Sukenda Sukenda
Departemen Budidaya Perairan-FPIK, Institut Pertanian Bogor, Bogor

Published : 4 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 4 Documents
Search

DETEKSI GEN-GEN PENYANDI FAKTOR VIRULENSI PADA BAKTERI VIBRIO Ince Ayu Khairani Kadriah; Endang Susianingsih; Sukenda Sukenda; Munti Yuhana; Enang Harris
Jurnal Riset Akuakultur Vol 6, No 1 (2011): (April 2011)
Publisher : Pusat Riset Perikanan, Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (660.041 KB) | DOI: 10.15578/jra.6.1.2011.119-130

Abstract

Penelitian untuk mendeteksi gen-gen penyandi virulensi dilakukan denganmenggunakan isolat bakteri yang diisolasi dari budidaya udang windu di berbagai daerah di Sulawesi Selatan dan Jawa. Pada penelitian ini digunakan primer spesifik untuk mendeteksi gen-gen virulen toxR gene, hemolysin (vvh) gene, dan GyrB gene dengan metode PCR. Dari 35 isolat yang diisolasi, 20 isolat terdeteksi memiliki gen virulensi dan 8 di antaranya memiliki dua gen virulen. Spesies bakteri yang memiliki gen virulen adalah: V.harveyi, V. parahaemolyticus, V. mimicus, dan V. campbelli
KARAKTERISTIK SEKUEN cDNA PENGKODE GEN ANTI VIRUS DARI UDANG WINDU, Penaeus monodon Andi Parenrengi; Alimuddin Alimuddin; Sukenda Sukenda; Komar Sumantadinata; Andi Tenriulo
Jurnal Riset Akuakultur Vol 4, No 1 (2009): (April 2009)
Publisher : Pusat Riset Perikanan, Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (434.829 KB) | DOI: 10.15578/jra.4.1.2009.1-13

Abstract

Transgenesis pada ikan merupakan sebuah teknik modern yang berpotensi besar dalam menghasilkan organisme yang memiliki karakter lebih baik melalui rekombinan DNA gen target termasuk gen anti virus dalam peningkatan resistensi pada udang. Gen anti virus PmAV (Penaeus monodon Anti Viral gene) merupakan salah satu gen pengkode anti virus yang berasal dari spesies krustase. Penelitian ini dilakukan untuk mengetahui karakteristik gen anti virus yang diisolasi dari udang windu, Penaeus monodon. Isolasi gen anti virus menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dan selanjutnya dipurifikasi untuk sekuensing. Data yang dihasilkan dianalisis dengan program Genetyx Versi 7 dan basic local alignment search tool (BLAST). Hasil penelitian menunjukkan bahwa gen anti virus PmAV yang berhasil diisolasi dari cDNA udang windu dengan panjang sekuen 520 bp yang mengkodekan 170 asam amino. BLAST-N menunjukkan tingkat similaritas yang sangat tinggi (100%) dengan gen anti virus yang ada di GeneBank. Komposisi asam amino penyusun gen anti virus yang paling besar adalah serin (10,00%), sedangkan yang terkecil adalah asam amino prolin dan lisin masing-masing 1,76%. Analisis sekuen gen dan deduksi asam amino (BLAST-P) memperlihatkan adanya C-type lectin-like domain (CTLD) yang memiliki kemiripan dengan gen C-type lectin yang diisolasi dari beberapa spesies krustase.Transgenic fish technology is a potential modern technique in producing better character organism through DNA recombinant of target genes including anti viral gene for improvement of shrimp immunity. PmAV (Penaeus monodon Anti Viral) gene is one of anti viral genes isolated from crustacean species. The research was conducted to analyze the characteristics anti viral gene isolated from tiger prawn, Penaeus monodon. Anti viral gene was isolated using Polymerase Chain Reaction (PCR) technique and then purified for sequencing. Data obtained were analyzed using Genetyx Version 7 software and basic local alignment search tool (BLAST). The results showed that the PmAV antiviral gene has been isolated from cDNA of tiger prawn at the position of approximately 520 bp consisting of 170 amino acids. BLAST-N showed high similarity (100%) compared to the other anti viral genes deposited at the GeneBank. The highest percentage of amino acid encoding anti viral gene is serine (10.00%), while the lowest is proline and lysine (1.76%). Sequence analysis and amino acid deduction (BLAST-P) revealed a C-type lectin-like domain (CTLD) that is similar with the C-type lectin gene isolated from several crustacean species.
ISOLASI DAN SELEKSI BAKTERI PROBIOTIK DARI LINGKUNGAN TAMBAK DAN HATCHERI UNTUK PENGENDALIAN PENYAKIT VIBRIOSIS PADA LARVA UDANG WINDU, Penaeus monodon Widanarni Widanarni; Fahmi Rajab; Sukenda Sukenda; Mia Setiawati
Jurnal Riset Akuakultur Vol 5, No 1 (2010): (April 2010)
Publisher : Pusat Riset Perikanan, Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (299.26 KB) | DOI: 10.15578/jra.5.1.2010.103-113

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh bakteri probiotik yang mampu menghambat pertumbuhan Vibrio harveyi untuk pengendalian penyakit vibriosis pada larva udang windu. Jumlah isolat bakteri yang berhasil diisolasi dari 34 sumber yang berbeda di lingkungan tambak dan hatcheri ada 118 isolat. Dari total isolat tersebut setelah diseleksi secara in vitro menggunakan metode Kirby-Bauer dipilih 3 isolat bakteri kandidat probiotik yang paling potensial dalam menghambat pertumbuhan bakteri V. harveyi MR5339, yaitu isolat 9a berasal dari Cyclotella dengan zona hambat 12,8 mm; isolat Ua berasal dari saluran pencernaan udang vaname dengan zona hambat 14,5 mm; dan isolat P17Bb berasal dari air pemeliharaan kerapu bebek dengan zona hambat 15,0 mm. Hasil uji patogenisitas dengan konsentrasi bakteri 106 CFU/mL menunjukkan bahwa ketiga isolat tersebut tidak bersifat patogen pada larva udang windu. Hasil uji tantang pada larva udang juga menunjukkan bahwa ketiga isolat tersebut mampu meningkatkan sintasan larva udang windu. Nilai sintasan larva pada perlakuan yang selain diinfeksi dengan V. harveyi MR5339 juga ditambah probiotik Ua, 9a, dan P17Bb masing-masing adalah 88,3%; 88,3%; dan 76,7% sedangkan pada perlakuan yang hanya diinfeksi dengan V. harveyi MR5339 tanpa probiotik nilai sintasannya hanya mencapai 65,0%. Populasi V. harveyi pada perlakuan dengan penambahan bakteri probiotik tampak lebih rendah dibanding perlakuan tanpa probiotik, hal ini menunjukkan kemungkinan adanya kompetisi antara bakteri V. harveyi dengan bakteri probiotik
SELEKSI BAKTERI PROBIOTIK UNTUK BIOKONTROL VIBRIOSIS PADA LARVA UDANG WINDU, Penaeus monodon MENGGUNAKAN CARA KULTUR BERSAMA Widanarni Widanarni; I. Tepu; Sukenda Sukenda; Mia Setiawati
Jurnal Riset Akuakultur Vol 4, No 1 (2009): (April 2009)
Publisher : Pusat Riset Perikanan, Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (880.757 KB) | DOI: 10.15578/jra.4.1.2009.95-105

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk memperoleh bakteri probiotik yang mampu menghambat pertumbuhan Vibrio harveyi mengggunakan metode kultur bersama. Sebanyak 51 isolat kandidat probiotik berhasil diisolasi dari larva udang dan lingkungan pemeliharaannya di Balai Pengembangan Benih Ikan Air Payau dan Udang (BPBILAPU), Pangandaran serta hatcheri udang PT Biru Laut Khatulistiwa dan tambak udang intensif di Lampung. Dari total isolat tersebut setelah diseleksi secara in vitro menggunakan metode kultur bersama dipilih 3 isolat kandidat probiotik yang paling potensial dalam menekan atau menghambat pertumbuhan V. harveyi MR 5399 RfR yakni 1Ub, P20Bf, dan 10a. Ketiga isolat tersebut selanjutnya digunakan pada uji patogenisitas dan uji tantang pada larva udang windu. Hasil uji patogenisitas dengan konsentrasi bakteri 106 CFU/mL menunjukkan bahwa ketiga isolat tersebut tidak bersifat patogen pada larva udang windu. Hasil uji tantang pada larva udang juga menunjukkan bahwa ketiga isolat tersebut mampu meningkatkan sintasan larva udang windu. Nilai sintasan larva pada perlakuan yang selain diinfeksi dengan V. harveyi MR5399 RfR juga ditambah probiotik 1Ub, P20Bf, dan 10a masing-masing adalah 90,0%; 86,7%; dan 78,3% sedangkan pada perlakuan yang hanya diinfeksi dengan V. harveyi MR5399 RfR tanpa probiotik nilai sintasannya hanya mencapai 73,3%. Populasi bakteri V. harveyi pada perlakuan dengan penambahan bakteri probiotik lebih rendah dibanding perlakuan tanpa probiotik, hal ini menunjukkan kemungkinan adanya kompetisi antara bakteri V. harveyi dengan 1Ub.This research was aimed to obtain probiotic bacteria that can be used to inhibit the growth of Vibrio harveyi using co-culture method. This method succeeded in isolating 51 probiotic bacteria candidates from shrimp larva and their rearing environment in Balai Pengembangan Benih Ikan Laut Payau dan Udang (BPBILAPU), Pangandaran and shrimp hatchery of PT Biru Laut Khatulistiwa and intensively managed shrimp pond in Lampung. After in vitro selection of the total isolates using co-culture method, three most potential probiotic bacteria candidates in inhibiting or suppressing growth of V. harveyi MR 5399 RfR bacteria were chosen. The three isolates were then used in pathogenicity and challenge test in tiger shrimp larva. Results of pathogenicity test at the concentration of 106 CFU/mL bacteria showed that the three isolates were not pathogen to tiger shrimp larvae. Challenge test results in shrimp larvae also showed that the three isolates could increase survival rates of tiger shrimp larva. Larva survival rate value of treatment using V. harveyi MR5399 RfR with 1Ub, P20Bf, dan 10a probiotic were 90.0%, 86.7% dan 78.3%, respectively; whereas infection treatment merely using V. harveyi MR5399 RfR without probiotic only gave 73.3% survival rate. V. harveyi population in treatment with addition of probiotic bacteria were lower than that of without probiotic. This suggested the existence of possible competition between V. harveyi and 1Ub bacteria.