Taman Nasional Karimunjawa merupakan gugusan 22 kepulauan yang terletak 60 mil laut sebelah utara Jawa Tengah dengan luas 111.625 Ha. Pemulihan ekosistem terumbu karang diperlukan sebagai upaya untuk menjaga dan memelihara ekosistem tetap seimbang dan dinamis. Tujuan pemantauan pra pemulihan adalah untuk melakukan verifikasi luasan ekosistem terumbu karang, mengetahui kondisi substrat dan kondisi alami pada area yang akan dilakukan pemulihan ekosistem. Pemantauan dilakukan pada lokasi sisi sebelah barat Pulau Cilik seluas 23,42 m2. Survey menggunakan metode transek sabuk di perairan Pulau Cilik dan berkembang menggunakan metode kuadran transek dan point intercept transect di perairan Pulau Sintok. Analisis data karang meliputi persentasi penutupan karang dan pengukuran indeks keanekaragaman, keseragaman dan dominansi. Berdasarkan hasil pemantauan lokasi survey di Perairan Pulau Cilik telah tertutup karang keras mencapai 73% (kriteria baik), tertutup Montipora 32%, Porites 20%, Acropora 11%, Echinopora 6%, dan DCA (dead coral algae) 26%. Nilai keanekaragaman 2,08 menunjukkan bahwa kelimpahan karang menengah sedang, kondisi komunitas labil dan tidak ada dominansi. Famili ikan kebanyakan Pomacentridae berukuran 5 – 10 cm. Karena telah terjadi suksesi alami, rencana pemulihan ekosistem kemudian dialihkan ke area terbuka di Pulau Sintok. Pengamatan untuk melihat bentuk pertumbuhan dan rekruitmen karang. Bentuk pertumbuhan berupa karang bercabang, encrusting, foliose, jamur, summassive dan massive. Total rekruitmen 45 individu kebanyakan Montipora dan Acropora. Pengambilan data ikan menggunakan metode time swimming, dapat dijumpai 15 famili ikan. Substrat berupa karang mati pada rataan terumbu dan area tubir berupa karang mati. Pemulihan dengan menggunakan jaring laba-laba (web spider) diperkirakan paling sesuai untuk digunakan di Pulau Sintok.