Antimicrobial Activity and 16S rRNA Gene Profiles of Potential Antimicrobial-Producing Endophytic Bacteria Isolated From Mangroves Rhizophora stylosa Griff. and Sonneratia alba Sm. From Enggano Island

Wibowo, Risky Hadi
Sipriyadi, Sipriyadi
Fahmi, Riziq Ilham Nur
Kurniawan, Denny
Simanjuntak, Putri Hezekiel Claracia

Elkawnie
Vol. 12 No. 1 (2026): Article In Press

Abstract: Mangroves Rhizophora stylosa Griff. and Sonneratia alba Sm. produce secondary metabolite compounds that are useful as potential sources of new antimicrobes because they inhibit the growth of pathogenic microbes. Endophytic bacteria are bacteria that live within plant tissues and are capable of producing metabolite compounds with antimicrobial properties. This study aimed to determine the antimicrobial activity and molecular profile of the 16S rRNA gene from endophytic bacterial isolates of R. stylosa Griff. and S. alba Sm. from Enggano Island. The isolates were subcultured on Nutrient Agar (NA) medium. The results showed that five isolates (DRSE 16, DRSE 17, ASAE 3, DSAE 17, and DSAE 19) out of 40 endophytic bacterial isolates exhibited potential activity against the testing microbes (Salmonella typhi, Enterococcus faecalis, and Candida albicans). The results of 16S rRNA identification showed that the bacterial isolate DRSE 16 had similarities with the species Stenotrophomonas nitritireducens strain BR-49, isolate DRSE 17 with the species Pseudomonas putida strain XT214, isolate ASAE 3 with the species Pseudomonas aeruginosa strain D3, isolate DSAE 17 with the species Bacillus subtilis strain C-2-3-2, and isolate DSAE 19 with the species Pseudomonas otitidis strain RR017. Abstrak: Bakau Rhizophora stylosa Griff. dan Sonneratia alba Sm. menghasilkan senyawa metabolit sekunder yang berguna untuk dijadikan sumber antibiotik baru karena dapat menghambat pertumbuhan mikroba patogen. Bakteri endofit merupakan bakteri yang hidup pada jaringan tumbuhan dan dapat menghasilkan senyawa metabolit yang dapat berfungsi sebagai antimikroba. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui aktivitas antimikroba dan profil molekuler gen 16S rRNA dari isolat bakteri endofit bakau R. stylosa Griff. dan S. alba Sm. asal Pulau Enggano. Isolat diremajakan pada media Nutrient Agar (NA), kemudian digunakan untuk menguji aktivitas senyawa antimikroba hasil kultur sel bakteri, supernatan, dan pelet. Hasil penelitian didapatkan bahwa lima isolat potensial (DRSE 16, DRSE 17, ASAE 3, DSAE 17 dan DSAE 19) dari 41 isolat bakteri endofit terhadap mikroba uji (Salmonella typhi, Enterococcus faecalis dan Candida albicans). Hasil identifikasi 16S rRNA menunjukkan bahwa isolat bakteri DRSE 16 memiliki kemiripan dengan spesies Stenotrophomonas nitritireducens galur BR-49, isolat DRSE 17 dengan spesies Pseudomonas putida galur XT214, isolat ASAE 3 dengan spesies Pseudomonas aeruginosa galur D3, isolat DSAE 17 dengan spesies Bacillus subtilis galur C-2-3-2, dan isolat DSAE 19 dengan spesies Pseudomonas otitidis strain RR017.