Garuda - Garba Rujukan Digital

EFEKTIVITAS METODE TRANSFEKSI DALAM TRANSFER GEN PADA ZIGOT IKAN CUPANG ALAM (WILD BETTA), Betta imbellis Anjang Bangun Prasetio; Eni Kusrini; Ruby Vidia Kusumah; Sawung Cindelaras; Siti Murniasih
Jurnal Riset Akuakultur Vol 8, No 2 (2013): (Agustus 2013)
Publisher : Pusat Riset Perikanan, Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan

Transfeksi merupakan salah satu metode transfer gen (transgenesis) yang tepatdiaplikasikan pada cupang alam (wild betta), Betta imbellis dikarenakan pemijahannya yang alami dan sulit untuk dilakukan stimulasi. Penelitian yang terkait dengan upaya peningkatan kualitas warna ikan cupang alam ini bertujuan untuk melihat efektivitas metode transfeksi dalam penyisipan gen asing pada zigot B. imbellis. Analisis laboratorium dan proses pemeliharaan ikan dilaksanakan di Balai Penelitian dan Pengembangan Budidaya Ikan Hias serta Balai Penelitian Pemuliaan Ikan, selama enam bulan. Calon induk B. imbellis diseleksi dan dipijahkan dengan perbandingan 1 :1, selanjutnya dilakukan transfeksi pada telur yang telah dibuahi, sebagian kecil diambil untuk isolasi DNA dan di-PCR. Gen asing yang digunakan untuk perlakuan adalah Green Flourenscent Protein (GFP) 1:1 dan 3:1 serta Red Flourescent Protein (RFP) 1:1dan 3:1 dengan jumlah ulangan masing-masing sebanyak enam kali. Sebagai kontrol, ditambahkan juga perlakuan non transfeksi (non transgenik) yaitu tanpa penyisipan gen GFP maupun RFP. Pengamatan dilakukan sejak perkembangan zigot mulai dari penghitungan derajat penetasan (HR) dan sintasan larva (SR). Hasil penelitian menunjukkan bahwa setelah dilakukan transfeksi tidak memperlihatkan pola yang jelas dari setiap perlakuan, namun secara umum tidak berbeda signifikan dengan kontrol non transgenik. PCR pada embrio dan larva menunjukkan hasil positif di mana DNA teramplifikasi pada ukuran sekitar 0,6 kb untuk beberapa ulangan. Dari hasil yang diperoleh ini dapat ditarik kesimpulan bahwa metode transfeksi efektif digunakan untuk transfer gen ikan cupang alam, wild betta (Betta imbellis).

DNA BARCODING IKAN HIAS INTRODUKSI Melta Rini Fahmi; Ruby Vidia Kusumah; Idil Ardi; Shofihar Sinansari; Eni Kusrini
Jurnal Riset Akuakultur Vol 12, No 1 (2017): (Maret 2017)
Publisher : Pusat Riset Perikanan, Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan

Identifikasi spesies menjadi tantangan dalam pengelolaan ikan hias introduksi baik untuk tujuan budidaya maupun konservasi. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan identifikasi molekuler ikan hias introduksi yang beredar di pembudidaya dan pasar ikan hias Indonesia dengan menggunakan barcode DNA gen COI. Sampel ikan diperoleh dari pembudidaya dan importir ikan hias di kawasan Bandung dan Jakarta. Total DNA diekstraksi dari jaringan sirip ekor dengan menggunakan metode kolom. Amplifikasi gen target dilakukan dengan menggunakan primer FishF1, FishF2, FishR1, dan FishR2. Hasil pembacaan untai DNA disejajarkan dengan sekuen yang terdapat pada genbank melalui program BLAST. Identifikasi dilakukan melalui kekerabatan pohon filogenetik dan presentasi indeks kesamaan dengan sekuen genbank. Hasil identifikasi menunjukkan sampel yang diuji terbagi menjadi lima grup, yaitu: Synodontis terdiri atas lima spesies, Corydoras: empat spesies, Phseudoplatystoma: tiga spesies, Botia: tiga spesies, dan Leporinus: tiga spesies dengan nilai boostrap 99-100. Indeks kesamaan sekuen menunjukkan sebanyak 11 spesies memiliki indeks kesamaan 99%-100% dengan data genbank yaitu Synodontis decorus, Synodontis eupterus, Synodontis greshoffi, Botia kubotai, Botia lohachata, Rasbora erythromicron, Corydoras aeneus, Gyrinocheilus aymonieri, Eigenmannia virescens, Leporinus affinis, Phractocephalus hemioliopterus. Dua spesies teridentifikasi sebagai hasil hibridisasi (kawin silang) yaitu Leopard catfish (100% identik dengan Pseudoplatystoma faciatum) dan Synodontis leopard (100% identik dengan Synodontis notatus). Hasil analisis nukleotida penciri diperoleh tujuh nukleotida untuk Synodontis decora, 10 nukleotida untuk Synodontis tanganyicae, 13 nukleotida untuk Synodontis euterus, empat nukleotida untuk Synodontis notatus, dan 14 untuk Synodontis grashoffi. Kejelasan identifikasi spesies ikan menjadi kunci utama dalam budidaya, perdagangan, manajemen, konservasi, dan pengembangan ilmu pengetahuan.Species identification becomes a new challenge in the management of ornamental fish either for cultivation, or for conservation proposes. The objective of this study was to identify currently existing introduced ornamental fish in Indonesian farmers and markets using DNA barcodes COI gene. Fish samples were collected from farmers and importers of ornamental fish in Bandung and Jakarta. Total genome was extracted from caudal fin tissue using the column method. Amplification of the target gene was done by using FishF1, FishF2, FishR1, and FishR2 primers. DNA sequence was aligned with the sequences from genbank by BLAST program. Species identification was decided through the phylogenetic tree and similarity index with genbank sequences. The results showed that all of tested samples fall into five groups; Synodontis consisted of five species, Corydoras four species, Phseudoplatystoma four species, Botia three species, and Leporinus three species with 99-100 boostrap value. Sequence similarity index showed around 11 species have 99%-100% similarity index with sequence data on genbank which are Synodontis decorus, Synodontis eupterus, Synodontis greshoffi, Botia kubotai, Botia lohachata, Rasbora erythromicron, Corydoras aeneus, Gyrinocheilus aymonieri, Eigenmannia virescens, Leporinus affinis, Phractocephalus hemioliopterus. Two species were identified as hybridization product (interbreeding) including leopard catfish (100% identical with Pseudoplatystoma faciatum) and the leopard Synodontis (100% identical with Synodontis notatus). Analysis of nucleotide diagnostic showed Synodontis decora has seven nucleotides diagnostic, Synodontis tanganyicae 10 nucleotides, Synodontis euterus 13 nucleotides, Synodontis notatus four nucleotides, and Synodontis grashoffi 14 nucleotides. The correct identification of fish species is a useful tool for aquaculture, global marketing, management or conservation, and academic/scientific purpose.

KERAGAAN WARNA DAN GENOTIPE CALON INDUK (F0) IKAN CLOWN (Amphiprion sp.) STRAIN BLACK PERCULA Ruby Vidia Kusumah; Anjang Bangun Prasetio; Eni Kusrini; Erma Primanita Hayuningtyas; Sawung Cindelaras
Jurnal Riset Akuakultur Vol 11, No 1 (2016): (Maret 2016)
Publisher : Pusat Riset Perikanan, Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan

Penelitian ini bertujuan mengkaji keragaan fenotipe warna tubuh dan genotipe calon induk (F0) ikan clown (Amphiprion sp.) strain black percula. Sebanyak 36 ekor calon induk ikan clown black percula diperoleh dari populasi budidaya Balai Perikanan Budidaya Laut (BPBL) Ambon yang memiliki persentase penutupan hitam tinggi. Warna dianalisis dengan teknik analisis gambar digital menggunakan software ImageJ 1.50f. Gambar digital didokumentasikan menggunakan kamera Canon EOS 600D. Keragaan warna diamati menurut pola, persentase penutupan, dan jenis (profil) warna digital. Konversi nilai mean Red (R), mean Green (G), dan mean Blue (B) menjadi nilai mean Hue (H), mean Saturation (S), dan mean Brightness (B) dilakukan dengan bantuan Color Picker (Foreground Color) pada software Adobe Photoshop versi 12.0 x64. Keragaan genotipe dianalisis dengan teknik RAPD. Heterozigositas dan persentase polimorfisme dikalkulasi menggunakan software TFPGA. Hasil penelitian menunjukkan bahwa calon induk ikan black percula generasi F0 memiliki pola warna yang bervariasi dengan persentase penutupan warna hitam berkisar 47-63%. Jenis warna digital hitam dikarakterisasi oleh nilai H: 240-20º, S: 4-48%, B: 10-26%; putih (H: 0-300º, S: 1-7%, B: 48-69%); dan oranye (H: 15-25º, S: 73-91%, B: 40-64%). Analisis RAPD menunjukkan bahwa primer OPA18 menghasilkan 3 fragmen (berukuran 600-3000 bp); OPZ 9 sebanyak 5 fragmen (berukuran 500-2500 bp); dan OPZ 5 sebanyak 3 fragmen (berukuran 400-3000 bp). Heterozigositas dan persentase polimorfisme termasuk cukup tinggi, yakni 0,3060 dan 88%. Untuk mendapatkan strain warna black percula yang diinginkan, tahap seleksi lebih lanjut diperlukan untuk meningkatkan persentase penutupan warna hitam serta memperoleh pola warna putih unik.[Color and genotype performance of black percula strain clown fish (Amphiprion sp.) broodstock (F0). By Ruby Vidia Kusumah, Anjang Bangun Prasetio, Eni Kusrini, Erma Primanita Hayuningtyas and Sawung Cindelaras] Our research aimed to assess the performance of body color and genotype of black percula strain of clownfish (Amphiprion sp.) broodstock F0. A total of 36 samples of the black percula clown was obtained from the Institute for Mariculture (BPBL) Ambon which has the high percentage of black cover. Color analysis was performed using digital image analysis using ImageJ 1.50f. Digital images of broodstock was documented using Canon EOS 600D. Performance of color observed according to patterns, percentage of color coverage and type of (profile) digital color. Conversion value of mean Red (R), mean Green (G), and mean Blue (B) was done by Color Picker (Foreground Color) in Adobe Photoshop software version 12.0 x64. Genotypes performance analyzed with RAPD method. Heterozygosity and the degree of polymorphism was calculated by TFPGA software. The results showed that the broodstock of black percula has varies of the color patterns with the percentage cover of black color ranges from 47-63%. Digital color of black profile was characterized by H: 240-20º, S: 4-48%, B: 10-26%; white (H: 0-300º, S: 1-7%, B: 48-69%); and orange (H: 15-25º, S: 73-91%, B: 40-64%). RAPD analysis showed that primer OPA18 produced 3 fragments (600-3000bp size), OPZ 9 produced 5 fragments (500-2500bp size), and OPZ 5 produced 3 fragments (400-3000bp size). Heterozygosity and polymorphism were high as 0,3060 and 88%. In order to obtain desired color strain of black percula, further selection process is necessary to increase the percentage of black color coverage and white color which is unique.

KERAGAAN WARNA IKAN CLOWN BIAK (Amphiprion percula) POPULASI ALAM DAN BUDIDAYA BERDASARKAN ANALISIS GAMBAR DIGITAL Ruby Vidia Kusumah; Sawung Cindelaras; Anjang Bangun Prasetio
Jurnal Riset Akuakultur Vol 10, No 3 (2015): (September 2015)
Publisher : Pusat Riset Perikanan, Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan

Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji keragaan warna ikan clown Biak (Amphiprion percula) populasi alam dan budidaya berdasarkan analisis gambar digital sebagai dasar upaya pemuliaannya. Gambar digital diambil dari koleksi ikan clown Biak Balai Besar Perikanan Budidaya Laut Lampung, Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Budidaya Laut Gondol, Bali; serta pengumpul ikan hias di Denpasar, Bali menggunakan kamera digital Canon EOS 600D. Pola warna dikarakterisasi secara visual terhadap variasi strip hitam dan putih pada dasar badan oranye, jenis warna dianalisis menggunakan ImageJ 1.49s, persentase penutupan warna dilakukan dengan Adobe Photoshop CS5. Pola warna dikarakterisasi oleh strip hitam tebal, tipis, gelap, pudar, terputus, bergabung, serta strip putih normal, pelana, spot, melebar, dan terputus. Warna hitam alam dikarakterisasi oleh hue (H): 300-60º, saturation (S): 8%-56%, brightness (B): 3%-19%, sedangkan budidaya H: 300-23º, S: 9%-71%, B: 4%-20%. Warna oranye alam H: 19-33º, S: 88%-98%, B: 47%-85%, dan budidaya H: 14-29º, S: 86%-99%, B: 38%-82%. Warna putih alam H: 36-270º; S: 1%-13%, B: 66%-88%, dan budidaya H: 0-229º, S: 0%-14%, B: 55%-87%. Persentase penutupan warna badan didominasi warna oranye dengan rata-rata 45% untuk populasi alam dan 57% untuk populasi budidaya. Keragaan warna ikan clown Biak dapat diarahkan pada pembentukan strain misbar, picasso, spot (domino), dan onyx. Metode analisis gambar digital sangat potensial digunakan untuk analisis keragaan warna ikan hias.

Title

Found 4 Documents
Search

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title Search

Found 4 Documents Search

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title

Found 4 Documents
Search