Perkembangan teknologi pendidikan telah mendorong penggunaan media pembelajaran interaktif untuk meningkatkan kualitas proses belajar, khususnya pada materi biologi yang banyak mengandung konsep abstrak dan sulit diamati langsung. Di MA Miftahul Ulum Suren, hasil observasi awal menunjukkan rendahnya pencapaian siswa pada materi sistem pernapasan akibat dominasi metode ceramah dan keterbatasan media visual. Media video animasi dinilai memiliki potensi untuk memvisualisasikan proses biologis yang kompleks secara lebih menarik dan mudah dipahami. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh penggunaan media video animasi terhadap hasil belajar biologi siswa kelas XI MA Miftahul Ulum Suren pada materi sistem pernapasan. Penelitian menggunakan pendekatan kuantitatif dengan desain kuasi eksperimen tipe Nonequivalent Pretest-Posttest Control Group Design. Sampel terdiri dari dua kelas XI IPA yang dipilih secara simple random sampling, yaitu kelas eksperimen menggunakan media video animasi dan kelas kontrol menggunakan metode ceramah. Instrumen berupa 25 soal pilihan ganda dan 5 soal esai yang divalidasi oleh ahli. Analisis data dilakukan menggunakan uji Mann-Whitney U karena data tidak berdistribusi normal. Hasil penelitian menunjukkan adanya perbedaan signifikasi hasil belajar antara kelas eksperimen dan kelas kontrol (p = 0,000 < 0,05). Kelas eksperimen mengalami peningkatan rata-rata skor sebesar 18,59 poin, sedangkan kelas kontrol hanya meningkat 7,09 poin. Media video animasi terbukti efektif membantu pemahaman konsep abstrak sistem pernapasan melalui visualisasi yang dinamis dan interaktif. Penelitian lanjutan disarankan untuk menguji efektivitas media video animasi pada materi dan konteks yang berbeda serta mengombinasikannya dengan model pembelajaran berbasis proyek atau kolaboratif. Guru dapat memanfaatkan media video animasi sebagai alternatif strategi pembelajaran untuk meningkatkan pemahaman dan keterlibatan siswa, khususnya pada materi biologi yang bersifat abstrak. Penelitian ini memberikan kontribusi baru dengan menguji efektivitas media video animasi di lingkungan madrasah, yang selama ini minim pemanfaatan teknologi pembelajaran interaktif, pada materi biologi yang kompleks seperti sistem pernapasan.