Limbah sayur dan buah banyak diproduksi dari aktivitas hidup masyarakat yang memerlukan pengelolaan melalui pengolahan menjadi lebih bermanfaat, diantaranya untuk eco enzym. Pengolahan limbah menjadi eco enzym berkontribusi terhadap penurunan pembuangan ke TPA. Kemanfaatan eco enzym yang sangat multiguna akan berdampak kepada kebutuhan yang terus meningkat, sehingga diperlukan beberapa metode untuk mempercepat produksi eco enzym dengan pertumbuhan mikroorganisme lebih banyak. Oleh karena itu dalam penelitian ini dilaksanakan melalui identifikasi morfologi dan populasi mikrorganisme berbahan sayur dan buah dengan perlakuan diblender, dicincang dan glondongan pada inkubasi selama 90 hari. Penelitian ini bertujuan untuk identifikasi morfologi dan populasi mikrorganisme berbahan sayur dan buah dengan perlakuan diblender, dicincang dan glondongan. Pada penelitian ini didapa data kualitatif tentang identifikasi morfologi mikroorganisme dan data kuantitatif populasi mikroorganisme melalui pengamatan di laboratorium dengan metode uji angka lempeng (ALT). Hasil penelitian menunjukkan bahwa morfologi mikroorganisme pada eco enzym berbahan dasar limbah sayur dan buah dengan perlakuan diblender (kode A) menunjukkan morfologi dari konsorsium bakteri dan fungi yang didominasi oleh fungi. Perlakuan bahan dicincang (kode B) dan glondongan (kode C) menunjukkan morfologi dari konsorsium bakteri. Jumlah populasi mikroorganisme dari bahan organik kode A, B dan C paling banyak pada bahan yang diblender (kode A) berturut-turut, yaitu: 13.3 x 106 CFU/mL; 4.3 x 106 CFU/mL dan 5.9 x 106 CFU/mL. Kata kunci: Identifikasi, morfologi, popolasi, eco enzym, perlakuan berbeda