-4 dengue virus serotypes detection. Abstrak Deteksi dini yang sederhana, cepat dan akurat diharapkan dapat mengurangi tingkat kematian akibat infeksi dengue. Metode deteksi RNA virus dengue dengan Nucleic Acid Sequence-Based Amplification (NASBA) merupakan metode alternatif yang dapat mengurangi penggunaan thermocycler. Deteksi amplikon hasil NASBA dilakukan dengan Lateral Flow Assay (LFIA). Studi ini dilakukan untuk membuktikan efektivitas desain baru primer untuk mendeteksi virus dengue serotipe DENV-3 dan DENV-4. Di samping itu, studi ini juga dilakukan untuk mengukur sensitivitas dan spesifisitas metode LFIA untuk mendeteksi virus dengue serotype DENV-3 dan DENV-4. Tahap awal penelitian ini adalah isolasi RNA virus dengue dari kultur sel C6/36, kemudian dilanjutkan dengan merancang primer untuk NASBA dan probe LFIA. Reaksi NASBA dilakukan pada virus dengue serotipe DENV-3 dan DENV-4 dan DENV-4. Produk reaksi NASBA kemudian divisualisasikan pada LFIA dan elektroforesis gel agarosa. Metode NASBA dengan desain primer baru dapat digunakan untuk deteksi virus dengue serotipe DENV-3 dan DENV-4 yang dibuktikan oleh pita hasil elektroforesis pada 196 bp dan 144 bp. Metode LFIA dengan desain probe dapat digunakan untuk deteksi virus dengue serotipe DENV-3 dan DENV-4 serotipe virus dengue dengan garis positif pada garis uji pada LFIA. Metode LFIA untuk deteksi virus dengue memiliki sensitivitas hingga konsentrasi 10-3 (1 μg/μl). Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa primer baru yang dirancang bersifat spesifik dan sensitif untuk deteksi serotipe virus dengue DENV-3 dan DENV-4.
ANALISIS KEBERADAAN VEKTOR STADIUM PRADEWASA DAN DEWASA TERHADAP SIRKULASI VIRUS DEMAM BERDARAH DENGUE DAN CHIKUNGUNYA DI PROVINSI DKI JAKARTA Riyani Setiyaningsih; Ary Oktsari Yanti S; Mega Tyas Prihatin; Evi Sulistyorini; Dwi Susilo; Marjiyanto Marjiyanto; Mujiyanto Mujiyanto; Siti Alfiah; Triwibowo Ambar Garjito
Vektora : Jurnal Vektor dan Reservoir Penyakit Vol 12 No 1 (2020): Vektora : Jurnal Vektor dan Reservoir Penyakit
Publisher : Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Vektor dan Reservoir Penyakit (B2P2VRP) Salatiga

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22435/vk.v12i1.2930

Abstract

The Special Capital Region of Jakarta is the sixth-highest province with a DHF incidence in Indonesia in 2017, however, no Chikungunya cases were found. North Jakarta, East Jakarta, and West Jakarta were reported as high endemic dengue areas. The purpose of this study to identify the behavior, distribution patterns of dengue vector and chikungunya, and their pathogens as well as their potential transmission in North, East, and West Jakarta. Entomological surveys were conducted by human landing collection, around cattle collection, animal-baited traps, and light traps. The larvae survey was also conducted in selected 100 houses in the study areas. Mosquitoes and larvae of the Aedes genus were collected and examined for the presence of dengue and chikungunya viruses using molecular analysis. The results showed that Ae. aegypti identified as the main Dengue vector and chikungunya vector in DKI Jakarta. Dengue and chikungunya vector were found in various breeding habitat indoor. During this study, Dengue and chikungunya viruses were found in North and West Jakarta. Whereas in East Jakarta only the chikungunya virus circulation was found. Abstrak Daerah Khusus Ibukota Jakarta merupakan provinsi dengan kasus demam berdarah dengue (DBD) tertinggi ke enam di Indonesia pada tahun 2017, tetapi kasus chikungunya tidak ditemukan. Wilayah dengan kasus DBD tinggi antara lain Jakarta Utara, Jakarta Timur dan Jakarta Barat. Faktor yang mempengaruhi peningkatan kasus DBD dan chikungunya di suatu daerah antara lain keberadaan vektor dan patogennya. Tujuan penelitian adalah mengetahui perilaku, pola distribusi vektor DBD dan Chikungunya, patogen; serta potensi penularannya di Jakarta Utara, Timur, dan Barat Provinsi DKI Jakarta. Metode penangkapan nyamuk dilakukan dengan umpan orang, umpan ternak, animal-baited trap dan light trap. Survei jentik dilakukan di 100 bangunan masing-masing di Jakarta Utara, Jakarta Timur dan Jakarta Barat. Keberadaan patogen pada nyamuk dan jentik dari genus Aedes diperiksa secara molekuler. Hasil penelitian menunjukkan vektor DBD dan chikungunya di DKI Jakarta adalah Aedes aegypti. Nyamuk ini ditemukan dominan pada siang hari namun juga berhasil dikoleksi pada malam hari. Tempat perkembangbiakan vektor DBD dan chikungunya cenderung ditemukan di berbagai tempat penampungan air di dalam rumah. Sirkulasi virus DBD dan chikungunya ditemukan di wilayah Jakarta Utara dan Barat, sedangkan di Jakarta Timur hanya diemukan sirkulasi virus chikungunya.
Analisis Diskriminan Fisher untuk Hubungan Incidence Rate dengan Indeks Entomologi berdasarkan Klasifikasi Ekosistem Revi Rosavika Kinansi; Mega Tyas Prihatin
Buletin Penelitian Sistem Kesehatan Vol 22 No 4 (2019): Buletin Penelitian Sistem Kesehatan
Publisher : Pusat Penelitian dan Pengembangan Humaniora dan Manajemen Kesehatan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (291.363 KB) | DOI: 10.22435/hsr.v22i4.2151

Abstract

Discriminant analysis is one of the statistical techniques that may use to provide the most appropriate estimation for classifying individuals into one group based on the independent variable score (discriminant score). There are 2 main assumptions in discriminant analysis such as fulfilled data normality and similarity of variant-covariants. This study aims to determine whether there is a relationship between DHF Incidence Rate (IR) and entomology index if a region is classified as a coast-not a coast and rural-urban. This research conducted in 78 districts in Indonesia carried out in Disease Reservoir and Vector Specific Research from 2016 to 2017. The geographical area of ​​Indonesia which has a tropical climate with three months of rainy season in December, January, February and three months of the dry season in June, July, August can be a hyperendemic area of ​​DHF. This condition is exacerbated by the development of increasingly complex urban areas and the development of rural areas into cities that reduce environmental quality and have an impact on the expansion of the habitat of Aedes aegypti as vector of DHF. The data to be analyzed are the entomology index in the form of numbers of HI, BI, CI and ABJ against IR. The results of the analysis provide information that the very low value of Canonical Correlation is 0.076 classified as coast and not coast so that there is no relationship between the independent variable and the dependent variable. While the Canonical Correlation value is quite high, which is 0.219 classified as rural and urban showed that there is a relationship between the independent variable and the dependent variable. Based on the results, densely populated ecosystems in urban or rural areas have a great chance of cases of dengue hemorrhagic fever, so people need to monitor mosquito larvae to control DHF. Abstrak Analisis diskriminan adalah salah satu teknik statistik yang dapat digunakan untuk memberikan pendugaan yang paling tepat untuk mengklasifikasikan individu ke dalam salah satu kelompok berdasarkan skor variabel bebas (skor diskriminan). Terdapat 2 asumsi utama dalam melakukan analisis diskriminan, yaitu normalitas data harus terpenuhi dan kesamaan varian-kovarian. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui apakah terdapat hubungan antara Incidence Rate (IR) DBD dengan indeks entomologi jika suatu wilayah diklasifikasi menjadi pantai-bukan pantai dan perdesaan-perkotaan. Penelitian telah dilakukan di 78 kabupaten di Indonesia pada Riset Khusus Vektor dan Reservoir Penyakit tahun 2016 hingga 2017. Wilayah geografis Indonesia yang beriklim tropis dengan tiga bulan musim hujan pada Desember, Januari, Februari dan tiga bulan musim kemarau pada Juni, Juli, Agustus dapat menjadi wilayah hiperendemik DBD. Kondisi tersebut diperparah oleh perkembangan wilayah perkotaan yang semakin kompleks dan perkembangan wilayah pedesaan menjadi kota yang menurunkan kualitas lingkungan hidup dan berdampak pada perluasan habitat nyamuk Aedes aegypti vektor penyakit DBD. Data yang akan dianalisis adalah data indeks entomologi berupa angka HI, BI, CI dan ABJ terhadap IR. Hasil analisis memberikan informasi bahwa nilai Canonical Correlation yang sangat rendah yaitu 0,076, jika diklasifikasi menjadi pantai dan bukan pantai menunjukkan tidak terdapat hubungan antara variabel bebas dengan variabel terikat. Nilai Canonical Correlation yang cukup tinggi yaitu 0,219, jika diklasifikasi menjadi perdesaan dan perkotaan menunjukkan terdapat hubungan antara variabel bebas dengan variabel terikat nya. Berdasarkan hasil penelitian ini, ekosistem padat penduduk di perkotaan atau perdesaan memiliki peluang besar terhadap adanya kasus demam berdarah dengue, sehingga masyarakat perlu melakukan monitoring terhadap jentik nyamuk untuk pengendalian DBD.
Keberadaan Jentik Aedes sp. pada Controllable Sites dan Dispossable Sites di Indonesia (Studi Kasus di 15 Provinsi) Revi Rosavika Kinansi; Triwibowo Ambar Garjito; Mega Tyas Prihatin; Muhammad Choirul Hidajat; Yusnita Mirna Anggraeni; Wening Widjajanti
ASPIRATOR - Journal of Vector-borne Disease Studies Vol 11 No 1 (2019): Jurnal Aspirator Volume 11 Nomor 1 2019
Publisher : Loka Litbang Kesehatan Pangandaran

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (515.304 KB) | DOI: 10.22435/asp.v11i1.540

Abstract

Penyakit Demam Berdarah Dengue (DBD) masih menjadi masalah kesehatan masyarakat yang utama di Indonesia. Peningkatan kasus DBD di Indonesia tidak lepas dari keberadaan nyamuk Aedes sp. sebagai vektor penular. Salah satu faktor yang berpengaruh terhadap angka kejadian DBD adalah jumlah populasi jentik nyamuk Aedes sp., populasi jentik sangat dipengaruhi oleh karakteristik habitatnya. Data Riset Khusus Vektor dan Reservoir tahun 2016 memuat tentang tingkat kepadatan jentik nyamuk Aedes sp. melalui tempat penampungan air (TPA) yang dilihat dari controllable sites dan dispossable sites. Data diambil di 15 provinsi di Indonesia, yaitu Provinsi Aceh, Provinsi Lampung, Provinsi Bangka Belitung, Provinsi Jawa Barat, Provinsi Jawa Timur, Provinsi Banten, Provinsi Nusa Tenggara Barat, Provinsi Nusa Tenggara Timur, Provinsi Kalimantan Barat, Provinsi Kalimantan Selatan, Provinsi Sulawesi Utara, Provinsi Sulawesi Tenggara, Provinsi Maluku, dan Provinsi Maluku Utara. Hasil yang diperoleh dalam penelitian ini yaitu dari 11.491 TPA diperiksa, didapatkan 11.301 controllable sites dan 190 dispossable sites. Jumlah controllable sites lebih banyak didapati jentik karena digunakan dalam kehidupan sehari-hari. Terdapat 18 kabupaten/kota memiliki density figure kategori sedang dan 27 kabupaten/kota dikategorikan memiliki kepadatan jentik yang tinggi. Cara yang dianggap efektif dan tepat dalam pencegahan dan pemberantasan DBD saat ini adalah dengan memberantas sarang nyamuk penularnya (PSN-DBD) melalui gerakan 3M plus yang memerlukan partisipasi seluruh lapisan masyarakat.