Tujuan dari penelitian ini untuk menyumbangkan pengetahuan baru, kontribusi penelitian ini diharapkan dapat menambah pemahaman kita tentang faktor-faktor yang memengaruhi kesulitan belajar dalam konteks materi ilmiah tertentu, seperti sistem saraf manusia. Jenis penelitian ini menggunakan metode kualitatif deskriptif. Instrument penelitian ini observasi, wawancara, dan dokumentasi. Hasil dari penelitian ini yaitu banyak istilah ilmiah yang rumit, kurangnya media pembelajaran yang menarik. Siswa kesulitan memahami mekanisme penghantaran implus, siswa kesulitan dalam memahami konsep materi sistem saraf manusia, kesulitan menerapkan pengetahuan. Kesulitan belajar ini disebabkan oleh beberapa faktor yaitu rumitnya materi sistem saraf manusia, minat dan motivasi siswa rendah, intelegensi yang dimiliki siswa kurang, gaya belajar yang tidak sesuai, kurangnya media pendukung, kebiasaan belajar siswa, alokasi yang diberikan minim, tidak adanya tutor teman sebaya, kesibukan guru sebagai wakil kepala sekolah menyebabkan guru jarang masuk ke kelas, kepercayaan diri siswa rendah, kesehatan yang mempengaruhi hasil belajar siswa, kurangnya perhatian dari orangtua, faktor ekonomi yang rendah, latar belakang sekolah yang sebelumnya mempengaruhi aktivitas belajar siswa. Upaya yang dapat dilakukan untuk mengatasi kesulitan siswa dalam mempelajari materi sistem saraf manusia adalah meningkatkan pemahaman konsep dasar dengan cara mnggunakan analogi dan contoh yang relevan, Meningkatkan motivasi belajar dengan cara membuat pembelajaran yang aktif dan menyenangkan, Meningkatkan keterampilan belajar dengan cara mengajarkan siswa teknik belajar yang efektif, Meningkatkan kerjasama antara guru, orangtua, dan siswa.