The formation of quality character in Islamic education requires a solid philosophical foundation to align knowledge with values. This background emphasizes the importance of understanding the basic framework of the philosophy of science. Therefore, the focus of this research is to analyze the integral role of three main branches of philosophy—ontology, epistemology, and axiology—in shaping a comprehensive Islamic education system. As a research step, a library research method was used to collect and analyze data from various scientific literature to synthesize the contributions of each branch of philosophy. The main findings indicate that ontology defines the essence of Islamic education, which is centered on monotheism and the purpose of human creation as servants and caliphs. Epistemology regulates the acquisition of knowledge, which is not only sourced from reason and the senses but also guided by revelation (the Qur'an and Sunnah). Meanwhile, axiology provides a value and ethical dimension, directing the use of knowledge to develop noble character and achieve goodness in this world and the hereafter. In conclusion, the integration of these three branches of philosophy forms a holistic Islamic education system and is crucial for producing a generation that is not only intelligent but also possesses strong character and is able to apply their knowledge responsibly. AbstrakPembentukan karakter berkualitas dalam pendidikan Islam memerlukan landasan filosofis yang kokoh untuk menyelaraskan ilmu dengan nilai. Latar belakang masalah ini mendorong pentingnya pemahaman terhadap kerangka dasar filsafat ilmu. Oleh karena itu, fokus penelitian ini adalah menganalisis peran integral tiga cabang utama filsafat—ontologi, epistemologi, dan aksiologi—dalam membentuk sistem pendidikan Islam yang komprehensif. Sebagai langkah penelitian, metode studi kepustakaan (library research) digunakan untuk mengumpulkan dan menganalisis data dari berbagai literatur ilmiah, guna mensintesiskan kontribusi masing-masing cabang filsafat tersebut. Temuan utama menunjukkan bahwa ontologi mendefinisikan hakikat pendidikan Islam yang berpusat pada tauhid dan tujuan penciptaan manusia sebagai hamba dan khalifah. Epistemologi mengatur cara perolehan ilmu yang tidak hanya bersumber dari akal dan indra, tetapi juga berpedoman pada wahyu (Al-Qur’an dan Sunnah). Sementara itu, aksiologi memberikan dimensi nilai dan etika, yang mengarahkan agar ilmu dimanfaatkan untuk membentuk akhlak mulia serta mencapai kebaikan di dunia dan akhirat. Kesimpulannya, integrasi ketiga cabang filsafat ini membentuk sistem pendidikan Islam yang holistik dan sangat penting untuk melahirkan generasi yang tidak hanya cerdas, tetapi juga berkarakter kuat dan mampu mengamalkan ilmunya secara bertanggung jawab.