Mengetahui keberadaan infeksi parasite pada ikan budidaya disuatu lokasi akuakultur merupakan salah satu faktor penting untuk langkah pendataan awal dan upaya pengendalian penyakit ikan. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui jenis parasit, prevalensi dan intensitas parasit yang menyerang ikan lele (Clarias sp) dan ikan nila (Oreochromis niloticus) di dua lokasi yaitu balai benih ikan Oeluan dan kolam bioflok Timur Mandiri Kefamenanu, Kabupaten Timur Tengah Utara, Nusa Tenggara Timur. Sampel ikan diambil secara acak dari dua lokasi dengan jumlah 30 ekor untuk setiap jenis ikan. Hasil penelitian didapat dua jenis parasit yang yang menyerang ikan nila yaitu parasit Cichlidogyrus sp. dan Trichodina sp. sedangkan pada ikan lele ditemukan tiga jenis parasit yaitu Dactylogyrus sp., Gyrodactylus sp., dan Quadriacanthus sp.. Prevalensi parasit tertinggi pada ikan lele yaitu infeksi parasite Gyrodactylus sp. sebesar 21,6% sedangkan nilai intensitas parasit yang menyerang ikan lele sama yaitu 2 individu/ekor. Prevalensi parasit tertinggi pada ikan nila yaitu parasit Cichlidogyrus sp. yaitu 30% sedangkan nilai intensitas parasit pada ikan nilai yaitu antara 2-5 individu/ekor. Knowing the presence of parasitic infections at the aquaculture site in fish farms is an important factor in the first step of data collection and future infection control. The purpose of this study was to determine the parasites, prevalence and intensity of parasites that infection catfish (Clarias sp.) and tilapia (Oreochromis niloticus) in two locations, the Oeluan fish nursery and Mandiri Kefamenanu Biofloc pond, North Central Timor, East Nusa Tenggara. Samples were taken at random from two locations with a total of 30 fish for each fish species. The results showed that there were two types of parasites that infected tilapia, Cichlidogyrus sp. and Trichodina sp. Three species of parasites have now been found in catfish, Dactylogyrus sp., Gyodactylus sp. and Quadriacanthus sp. The highest parasite prevalence was found in catfish, Gyrodactylus sp. of 21.6%, while the intensity value of the parasites infecting the catfish, 2 individuals/fish. The highest prevalence of parasites in tilapia is the parasite Cichlidogyrus sp. namely 30%, while the intensity value of parasites in fish is between 2-5 individuals/fish.