Penelitian ini dilatarbelakangi oleh keterbatasan studi mengenai penerapan Project-Based Learning (PjBL) pada mata kuliah Program Linear di perguruan tinggi, khususnya pada daerah 3T seperti Kepulauan Aru. Kondisi geografis, sosio-ekonomi, serta karakter budaya masyarakat kepulauan menciptakan dinamika pembelajaran yang unik, sehingga temuan dari konteks urban belum tentu dapat digeneralisasi. Selain itu, sebagian besar penelitian terdahulu lebih berfokus pada hasil belajar kognitif akhir tanpa mengeksplorasi persepsi dan pengalaman subjektif mahasiswa selama proses pembelajaran. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis dampak penerapan PjBL terhadap pemahaman konsep Program Linear serta mengungkap persepsi mahasiswa Pendidikan Matematika PSDKU Kabupaten Kepulauan Aru terhadap pengalaman belajar tersebut. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode kuantitatif dengan desain penelitian post-test only. Hasil penelitian menunjukkan bahwa penerapan PjBL berdampak terhadap peningkatan kemampuan pemahaman konsep mahasiswa dengan nilai t sebesar 2,744 dan nilai efek size d = 0,433, dan juga memberikan pengalaman belajar yang positif serta memotivasi dengan nilai analisis korelasi Pearson r = 0,538. Oleh karena itu, penerapan model pembelajaran PjBL dapat menjadi alternatif pembelajaran yang relevan dan adaptif, khususnya di daerah 3T, untuk meningkatkan kualitas pendidikan matematika.