Penelitian ini bertujuan untuk; pertama, menemukan dan menganalis langkah-langkah internalisasi karakter berbasis moderasi beragama, kedua, menemukan model pengembangan karakter berbasis moderasi beragama dan, ketiga, menganalisis implikasi dari hasil internalisasi terhadap pengembangan diri santri. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif dengan jenis penelitian studi kasus dan rancangan multi kasus. Teknik pengumpulan data menggunakan wawancara, observasi, dan analisis dokumen. Analisis data yang digunakan dengan tahapan kondensasi data, penyajian data dan penarikan kesimpulan dan verifikasi. Untuk keabsahan data, berdasarkan tiga kriteria yaitu perpanjangan dalam keterlibatan, ketekunan dalam pengamatan, dan triangulasi data. Hasil penelitian: Pertama, langkah internalisasi karakter berbasis moderasi beragama (toleransi, komitmen kebangsaan, anti kekerasan dan akomodatif terhadap budaya lokal) dipesantren dilakukan dengan empat cara, yaitu peneladanan, pengajaran, pembiasaan, dan pengalaman, Kedua, model pengembangan karakter berbasis moderasi beragama pada dua pesantren dilakukan dengan dua model antara lain di Pesantren Nurul Amin Samarinda menggunakan model Lickona (Moral Knowing, Moral Loving dan Moral Doing) dengan mendahulukan moral doing, moral knowing dan moral loving. Kemudian Pesantren Al Husna Samarinda menggunakan Model Muhaimin antara lain model transformasi nilai, transaksi nilai dan transinternalisasi. Model pengembangan karakter dapat menjadi alternatif pilihan bagi pesantren agar internalisasi karakter tersebut dapat lebih efektif peneliti menemukan model HUAM yakni pembiasaan (Habituation), pemahaman dan penalaran nilai (Understanding), Penerapan dalam perilaku dan tindakan (Application), dan pemaknaan (Meaning). Ketiga, pengembangan diri lulusan sebagai hasil dari internalisasi karakter berbasis moderasi beragama bahwa lulusan dapat membuktikan pesantren mampu memberikan bekal kepada lulusan dalam beberapa hal yaitu memiliki karakter dan berkepribadian yang moderat.