Garuda - Garba Rujukan Digital

HUBUNGAN ANTARA KEBERADAAN GEN MAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX CLASS II (MHC-II), KETAHANAN TERHADAP PENYAKIT, DAN PERTUMBUHAN PADA POPULASI IKAN MAS STRAIN RAJADANU Didik Ariyanto; Erma Primanita Hayuningtyas; Khairul Syahputra
Jurnal Riset Akuakultur Vol 10, No 4 (2015): (Desember 2015)
Publisher : Pusat Riset Perikanan, Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan

Pengembangan budidaya ikan mas di Indonesia mengalami kendala serius sejak timbulnya penyakit koi herpes virus (KHV) pada tahun 2002. Salah satu pendekatan yang dipakai dalam rangka mengantisipasi penyakit tersebut adalah perbaikan mutu genetik untuk mendapatkan varietas unggul ikan mas tahan KHV melalui seleksi berbantuan marka molekuler (MAS; Marker Assisted selection). Keberadaan gen Major Histocompatibility Complex Class II (MHC-II) diduga berkaitan erat dengan peningkatan daya tahan tubuh ikan mas terhadap penyakit. Di sisi lain, populasi ikan dengan daya tahan terhadap penyakit yang tinggi diduga mempunyai laju pertumbuhan lebih lambat. Penelitian ini bertujuan mengetahui empat hal, yaitu (1) transmisi gen MHC-II dari induk ke anakannya, (2) hubungan antara keberadaan gen MHC-II dengan daya tahan terhadap penyakit, (3) hubungan antara daya tahan terhadap penyakit dengan pertumbuhan, serta (4) pengaruh keberadaan gen MHC-II pada ikan mas terhadap performa benih di lingkungan budidaya. Benih uji diperoleh dari pemijahan induk jantan dan betina ikan mas strain Rajadanu positif MHC-II, serta induk jantan dan betina negatif MHC-II. Analisis gen MHC-II dilakukan menggunakan mesin PCR, analisis daya tahan terhadap penyakit melalui uji tantang secara kohabitasi, dan analisis hubungan daya tahan dengan pertumbuhan dilakukan di kolam air deras di daerah endemik KHV, yaitu di Subang, Jawa Barat selama tiga bulan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa populasi ikan mas hasil pemijahan induk jantan dan betina positif MHC-II mempunyai persentase MHC-II sebesar 90%, lebih banyak dibanding populasi hasil pemijahan induk jantan dan betina negatif MHC-II sebesar 40%. Berdasarkan uji tantang, populasi positif MHC-II mempunyai daya tahan terhadap infeksi KHV 8,95% lebih tinggi dibanding populasi negatif MHC-II. Hasil pengujian secara lapang di daerah endemik KHV juga menunjukkan pola hasil yang sama, yaitu populasi positif MHC-II mempunyai sintasan 41,61% lebih baik dibanding populasi negatif MHC-II. Analisis hubungan antara keberadaan gen MHC-II sebagai indikasi ketahanan terhadap penyakit khususnya KHV dengan pertumbuhan di kolam air tenang maupun kolam air deras menunjukkan bahwa populasi ikan mas Rajadanu dengan persentase MHC-II lebih tinggi mempunyai sintasan lebih tinggi tetapi mempunyai laju pertumbuhan lebih lambat.

KERAGAAN WARNA DAN GENOTIPE CALON INDUK (F0) IKAN CLOWN (Amphiprion sp.) STRAIN BLACK PERCULA Ruby Vidia Kusumah; Anjang Bangun Prasetio; Eni Kusrini; Erma Primanita Hayuningtyas; Sawung Cindelaras
Jurnal Riset Akuakultur Vol 11, No 1 (2016): (Maret 2016)
Publisher : Pusat Riset Perikanan, Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan

Penelitian ini bertujuan mengkaji keragaan fenotipe warna tubuh dan genotipe calon induk (F0) ikan clown (Amphiprion sp.) strain black percula. Sebanyak 36 ekor calon induk ikan clown black percula diperoleh dari populasi budidaya Balai Perikanan Budidaya Laut (BPBL) Ambon yang memiliki persentase penutupan hitam tinggi. Warna dianalisis dengan teknik analisis gambar digital menggunakan software ImageJ 1.50f. Gambar digital didokumentasikan menggunakan kamera Canon EOS 600D. Keragaan warna diamati menurut pola, persentase penutupan, dan jenis (profil) warna digital. Konversi nilai mean Red (R), mean Green (G), dan mean Blue (B) menjadi nilai mean Hue (H), mean Saturation (S), dan mean Brightness (B) dilakukan dengan bantuan Color Picker (Foreground Color) pada software Adobe Photoshop versi 12.0 x64. Keragaan genotipe dianalisis dengan teknik RAPD. Heterozigositas dan persentase polimorfisme dikalkulasi menggunakan software TFPGA. Hasil penelitian menunjukkan bahwa calon induk ikan black percula generasi F0 memiliki pola warna yang bervariasi dengan persentase penutupan warna hitam berkisar 47-63%. Jenis warna digital hitam dikarakterisasi oleh nilai H: 240-20º, S: 4-48%, B: 10-26%; putih (H: 0-300º, S: 1-7%, B: 48-69%); dan oranye (H: 15-25º, S: 73-91%, B: 40-64%). Analisis RAPD menunjukkan bahwa primer OPA18 menghasilkan 3 fragmen (berukuran 600-3000 bp); OPZ 9 sebanyak 5 fragmen (berukuran 500-2500 bp); dan OPZ 5 sebanyak 3 fragmen (berukuran 400-3000 bp). Heterozigositas dan persentase polimorfisme termasuk cukup tinggi, yakni 0,3060 dan 88%. Untuk mendapatkan strain warna black percula yang diinginkan, tahap seleksi lebih lanjut diperlukan untuk meningkatkan persentase penutupan warna hitam serta memperoleh pola warna putih unik.[Color and genotype performance of black percula strain clown fish (Amphiprion sp.) broodstock (F0). By Ruby Vidia Kusumah, Anjang Bangun Prasetio, Eni Kusrini, Erma Primanita Hayuningtyas and Sawung Cindelaras] Our research aimed to assess the performance of body color and genotype of black percula strain of clownfish (Amphiprion sp.) broodstock F0. A total of 36 samples of the black percula clown was obtained from the Institute for Mariculture (BPBL) Ambon which has the high percentage of black cover. Color analysis was performed using digital image analysis using ImageJ 1.50f. Digital images of broodstock was documented using Canon EOS 600D. Performance of color observed according to patterns, percentage of color coverage and type of (profile) digital color. Conversion value of mean Red (R), mean Green (G), and mean Blue (B) was done by Color Picker (Foreground Color) in Adobe Photoshop software version 12.0 x64. Genotypes performance analyzed with RAPD method. Heterozygosity and the degree of polymorphism was calculated by TFPGA software. The results showed that the broodstock of black percula has varies of the color patterns with the percentage cover of black color ranges from 47-63%. Digital color of black profile was characterized by H: 240-20º, S: 4-48%, B: 10-26%; white (H: 0-300º, S: 1-7%, B: 48-69%); and orange (H: 15-25º, S: 73-91%, B: 40-64%). RAPD analysis showed that primer OPA18 produced 3 fragments (600-3000bp size), OPZ 9 produced 5 fragments (500-2500bp size), and OPZ 5 produced 3 fragments (400-3000bp size). Heterozygosity and polymorphism were high as 0,3060 and 88%. In order to obtain desired color strain of black percula, further selection process is necessary to increase the percentage of black color coverage and white color which is unique.

KERAGAMAN GENETIK IKAN MAS (Cyprinus carpio) VARIETAS RAJADANU TAHAN KOI HERPESVIRUS GENERASI F0 DAN F1 MENGGUNAKAN TIGA LOKUS MIKROSATELIT Khairul Syahputra; Didik Ariyanto; Erma Primanita Hayuningtyas
Jurnal Riset Akuakultur Vol 11, No 1 (2016): (Maret 2016)
Publisher : Pusat Riset Perikanan, Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan

Informasi tentang keragaman genetik sangat dibutuhkan pada program pemuliaan melalui kegiatan seleksi untuk menghasilkan induk unggul, seperti pada pembentukan ikan mas Rajadanu tahan infeksi koi herpes virus (KHV). Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi variasi genetik ikan mas varietas Rajadanu tahan infeksi KHV generasi F0 dan F1 dengan menggunakan marka molekuler mikrosatelit. Populasi F0 dan F1 dihasilkan dari kegiatan seleksi bersamaan (independent culling) pada karakter pertumbuhan dan ketahanan terhadap KHV. Seleksi karakter pertumbuhan dilakukan dengan metode seleksi individu (mass selection), sedangkan seleksi karakter ketahanan terhadap KHV dilakukan dengan mengidentifikasi individu yang membawa marka MHC II spesifik pada alel Cyca-DAB1*05. Sebanyak sepuluh individu ikan mas dari setiap populasi digunakan untuk analisis variabilitas mikrosatelit menggunakan tiga lokus mikrosatelit (MFW6, MFW7, dan MFW9). Data alel mikrosatelit diolah menggunakan program Microsoft excel dan dianalisis menggunakan program Fstat dan Arlequin. Hasil penelitian menunjukkan bahwa jumlah alel dari tiap lokus pada masingmasing populasi bervariasi, yaitu berkisar antara 2-5 alel. Rata-rata jumlah alel dan rata-rata heterozigositas teramati pada populasi F0 tidak berbeda dengan populasi F1. Rata-rata jumlah alel pada kedua populasi sebesar 3,33 alel dengan rata-rata nilai heterozigositas teramati sebesar 0,47. Inbreeding teridentifikasi pada populasi F0 dan F1, kedua populasi mempunyai tingkat inbreeding yang relatif sama. Populasi ikan mas tahan KHV pada penelitian ini memiliki keragaman genetik yang relatif rendah sehingga diperlukan monitoring variasi genetik dan skema pemijahan yang baik pada kegiatan seleksi selanjutnya untuk menghasilkan ikan mas tahan KHV yang unggul.Information on genetic diversity is needed in breeding program through selective breeding to produce superior broodstocks, such as on production of Rajadanu strain of common carp resistant to KHV infection. The aim of this study was to evaluate the genetic variation in F0 and F1 of Rajadanu strain of common carp resistant to KHV infection using microsatellite marker. The F0 and F1 populations have been produced by independent culling method on growth and resistant to KHV characters. Selection on growth character was conducted by mass selection method, while selection on resistant to KHV character was conducted by identification the individual of common carp that carrying MHC II marker specific on CycaDAB1*05 allele. Ten individuals representing each population were analyzed for microsatellite variability using three microsatellite loci (MFW6, MFW7, and MFW9). Microsatellite allele data were analyzed using Microsoft Excel, Fstat, and Arlequin software. The result showed that the number of alleles per loci in each population varied ranging from 2 to 5 alleles. The average number of alleles and the average observed heterozygosity in F0 was similar to that of F1. The average number of alleles in both populations was 3.33, while the average observed heterezygosity was 0.47. The F0 and F1 populations showed inbreeding level; inbreeding level in both populations was relatively similar. Common carp populations in this study had relatively low genetic variation, so that monitoring of genetic variation and good spawning scheme were needed on next selection program to produce a superior common carp resistant to KHV.

EVALUASI DAYA TAHAN IKAN MAS HASIL SELEKSI BERDASARKAN MARKA MOLEKULER MHC-II TERHADAP INFEKSI KOI HERPES VIRUS Erma Primanita Hayuningtyas; Khairul Syahputra; Didik Ariyanto
Jurnal Riset Akuakultur Vol 10, No 1 (2015): (Maret 2015)
Publisher : Pusat Riset Perikanan, Badan Riset dan Sumber Daya Manusia Kelautan dan Perikanan

Balai Penelitian Pemuliaan Ikan telah menghasilkan populasi ikan mas tahan Koi Herpes Virus (KHV) generasi pertama (F-1) melalui program selective breeding. Seleksi dilakukan dengan metode walk-back selection menggunakan marka gen MHC-II spesifik pada lokus Cyca-Cyca-DAB 1*05. Penelitian ini bertujuan untukmengevaluasi daya tahan benih ikan mas F-1 terseleksi terhadap infeksi KHV melalui uji tantang. Sebagai pembanding, digunakan ikan mas populasi benih F-1 non-seleksi dan populasi benih ikan mas dari unit pembenihan rakyat (UPR). Ikan uji berupa benih ikan mas Rajadanu berumur dua bulan dengan bobot ratarata 5,5±0,5 g. Jumlah benih pada masing-masing wadah perlakuan sebanyak 30 ekor dengan tiga kali pengulangan. Wadah pengujian berupa akuarium berukuran 40 cm x 60 cm x 40 cm dengan kepadatan 1 ekor/L. Parameter yang diamati adalah sintasan, deteksi KHV, analisis ekspresi gen MHC-II, dan gambaran darah ikan. Hasil penelitian menunjukkan bahwa populasi benih F-1 terseleksi memiliki daya tahan lebih baik dengan sintasan 93,33% dibandingkan populasi benih F-1 non-seleksi sebesar 85,55% dan populasi benih dari UPR sebesar 81,11%. Daya tahan yang tinggi pada populasi benih F-1 terseleksi didukung oleh hasil deteksi KHV yang negatif dan ersentase jumlah limfosit yang lebih tinggi sebesar 91,67%; serta rendahnya persentase monosit dan heterofil, selain itu, tidak adanya eosinofil dan basofil. Ekspresi gen MHC-II terdeteksi pada berbagai organ, ekspresi tertinggi ditemukan pada organ limpa.

Title

Found 4 Documents
Search

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title Search

Found 4 Documents Search

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title

Found 4 Documents
Search