Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2020 - 2025
0.659
P-Index
This Author published in this journals
All Journal Jurnal Farmasi Sains dan Terapan (Journal of Pharmacy Science and Practice) Indonesian Journal of Chemistry Seminar Nasional Hasil Riset dan Pengabdian (SNHRP) Prosiding Seminar Nasional Unimus
Elisabeth Catherina Widjajakusuma
Faculty Of Pharmacy, Widya Mandala Catholic University Surabaya
Humanities Chemical Engineering, Chemistry & Bioengineering Chemistry Engineering Health Professions Medicine & Pharmacology Nursing Public Health Other

Published : 5 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 5 Documents
Search

 1 
RAPID SOLVENT-FREE MICROWAVE ASSISTED SYNTHESIS OF SOME N’-BENZYLIDENE SALICYLIC ACID HYDRAZIDES Tutuk Budiati; Stephanie D.A.; Elisabeth Catherina Widjajakusuma
Indonesian Journal of Chemistry Vol 12, No 2 (2012)
Publisher : Universitas Gadjah Mada

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (240.032 KB) | DOI: 10.22146/ijc.21357

Abstract

Condensation reaction has been carried out for the synthesis of some N'-benzylidene-2-hydroxybenzohydrazides using microwave assisted solvent-free method. The structures of all the products obtained in the present work are supported by spectral and analytical data (UV, IR, and 1H-NMR spectroscopy). The desired hydrazides are in 62-80% yields under microwave irradiation. The reaction was completed in 8-10 min.
EFFECT OF THE ION TREATMENT ON AN RNA HAIRPIN: MOLECULAR DYNAMICS STUDY Elisabeth Catherina Widjajakusuma; Alessandra Villa; Gerhard Stock
Indonesian Journal of Chemistry Vol 12, No 1 (2012)
Publisher : Universitas Gadjah Mada

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (1032.566 KB) | DOI: 10.22146/ijc.21365

Abstract

Molecular dynamics has been employed to study the effect of ion treatment on the stability of 14-nucleotide RNA hairpin of Coxsackievirus B3. Three AMBER force fields were used: AMBER94, AMBER98, and AMBER99, which showed no significant structural difference of the hairpin. Thereafter, we applied two different long-range electrostatic treatments that were reaction field and PME methods, and calculated the distribution of ions around the hairpin. Although the structural stabilities of the MD simulations using both methods were similar in 0.14 M Na+, ion environment around the hairpin was notably different. In particular, structural stabilition of the hairpin with increasing ion concentration and with ion Mg2+ cannot be accommodated by simulations using reaction field method. Furthermore, the MD simulations using PME method suggested the strong similarity in structural and dynamical properties of the hairpin with 0.14 M Na+, 0.50 M Na+, 1,03 M Na+, and 0.08 M Mg2+ concentrations. However, the simulations revealed different ion occupations of Na+ and Mg2+.
Studi Perbandingan Sifat Struktur dan Dinamika Bentuk Apo dan Holo dari FKBP12 dan Mip dengan Menggunakan Simulasi Dinamika Molekul Elisabeth Catherine Widjajakusuma; Monica Frederica; Kornelius Kaweono; Arkenjela Shea; Gracia De Sales Lodhu Jawa; Yohanes Aliandra Kelan; Ajeng Indah; Firli An’nisavia; Margaretha Yuliani Br Simatupang; Fildzahdina Fildzahdina; Dwi Vita Setiyoningsih
Jurnal Farmasi Sains dan Terapan Vol 9, No 1 (2022): Februari
Publisher : Jurnal Farmasi Sains dan Terapan

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.33508/jfst.v9i1.4059

Abstract

Interaksi protein danligan pada sisi pengikatan merupakan topik penting dalam desain obat dan proses prediksi fungsi protein. FKBP12 dan Mip(macrophage infectivity potentiator)termasuk dalam keluarga protein FKBP dengan sisi pengikatan yang kemiripannya sangat tinggi. Oleh karena itu untuk mendapatkan ligan yang selektif tidaklah mudah. Tujuan penelitian ini untuk membandingkan sifat struktur dan dinamis dari FKBP12 dan Mip dalam bentuk holo (membentuk kompleks dengan suatu ligan) dan bentuk apo (tidak terikat dengan ligan) dengan menggunakan simulasi dinamika molekul selama 40 ns dengan penambahan energi potensial selama 10 ns. Penggantian ligan rapamycin dengan ligan yang lebih kecil, yaitu turunan asam pipecolat, menyebabkan perubahan strukturpada FKBP12 dibandingkan Mip terutama pada asam amino Q81/E54, V82/F55, I83/I56, W86/W59, Y109/Y82, P117/H87, dan I118/I90.Hal ini memberikan informasi untuk pengembangan ligan yang selektif.
Perhitungan Perubahan Energi Bebas Ligan Rapamycin Dalam Kompleks MIP-RAPAMYCIN dan FKBP12-RAPAMYCIN Widjajakusuma, Elisabeth Catherina; Herlina, Devi; Nisa Amalia, Wa Ode Nur
Seminar Nasional Hasil Riset dan Pengabdian Vol. 5 (2023): Seminar Nasional Hasil Riset dan Pengabdian (SNHRP) Ke 5 Tahun 2023
Publisher : LPPM Universitas PGRI Adi Buana

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Pada penelitian ini. perhitungan energi bebas dilakukan untuk kompleks MIP-rapamicin dan FKBP12-rapamycin dengan menggunakan metode integrasi termodinamika. Protein MIP (macrophage infectivity potentiator) adalah faktor virulensi yang berasal dari bakteri Legionella pneumophila. Bakteri ini menyerang makrovag alveolar manusia dan dapat menyebabkan penyakit pneumonia yang beresiko kematian. Struktur dari protein MIP menyerupai struktur dari protein FKBP12 (the 12 kDa FK506 binding protein), yang merupakan protein yang dapat mengikat immunosupresan seperti FK506, Rapamicyn dan siklofilin. Akibat interaksi tersebut sistem kekebalan tubuh manusia akan menurun. Rapamycin digunakan sebagai immunosupresan untuk transplantasi organ. Kemiripan struktur antara MIP dan FKBP12 merupakan tantangan untuk mendapatkan ligan yang selektif untuk melawan bakteri Legionella pneumophila tetapi tidak bersifat immunosupresif. Perhitungan energi bebas kedua kompleks tersebut menunjukkan afinitas FKBP12-Rapamycin lebih tinggi dibandingan MIP-Rapamicyn.
Simulasi Dinamika Molekul Protein Apo MIP (Macrophage Infectivity Potentiator) dari Legionella pneumophila Widjajakusuma, Elisabeth Catherina; Naisuri, Arkenjela Girlani; Br. Simatupang, Margaretha Yuliani
Prosiding Seminar Nasional Unimus Vol 7 (2024): Transformasi Teknologi Menuju Indonesia Sehat dan Pencapaian Sustainable Development G
Publisher : Universitas Muhammadiyah Semarang

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar

Abstract

Salah satu faktor virulensi yang dikaitkan dengan beberapa bakteri patogen adalah protein macrophageinfectivity potentiator (MIP). Penelitian ini bertujuan untuk memahami stabilitas protein MIP dalamkeadaan bebas (apo). Salah satu struktur awal protein apo diperoleh dari protein data bank 2VCD denganmenghilangkan Rapamycin, sedangkan dua struktur awal lainnya berasal dari protein apo 2UZ5 dan1FD9. Simulasi dinamika molekul dijalankan pada ketiga protein apo dan dikombinasikan denganpenambahan potensial. Hasil simulasi memperlihatkan bahwa penambahan potensial memiliki efekterbesar pada rongga pengikatan dari protein apo 2VCD, sedangkan kedua protein apo lainnya  tidakmenunjukkan perubahan konformasi sebesar protein apo 2VCD. Hal ini menunjukkan fleksibilitas yangtinggi pada protein apo MIP dan adanya perbedaan fleksibilitas bila struktur awalnya berasal darikompleks protein-Rapamycin yang Rapamycinnya dihilangkan. Kata Kunci : protein apo, MIP (macrophage infectivity potentiator), simulasi dinamika molekul
Co-Authors Ajeng Indah Alessandra Villa Arkenjela Shea Br. Simatupang, Margaretha Yuliani Dwi Vita Setiyoningsih Fildzahdina Fildzahdina Firli An’nisavia Gerhard Stock Gracia De Sales Lodhu Jawa Herlina, Devi Kornelius Kaweono Margaretha Yuliani Br Simatupang Monica Frederica Naisuri, Arkenjela Girlani Nisa Amalia, Wa Ode Nur Stephanie D.A. Tutuk Budiati Yohanes Aliandra Kelan