Spizaetus: Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi
Vol 3, No 3 (2022): Spizaetus: Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi

Interaksi Molekuler Senyawa D-Manitol (Kulit Kopi) terhadap PLPro

Yohanes Bare (Universitas Nusa Nipa)
Frederiksen Novenrius Sini Timba (Universitas Nusa Nipa)
Maria Marcelina Dua Nurak (Universitas Nusa Nipa)
Dewi Ratih Tirto Sari (Universitas Ibrahimy)
Marsiana Coo Mogi (Universitas Nusa Nipa)



Article Info

Publish Date
02 Oct 2022

Abstract

Perkembangan virus dalam proses replikasi menjadi target dalam menghambat siklus hidup virus. Protein yang memiliki peran dalam replikasi adalah PLPro. Terapi PLPro dilakukan dengan memanfaatkan limbah kopi yang diprediski memilki bioaktif D-manitol dengan sifat farmakologis. Tujuan penelitian ini adalah mengalisis potensi senyawa D-manitol yang terkandung dalam kulit kopisebagai kandidat terapi corona melalui penghambatan PLPro. Metode penelitian Ligan D-manitol (CID: 88038555) sedangkan Protein Papain like protease (PLPro) (PDB ID 6w9c), sebagai target protein anti-coronavirus diunduh struktur tiga dimensinya di Protein Data Bank. Selanjutnya struktur protein dipreparasi protein atau ligan, docking, visualisasi mengikuiti penelitian. Hasil docking senyawa dan protein menggunakan program PyMol versi 2.2. analisis docking dilakukan dengan mengeksplorasi interaksi kompleks baik 3D dan 2d, jenis ikatan, jumlah interaksi. Analisis menggunakkan program Discovery Studio ver 21.1.1.). Senyawa D-manitol memiliki potensi sebagai salah satu terapi covid-19 melalui penghambatan PLPro sehingga menyebabkan terhambatnya replikasi virus corona. Potensi ini didukung dengan adanya energi ikatan yang terbentuk sehingga meningkatkan stabilitas ikatan sebesar -156 Kj/mol. Penelitian lanjutan perlu dilakukan untuk konfirmasi terhadap aktivitas D-manitol sebagai terapi virus.

Copyrights © 2022






Journal Info

Abbrev

spizaetus

Publisher

Subject

Agriculture, Biological Sciences & Forestry Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Education Immunology & microbiology Other

Description

Jurnal ini fokus pada bidang kajian biologi sains dan pendidikan biologi. Kami menerima artikel berupa hasil penelitian maupun kajian pustaka yang original dan belum pernah ...