Moluska merupakan salah satu biota laut yang paling banyak ditemukan di daerah padang lamun dan dimanfaatkan oleh masyarakat di Biak. Akan tetapi informasi mengenai keanekaragaman spesies dan kelimpahan moluska di perairan Kepulauan Padaido dan Aimando, Biak Papua hingga saat ini masih kurang. Penelitian biota moluska di daerah padang lamun Kepulauan Padaido Aimando, Biak telah dilakukan pada bulan April - Oktober 2014. Metode sampling menggunakan transek kuadrat mulai dari tepi pantai menuju ke arah laut pada 15 stasiun. Sampel moluska diawetkan dalam larutan alkohol 40% dan selanjutnya dibersihkan serta diidentifikasi di laboratorium. Diperoleh 239 spesies moluska yang terdiri dari 177 spesies dari kelas Gastropoda dan 62 spesies dari kelas Bivalvia. Moluska dengan penyebaran yang luas ditemukan pada spesies Monetaria annulus, Conomurex luhuanus dan Canarium urceus dari kelas Gastropoda, sedangkan dari kelas Bivalvia adalah Anadara antiquata. Nilai indeks keanekaragaman spesies (H) tertinggi terdapat di Stasiun 7 (3,951) dan terendah pada Stasiun 14 (3,077). Nilai indeks kekayaan spesies (d) berkisar antara 9,041 – 10,883 dan nilai indeks kemerataan spesies (J) berkisar antara 0,768 – 0,99. Adapun indeks dominan berkisar antara 0,020 – 0,092. Dilihat dari indeks similaritasnya, Stasiun 3 memiliki kesamaan yang tinggi dengan Stasiun 4. Penelitian ini dapat dijadikan sebagai sumber informasi keanekaragaman spesies dan kelimpahan moluska yang diperlukan dalam proses pengambilan keputusan untuk manajemen sumberdaya moluska di Biak.