Sistem rujukan berjenjang merupakan pilar penting dalam menjamin kesinambungan pelayanan kesehatan yang efisien dan merata, terutama di daerah dengan keterbatasan fasilitas seperti Kabupaten Intan Jaya, Papua Tengah. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis faktor-faktor yang memengaruhi rujukan pasien non-spesialistik dari Puskesmas Bilogai ke RSUD Kabupaten Nabire. Metode penelitian menggunakan pendekatan kualitatif dengan desain studi kasus. Penelitian dilaksanakan pada April–Mei 2025 di Puskesmas Bilogai, dengan pengumpulan data melalui wawancara mendalam terhadap enam informan yang terdiri dari tenaga medis dan pejabat kesehatan terkait, serta telaah dokumen. Hasil penelitian menunjukkan bahwa meskipun secara kuantitatif jumlah tenaga kesehatan telah memenuhi standar, namun terdapat ketimpangan dalam komposisi jenis profesi, seperti ketiadaan tenaga dokter keluarga, bidan, dan psikolog klinis. Keterbatasan sarana dan alat kesehatan, seperti alat diagnostik dan obat-obatan sesuai formularium nasional, juga menjadi pendorong utama rujukan. Kompleksitas kasus pasien, seperti kondisi gawat darurat dan kebutuhan diagnosis lanjutan, tidak dapat ditangani di tingkat puskesmas karena keterbatasan fasilitas. Selain itu, kebijakan anggaran yang belum optimal, ditambah dengan kondisi keamanan yang tidak stabil, turut menjadi penghambat efektifnya sistem rujukan. Penelitian ini merekomendasikan penguatan komposisi tenaga kesehatan, penyediaan fasilitas medis esensial, dan alokasi anggaran yang tepat untuk mendukung layanan kesehatan primer di daerah tertinggal.