Menurut data statistik World Health Organization (WHO) tahun 2020 menunjukkan bahwa hampir semua negara maju memiliki angka kejadian kista ovarium yang tinggi dengan rerata 10 per 100.000 penduduk, kecuali Jepang dengan rerata 6,5 per 100.000 penduduk, kista ovarium adalah tumor jinak yang sering ditemukan pada wanita di usia reproduktif. Kebaruan dalam penelitian ini karena menganalisis faktor-faktor risiko tentang kejadian kista ovarium pada wanita usia subur. Tujuan dalam penelitian ini untuk menganalisis faktor-faktor risiko tentang kejadian kista ovarium pada wanita usia subur di RSIA Sitti Khadijah Gorontalo. Penelitian yang digunakan desain case control dengan sampel sebanyak 144 sampel menggunakan perbandingan 1:2 sehingga jumlah sampel kasus 48 pasien dan kontrol 96 pasien dengan menggunakan matching umur. Teknik pengambilan sampel dalam penelitian ini diambil secara purposive sampling. Hasil penelitian, dismenorea merupakan faktor risiko terhadap kejadian kista ovarium nilai OR 1,923 dengan (nilai LL =0,927 dan nilai UL = 3,988), riwayat keluarga merupakan faktor risiko terhadap kejadian kista ovarium nilai OR 1,145 dengan (nilai LL = 0,557 dan nilai UL = 2,354), lama haid merupakan faktor protektif terhadap kejadian kista ovarium nilai OR 0,664 dengan (nilai LL = 0,591 dan nilai UL = 0,746) sedangkan menarche merupakan faktor protektif terhadap kejadian kista ovarium nilai OR 0,878 dengan (nilai LL = 0,433 dan nilai UL = 1,778). Kesimpulan bahwa dismenorea, riwayat keluarga merupakan faktor risiko terhadap kejadian kista ovarium sedangkan lama haid dan menarche merupakan faktor protektif terhadap kejadian kista ovarium.