Perkembangan zaman dan kompleksitas kebutuhan pendidikan umat Islam mendorong pesantren untuk bertransformasi dari sistem tradisional menuju bentuk yang lebih modern dan terorganisir. Pesantren modern hadir sebagai model pendidikan Islam yang tidak hanya mempertahankan nilai-nilai keislaman klasik, tetapi juga mengintegrasikan sistem manajemen pendidikan yang profesional. Studi ini bertujuan untuk mengkaji secara konseptual penerapan manajemen dalam pesantren modern, dengan fokus pada lembaga pendidikan madrasah yang berada di bawah naungan pesantren. Pendekatan penelitian yang digunakan adalah kualitatifdeskriptif dengan metode studi kepustakaan (library research), yang mengkaji teori-teori manajemen pendidikan, sejarah perkembangan pesantren, serta praktik pengelolaan lembaga madrasah dalam konteks pesantren modern. Hasil kajian menunjukkan bahwa manajemen pesantren modern meliputi empat fungsi utama, yaitu perencanaan (planning), pengorganisasian (organizing), pelaksanaan (actuating),dan pengawasan (controlling). Keempat fungsi ini diterapkan secara sistematis untuk mencapai tujuan pendidikan yang mencakup aspek spiritual, intelektual, dan sosial. menggabungkan pelajaran agama dan umum, serta membentuk struktur kelembagaan yang profesional dengan pembagian tugas yang jelas dan sistem evaluasi yang terukur. Selain itu, kepemimpinan di pesantren modern menekankan pada nilai-nilai Islami seperti kejujuran, tanggung jawab, keteladanan, dan keteguhan Dalam konteks madrasah, pesantren modern menerapkan kurikulum terpadu yang spiritual. Penerapan teknologi informasi dalam sistem administrasi, pembelajaran berbasis digital, serta pelatihan sumber daya manusia juga menjadi bagian penting dalam strategi manajemen pesantren modern. Namun, tantangan seperti keterbatasan manajerial, resistensi terhadap perubahan, dan keterbatasan sumber daya tetap menjadi hambatan yang perlu diatasi dengan pendekatan inovatif dan kolaboratif. Oleh karena itu, penelitian ini merekomendasikan penguatan kompetensi manajemen bagi para pengelola pesantren, peningkatan sinergi antara pesantren dan pemerintah, serta pengembangan sistem manajemen berbasis nilai-nilai Islam yang kontekstual dan responsif terhadap perubahan zaman.