Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis implementasi pendidikan karakter berbasis nilai-nilai Islam serta implikasinya terhadap kedisiplinan waktu peserta didik di MTs Sains Algebra Kota Sorong. Urgensi penelitian ini didasarkan pada masih ditemukannya kesenjangan antara pelaksanaan program keagamaan secara institusional dengan konsistensi perilaku disiplin waktu peserta didik dalam kehidupan sehari-hari. Penelitian ini menggunakan pendekatan kualitatif deskriptif dengan teknik pengumpulan data melalui wawancara mendalam, observasi, dan dokumentasi. Subjek penelitian meliputi wakil kepala madrasah bidang kesiswaan, wali kelas, guru pendidikan agama Islam, serta peserta didik. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pendidikan karakter telah diimplementasikan secara sistematis melalui program pembiasaan religius, keteladanan pendidik, serta penguatan kultur dan regulasi waktu madrasah. Implementasi tersebut berkontribusi dalam membentuk pemahaman moral dan kesadaran afektif peserta didik mengenai pentingnya disiplin waktu. Namun demikian, temuan penelitian juga menunjukkan bahwa kedisiplinan waktu belum sepenuhnya berkembang sebagai kemampuan manajemen diri yang stabil pada seluruh peserta didik. Ketidakkonsistenan perilaku disiplin waktu dipengaruhi oleh faktor regulasi diri, lingkungan keluarga, serta kebiasaan digital. Penelitian ini menyimpulkan bahwa pendidikan karakter berbasis nilai-nilai Islam telah berfungsi pada aspek moral knowing dan moral feeling, namun masih memerlukan penguatan pada aspek moral behavior melalui pendampingan reflektif dan pengembangan keterampilan manajemen diri peserta didik.