Fusarium sp. dan Colletotrichum sp. merupakan patogen utama yang menyerang tanaman cabai. Bakteri endofit memiliki kemampuan antimikrobia sehingga mampu berperan sebagai pengendali hayati. Penelitian ini bertujuan mengetahui aktivitas antagonis isolat bakteri endofit dari tanaman cabai dan ciplukan terhadap patogen Fusarium sp. dan Colletotrichum sp. Metode penelitian menggunakan dua isolat bakteri endofit dari tanaman cabai dan ciplukan, CS1A dan BA2(3). Kedua isolat dilakukan karakterisasi morfologi, dilanjutkan uji antagonis dual culture dengan metode Kirby Baurer pada media pertumbuhan PDA (Potato Dextrose Agar), serta kemampuan penghasil enzim ekstraseluler. Berdasarkan hasil karakterisasi morfologi, isolat CS1A berwarna putih, berbentuk tak beraturan, elevasi raised, tepian bergelombang, bentuk selnya batang, dan Gram positif. Isolat BA2(3) berwarna kuning, berbentuk bulat, elevasi cembung, tepian koloni yang mulus, berbentuk coccus, dan Gram positif. Hasil uji antagonis menunjukkan bahwa isolat CS1A dan BA2(3) memiliki potensi menghambat pertumbuhan Colletotrichum sp. dan Fusarium sp. secara in vitro. Zona hambat masing-masing sebesar 11,83 mm dan 15,66 mm terhadap Colletotrichum sp., serta 20,50 mm dan 9,16 mm terhadap Fusarium sp. Hasil uji biokimia isolat CS1A positif uji amilolitik dan selulolitik, sedangkan isolat BA2(3) positif uji amilolitik dan pelarut P. Kemampuan yang dimiliki isolat CS1A dan BA2(3) menunjukkan potensinya sebagai agen hayati terhadap patogen tanaman, Fusarium sp dan Colletotrichum sp.