Fenomena krisis karakter spiritual yang ditandai meningkatnya perilaku menyimpang dan menurunnya kepatuhan terhadap nilai agama menjadi tantangan serius dalam pendidikan. Karakter spiritual mencerminkan hubungan manusia dengan Tuhan, sesama, dan lingkungan sehingga pembelajaran Pendidikan Agama Islam (PAI) perlu bersifat transformatif. Penelitian ini bertujuan: (1) mendeskripsikan implementasi pendekatan deep learning dalam pembelajaran PAI di SMAN 1 Kuningan; (2) mengetahui dampaknya terhadap pembentukan karakter spiritual peserta didik; dan (3) mengidentifikasi nilai-nilai karakter spiritual yang diinternalisasikan. Penelitian menggunakan pendekatan kualitatif deskriptif dengan teknik observasi, wawancara mendalam, dan dokumentasi terhadap delapan informan yang terdiri atas guru PAI, peserta didik, dan wakil kepala sekolah bidang kurikulum. Hasil penelitian menunjukkan bahwa: (1) pendekatan deep learning diterapkan melalui meaningful learning, mindful learning, dan joyful learning dengan mengaitkan materi pada kehidupan siswa, menggunakan media variatif, serta menciptakan pembelajaran yang aktif dan reflektif; (2) pendekatan ini meningkatkan kesadaran beribadah, kejujuran, tanggung jawab, dan empati sosial melalui proses refleksi; serta (3) nilai karakter spiritual yang diinternalisasikan meliputi ketaatan beribadah, akhlak terpuji, dan tanggung jawab sosial melalui pembiasaan, keteladanan guru, dan pengalaman belajar yang bermakna.