Merkuri adalah logam berat yang dapat menimbulkan berbagai masalah kesehatan dan yang paling fatal dapat menyebabkan kematian terhadap makhluk hidup. Permasalahan limbah merkuri khususnya di Provinsi Aceh terjadi melalui kegiatan penambangan emas ilegal sejak 2007, yang berdampak pada matinya ribuan spesies ikan di Sungai Krueng Sabee. Pemanfaatan bakteri resisten merkuri (BRM) seperti Bacillus dalam proses bioremediasi dapat mengurangi bahaya pencemaran tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk melihat Bakteri Bacillus DA11 yang diaplikasikan pada air sungai tercemar limbah merkuri, untuk mengetahui pengaruh Bakteri Bacillus DA11 dalam bioaugmentasi limbah merkuri di Sungai Krueng Sabee, Aceh Jaya. Penelitian ini dilaksanakan di Laboratorium Biologi Tanah, Program Studi Agroteknologi,Fakultas Pertanian, Universitas Syiah Kuala dengan menggunakan Rancangan Acak Lengkap RAL-Faktorial. Terdapat dua faktor yang diteliti yaitu Bacillus DA11 (tanpa Inokulan, 10% Inokulan, dan 20% Inokulan) dan faktorlokasi pengambilan sampel air sungai tercemar merkuri (hulu, median dan hilir). Percobaan dilakukan dengan tiga ulangan sehingga terdapat 27 satuanpercobaan. Pada setiap Daerah Aliran Sungai (DAS) diambil sampel air sebanyak 4,5 liter dan dianalisis kadar merkuri awal di Laboratorium MIPA Kimia, Universitas Syiah Kuala, dengan metode AAS. Isolat Bacillus DA11 diperoleh dari Laboratorium Mikrobiologi dan Bioteknologi Jurusan Biologi Institut Teknologi Sepuluh November (ITS). Parameter yang diamati berupa kadar merkuri, pH air, dan suhu air. Hasil penelitian menunjukkan bahwa tanpa pemberian Bacillus berpengaruh sangat nyata terhadap penurunan kadar merkuri. Pemberian populasi bakteri 20% berpengaruh sangat nyata terhadap peningkatan pH air sungai. Hilir sungai berpengaruh nyata terhadap peningkatan suhu air sungai, pada 24 jam setelah bioaugmentasi. hal ini disebabkan adanya bakteri indigen yang terdapat pada air sungai yang berfungsi mereduksi merkuri pada air sungai tersebut, sehingga dalam hal ini faktor lingkungan mempengaruhi reduksi merkuri.