Cendawan endofit adalah salah satu agen pengendali biologi yang dapat melindungi tanaman dari serangan patogen. Bawang dayak merupakan tanaman obat di Kalimantan Selatan sebagai inang dari cendawan endofit yang berpotensi sebagai agen pengendali biologi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kemampuan cendawan endofit bunga bawang dayak, Fusarium solani EnI, dalam mengendalikan penyakit layu fusarium di tanaman bawang merah, kemampuan hambatnya dengan Aspergillus flavus dan skrining bahan metabolit yang terkandung dalam ekstrak kultur endofit. Metode penelitian menggunakan uji penghambatan in vitro terhadap A.flavus, kejadian penyakit layu fusarium pada pada tanaman bawang yang merah yang diaplikasikan endofit cendawan bunga bawang dayak F. solani EnI di rumah kaca serta skrining fitokimia kultur endofit. Penelitian menggunakan Rancangan Acak Lengkap (RAL) satu faktor yaitu perbedaan media tumbuh secara in vitro dan pengayaan cendawan endofit pada benih dan media tanam secara in vivo. Parameter pengamatan meliputi persen daya hambat, kejadian penyakit layu fusarium, tinggi tanaman, berat kering tanaman dan uji kualitatif fitokimia. Hasil penelitian menunjukkan bahwa perlakuan benih dan media tanam yang diperkaya cendawan endofit F.solani EnI pada bawang merah telah meningkatkan ketahanan tanaman terhadap serangan layu fusarium ditunjukan dengan meningkatnya pertumbuhan tanaman dari parameter tinggi tanaman yaitu dengan nilai tanaman tertinggi 43 cm pada 7 MST dan berat kering tertinggi yaitu 22 g. Hal ini dikarenakan kemampuan endofit yang mengandung senyawa metabolit terpenoid yang bersifat antimikroba dari hasil kualitatif fitokimianya. Cendawan endofit F. solani EnI juga mampu menghambat pertumbuhan cendawan kontaminan A. flavus secara in vitro dengan daya hambat 50-68 % pada variasi media PDA, jagung dan kedelai.