Berangkat dari permasalahan belum optimalnya penerapan penggunaan obat secara rasional pada pelayanan kesehatan di Indonesia maka telah dikembangkan indikator khusus yang menjadi dasar penilaian kinerja pelayanan kefarmasian di puskesmas. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi penggunaan obat di puskesmas wilayah Kota Kupang berdasarkan indikator hasil metode Delphi yang dikembangkan oleh Satibi dkk. Jenis penelitian yang digunakan adalah deskriptif dengan pendekatan kuantitatif, menggunakan data retrospektif tahun 2018 dan melalui observasi langsung. Pemilihan sampel puskesmas dilakukan dengan purposive sampling. Data hasil penelitian berupa data kuantitatif, dianalisis secara deskriptif dan 6 indikator diantaranya dibandingkan dengan standar Kemenkes RI dan WHO. Hasil penelitian menunjukkan bahwa penggunaan obat belum rasional sesuai standar WHO ataupun Kemenkes RI pada indikator item per resep, penggunaan obat generik dan pemberian oralit dan zink sedangkan indikator antibiotik pada diare non spesifik, antibiotik pada ISPA non pneumonia dan penggunaan injeksi pada myalgia telah memenuhi standar yang ada. Indikator biaya obat per kunjungan resep sebesar Rp.9.394 ± Rp.1.341 digunakan sebagai parameter dalam penetapan alokasi dana pengadaan obat tahun berikutnya dan indikator kejadian medication error tidak dapat dievaluasi karena tidak tersedianya dokumentasi tersebut. Kesimpulan menunjukkan puskesmas wilayah Kota Kupang masih mengalami masalah dalam jumlah item obat per resep, penggunaan obat generik, pemberian oralit dan zink dan pendokumentasian kejadian medication error. Hal ini menunjukkan adanya kebutuhan untuk meningkatkan pengetahuan tenaga kefarmasian yang dapat mendukung penggunaan obat rasional di puskesmas.