Pendidikan Islam di Indonesia menghadapi tantangan dikotomi ilmu agama dan umum, yang berdampak pada polarisasi pemikiran dan kemunduran peradaban Islam. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis pemikiran dan kontribusi Prof. Dr. KH. Imam Suprayogo, M.Pd., sebagai tokoh pendidikan Islam yang berperan dalam mengintegrasikan kedua bidang keilmuan tersebut. Penelitian ini menggunakan metode studi kepustakaan dengan pendekatan kualitatif deskriptif, mengumpulkan data dari berbagai literatur seperti buku, artikel jurnal, dan karya tulis Imam Suprayogo. Hasil penelitian menunjukkan bahwa Imam Suprayogo menawarkan paradigma integratif berbasis tauhid melalui metafora "pohon ilmu", di mana akar, batang, dan cabang ilmu saling terkait dalam satu kesatuan. Konsep Tarbiyah Ulul-Albab yang digagasnya—menggabungkan aspek dzikir (spiritual), fikr (intelektual), dan amal shalih (aksi nyata)—telah diimplementasikan di UIN Maulana Malik Ibrahim Malang melalui kurikulum terpadu, Ma’had Aly, dan penguatan bahasa Arab. Pemikiran ini relevan dengan tantangan pendidikan modern, seperti globalisasi dan digitalisasi, karena menekankan keseimbangan antara ilmu pengetahuan dan nilai-nilai agama. Penelitian ini menyimpulkan bahwa integrasi keilmuan ala Imam Suprayogo dapat menjadi solusi untuk membentuk generasi yang holistik, serta merekomendasikan pengadopsian konsep ini secara lebih luas di lembaga pendidikan Islam lainnya.