Vaksin COVID-19 diharapkan dapat mengurangi risiko transmisi, tingkat keparahan dan kematian. Penelitian ini bertujuan menganalisis faktor yang memengaruhi penerimaan vaksin COVID-19 di perguruan tinggi di Kota Jayapura. Jenis penelitian kuantitatif dengan menggunakan desain cross sectional. Populasi sebanyak 1.197 tenaga pendidik (dosen) dan tenaga kependidikan (staf) di UNIYAP, USTJ, dan UNCEN. Kemudian, sampling diambil dengan metode purposive diperoleh 307 orang. Alat ukur menggunakan kuesioner, disebarkan secara daring dan luring. Terkumpul melalui luring sebanyak 181 orang (58,9%). Analisis data menggunakan chi square dan regresi logistik berganda. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sebagian besar responden telah divaksin COVID-19 (82,7%). Berdasarkan hasil uji chi square faktor yang memiliki hubungan dengan penerimaan vaksin di perguruan tinggi di Kota Jayapura adalah riwayat penyakit komorbid (p=0,000) dan sikap (p=0,000). Sedangkan, faktor yang tidak memiliki hubungan dengan penerimaan vaksin COVID-19 adalah jenis kelamin (p=0,367), usia (p=0,137), perilaku merokok (p=0,402), dan pengetahuan (p=0,159). Hasil uji regresi logistik berganda menunjukkan faktor paling dominan terhadap penerimaan vaksin COVID-19 adalah sikap (p=0,000;PR=2,926). Namun, hasil regresi logistik berganda per universitas menyatakan bahwa faktor paling dominan terhadap penerimaan vaksin COVID-19 di UNIYAP adalah riwayat penyakit komorbid (p=0,000;PR=40,95), USTJ yaitu perilaku merokok (p=0,000;PR=40,95), dan UNCEN yaitu sikap (p=0,000;PR=40,95). Sebagian besar responden memiliki pendidikan terakhir Magister (S2) sehingga memiliki pengetahuan baik, akan tetapi pengetahuan baik tidak memengaruhi sikap responden terhadap vaksin. Penyakit komorbid yang dimiliki responden diantaranya hipertensi, PJK, diabetes, serta alergi berat dan asma