Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2021 - 2026
0.778
P-Index
This Author published in this journals
All Journal Biota: Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati Spizaetus: Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi
Nurak, Maria Marcelina Dua
Unknown Affiliation
Agriculture, Biological Sciences & Forestry Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Education Immunology & microbiology Other

Published : 4 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 4 Documents
Search

 1 
Analisis In silico Heksosa, D-Manitol dan Asam Malat Kulit Kopi sebagai Penghambat Infeksi Virus Corona Bare, Yohanes; Timba, Frederiksen Novenrius Sini; Nurak, Maria Marcelina Dua; Sari, Dewi Ratih Tirto
Biota : Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati Vol 8, No 2 (2023): June 2023
Publisher : Universitas Atma Jaya Yogyakarta

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24002/biota.v8i2.5970

Abstract

COVID-19 merupakan penyakit infeksi saluran pernapasan yang disebabkan oleh virus corona, dan telah menjadi pandemik dari 2019 hingga 2022. Berbagai terapi telah dilakukan dan dikembangkan oleh banyak peneliti, termasuk pembuatan vaksin COVID-19. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis potensi senyawa pada kulit kopi sebagai agen penghambat kompleks antara spike glycoprotein SARS-CoV-2 dan Angiotensin-Converting Enzyme 2 (ACE2) secara in silico. Kajian in silico dilakukan dengan mengunduh struktur 3D senyawa yaitu heksosa, asam malat, dan D-manitol dari PubChem NCBI, serta kompleks spike glycoprotein SARS-CoV-2 – ACE2 dari Protein Data Bank. Interaksi masing-masing senyawa uji dan kompleks dianalisis dengan Molegro Virtual Docker dan divisualisasi dengan Discovery Studio. Hasil analisis menunjukkan bahwa heksosa, asam malat dan D-manitol mengikat bagian diantara spike glycoprotein SARS-CoV-2 dan ACE2. Residu sisi aktif ikatan antara kompleks dengan ketiga senyawa uji merupakan residu protein dari ACE2 dan spike glycoprotein SARS-CoV-2. Jenis ikatan yang terbentuk antara senyawa dan kompleks protein didominasi oleh ikatan hidrogen, dan beberapa gaya Van der Waals. Dari hasil analisis dapat disimpulkan bahwa senyawa heksosa, asam malat, dan D-manitol yang ada pada kulit kopi memiliki potensi sebagai anti SARS-CoV-2, namun demikian itu perlu dilakukan pembuktian secara in vitro dan in vivo. 
Analisis In silico Heksosa, D-Manitol dan Asam Malat Kulit Kopi sebagai Penghambat Infeksi Virus Corona Bare, Yohanes; Timba, Frederiksen Novenrius Sini; Nurak, Maria Marcelina Dua; Sari, Dewi Ratih Tirto
Biota : Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati Vol 8, No 2 (2023): June 2023
Publisher : Universitas Atma Jaya Yogyakarta

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24002/biota.v8i2.5970

Abstract

COVID-19 merupakan penyakit infeksi saluran pernapasan yang disebabkan oleh virus corona, dan telah menjadi pandemik dari 2019 hingga 2022. Berbagai terapi telah dilakukan dan dikembangkan oleh banyak peneliti, termasuk pembuatan vaksin COVID-19. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis potensi senyawa pada kulit kopi sebagai agen penghambat kompleks antara spike glycoprotein SARS-CoV-2 dan Angiotensin-Converting Enzyme 2 (ACE2) secara in silico. Kajian in silico dilakukan dengan mengunduh struktur 3D senyawa yaitu heksosa, asam malat, dan D-manitol dari PubChem NCBI, serta kompleks spike glycoprotein SARS-CoV-2 – ACE2 dari Protein Data Bank. Interaksi masing-masing senyawa uji dan kompleks dianalisis dengan Molegro Virtual Docker dan divisualisasi dengan Discovery Studio. Hasil analisis menunjukkan bahwa heksosa, asam malat dan D-manitol mengikat bagian diantara spike glycoprotein SARS-CoV-2 dan ACE2. Residu sisi aktif ikatan antara kompleks dengan ketiga senyawa uji merupakan residu protein dari ACE2 dan spike glycoprotein SARS-CoV-2. Jenis ikatan yang terbentuk antara senyawa dan kompleks protein didominasi oleh ikatan hidrogen, dan beberapa gaya Van der Waals. Dari hasil analisis dapat disimpulkan bahwa senyawa heksosa, asam malat, dan D-manitol yang ada pada kulit kopi memiliki potensi sebagai anti SARS-CoV-2, namun demikian itu perlu dilakukan pembuktian secara in vitro dan in vivo. 
Potential of Sechium edule as Hypertensive Therapy: In Silico Study Nurak, Maria Marcelina Dua; Lute, Maria Alvensia; Eci, Margaretha Nona; Bare, Yohanes
Spizaetus: Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi Vol 3 No 2 (2022): Spizaetus: Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi
Publisher : Program Studi Pendidikan Biologi, FKIP, Universitas Nusa Nipa

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.55241/spibio.v3i2.60

Abstract

Hipertensi didefinisikan sebagai tekanan darah tinggi dan menjadi salah satu pembunuh di dunia. Terapi hipertensi berfokus pada protein Angiotensin Converting Enzim (ACE) yang memiliki fungsi modulator konversi AT1-AT2. Pengobatan memanfaatkan kandungan kalium buah labu yang memiliki fungsi supresi ACE. Tujuan penelitian ini eksplorasi kalium dalam labu siam sebagai inhibitor ACE. Penelitian bioinformatika, kalium (CID: 5462222) diunduh dari database PubChem sedangkan protein ACE (ID: 3bkk) diperoleh dari Protein Data Bank. Ligan dan protein didocking menggunakan perangkat lunak HEX, hasil penelitian divisualisasikan menggunakan Discovery studio. Hasil penelitian menunjukan bahwa labu siam memiliki kandungan kalium yang memiliki potensi sebagai salah satu terapi hipertensi melalui penghambatan kinerja ACE sehingga tidak terjadi konversi angiotensin I menjadi angiotensin II. Labu siam dapat dijadikan alternatif dalam pengobatan hipertensi. 
Interaksi Molekuler Senyawa D-Manitol (Kulit Kopi) terhadap PLPro Bare, Yohanes; Timba, Frederiksen Novenrius Sini; Nurak, Maria Marcelina Dua; Sari, Dewi Ratih Tirto; Mogi, Marsiana Coo
Spizaetus: Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi Vol 3 No 3 (2022): Spizaetus: Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi
Publisher : Program Studi Pendidikan Biologi, FKIP, Universitas Nusa Nipa

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.55241/spibio.v3i3.79

Abstract

Perkembangan virus dalam proses replikasi menjadi target dalam menghambat siklus hidup virus. Protein yang memiliki peran dalam replikasi adalah PLPro. Terapi PLPro dilakukan dengan memanfaatkan limbah kopi yang diprediski memilki bioaktif D-manitol dengan sifat farmakologis. Tujuan penelitian ini adalah mengalisis potensi senyawa D-manitol yang terkandung dalam kulit kopisebagai kandidat terapi corona melalui penghambatan PLPro. Metode penelitian Ligan D-manitol (CID: 88038555) sedangkan Protein Papain like protease (PLPro) (PDB ID 6w9c), sebagai target protein anti-coronavirus diunduh struktur tiga dimensinya di Protein Data Bank. Selanjutnya struktur protein dipreparasi protein atau ligan, docking, visualisasi mengikuiti penelitian. Hasil docking senyawa dan protein menggunakan program PyMol versi 2.2. analisis docking dilakukan dengan mengeksplorasi interaksi kompleks baik 3D dan 2d, jenis ikatan, jumlah interaksi. Analisis menggunakkan program Discovery Studio ver 21.1.1.). Senyawa D-manitol memiliki potensi sebagai salah satu terapi covid-19 melalui penghambatan PLPro sehingga menyebabkan terhambatnya replikasi virus corona. Potensi ini didukung dengan adanya energi ikatan yang terbentuk sehingga meningkatkan stabilitas ikatan sebesar -156 Kj/mol. Penelitian lanjutan perlu dilakukan untuk konfirmasi terhadap aktivitas D-manitol sebagai terapi virus.
Co-Authors Bare, Yohanes Eci, Margaretha Nona Frederiksen Novenrius Sini Timba Lute, Maria Alvensia Mogi, Marsiana Coo Sari, Dewi Ratih Tirto