Indonesia sebagai negara multikultural menghadapi tantangan besar dalam menjaga harmoni sosial di tengah keberagaman etnis, agama, dan budaya. Pendidikan Agama Islam (PAI) memiliki peran strategis dalam membentuk karakter siswa yang toleran, terutama di lingkungan sekolah yang majemuk. Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji strategi internalisasi nilai toleransi melalui pembelajaran PAI di sekolah multikultural di Bengkulu. Menggunakan pendekatan kualitatif deskriptif, data dikumpulkan melalui observasi, wawancara mendalam, dan studi dokumentasi, kemudian dianalisis dengan model Miles, Huberman, dan SaldaƱa. Hasil penelitian menunjukkan bahwa guru PAI mengintegrasikan pendekatan kontekstual, dialogis, dan keteladanan dalam mengajarkan nilai toleransi. Tantangan utama yang dihadapi meliputi perbedaan latar belakang siswa, resistensi terhadap perubahan metode pembelajaran, dan kurangnya pelatihan guru dalam pendekatan multikultural. Namun, strategi yang diterapkan mampu meningkatkan empati, sikap inklusif, dan kesadaran sosial siswa. Penelitian ini menekankan pentingnya reformasi kurikulum PAI yang berbasis nilai pluralisme serta peningkatan kompetensi guru sebagai agen perubahan. Kesimpulan dari studi ini menunjukkan bahwa internalisasi nilai toleransi melalui PAI memerlukan pendekatan reflektif dan partisipatif untuk membentuk karakter siswa yang moderat dan berakhlak mulia.