Penggunaan berbagai jenis mangrove efektif sebagai bahan alami untuk menghambat pertumbuhan bakteri pada ikan. Buah Xylocarpus granatum mengandung metabolit sekunder yang berpotensi sebagai antibakteri alami. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui aktivitas antibakteri dan mengetahui nilai Minimum inhibitory concentration (MIC) ekstrak metanol biji buah X. granatum. Tahapan penelitian yaitu : preparasi dan ekstraksi biji buah X. granatum, isolasi bakteri insang ikan nila, pengujian daya hambat, pengujian MIC dan pengujian Total Plate Count (TPC). Preparasi dilakukan dengan cara mengiris tipis biji buah X. granatum dan dikeringanginkan selama 30 hari. Biji buah yang sudah kering (simplisia) dikecilkan ukurannya menggunakan blender selanjutnya diesktraksi dengan cara maserasi menggunakan pelarut methanol 98% selama 24 jam, selanjunya disaring. Filtrat dipisahkan dari pelarut methanol menggunakan rotary evaporator pada suhu 600C hingga didapat ekstrak biji buah X. Granatum. Kandungan metabolit sekunder ekstrak methanol biji buah X. granatum ditemukan seyawa alkaloid, triterpenoid, flavonoid, saponin, fenol, dan tanin. Perlakuan dalam penelitian ini adalah ekstrak metanol biji buah X. granatum dengan konsentrasi 100 ppm, 500 ppm, dan 1000 ppm, kontrol positif (Chloramphenicol) 1000 ppm dan akuades steril sebagai kontrol negatif. Parameter yang diamati yaitu daya hambat, MIC, dan TPC. Hasil penelitian menunjukan bahwa ekstrak metanol biji buah X. granatum memiliki kemampuan dalam menghambat pertumbuhan isolat bakteri dari insang ikan nila dengan kategori sedang (9-9.8 mm) pada konsentrasi 100 ppm dan 500 ppm, konsentrasi 1000 ppm dengan kategori kuat (11,5 mm) pada pengamatan jam ke 48. MIC ekstrak metanol biji buah X. granatum terhadap isolat bakteri insang ikan nila adalah pada konsentrasi 40 ppm. Hasil pengujian TPC pada konsentrasi 40 ppm adalah 7 CFU/ml atau terjadi penghambatan pertumbuhan bakteri sebesar 91,67%.