<![CDATA[Identifikasi tumbuhan dilakukan secara morfologi memiliki banyak kelemahan, dengan adanya perkembangan teknologi elektronika dan genetika saat ini telah dikembangkan suatu metode terbaru dalam identifikasi spesies tumbuhan dan hewan, yaitu teknologi Barcode DNA yang menggunakan potongan DNA pendek standar. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui kemampuan Barcode DNA Internal Transcribed Spacer (ITS) dalam mengidentifikasi 2 varietas tanaman mengkudu. Metode yang digunakan adalah isolasi DNA dengan menggunakan Wizard Genomic DNA Purification Kit, amplifikasi gen ITS menggunakan primer ITS4 dan ITS5, dideteksi panjang basa dengan elektroforesis gel agarose kemudian analisis sequens gen ITS menggunakan Basic Local Allignment Search Tool (BLAST), dan dikonstruksi pohon filogenetik menggunakan MEGAXI dengan metode neighbor-joining tree serta metode bootstrap sebanyak 1000 pengulangan. Hasil isolasi DNA diperoleh konsentrasi 315.00 ng/µl dan nilai kemurnian 1,95 untuk mengkudu lonjong dan untuk mengkudu bulat diperoleh konsentrasi 82.00 ng/µl dan nilai kemurnian 1,82. Amplifikasi daerah ITS diperoleh produk berukuran 693bp umtuk mengkudu lonjong dan 691bp untuk mengkudu bulat. M. citrifolia memiliki homologi dengan Morinda citrifolia var. citrifolia isolat BCMML10002 dengan persentase homologi 99,70% dan 99,12%, , serta analisis pohon filogenetik menunjukkan M. citrifolia tidak berada dalam satu cabang dengan sequens pembanding yakni C. caesia.Barcode DNA ITS menunjukkan 6 basanuleotida yang berbeda antara mengkudu lonjong dan mengkudu bulat, sehingga barcode ITS dapat digunakan untuk identifikasi tanaman mengkudu untuk tingkat varietas.]]>
