Garuda - Garba Rujukan Digital

Article Per Year (5 Year)

All

Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI)

JBBI
Website

Published by Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi

ISSN : 24422606 EISSN : 2548611X DOI : -

Core Subject : Science, Agriculture,

Agriculture, Biological Sciences & Forestry Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Immunology & microbiology

JBBI, Indonesian Journal of Biotechnology & Bioscience, is published twice annually and provide scientific publication medium for researchers, engineers, practitioners, academicians, and observers in the field related to biotechnology and bioscience. This journal accepts original papers, review articles, case studies, and short communications. The articles published are peer-reviewed by no less than two referees and cover various biotechnology subjects related to the field of agriculture, industry, health, environment, as well as life sciences in general. Initiated at the then Biotech Centre, the journal is published by the Laboratory for Biotechnology, the Agency for the Assessment and Application of Technology, BPPT.

Arjuna Subject : -

Articles 542 Documents

6 7 8 9 10

MULTIPLIKASI IN VITRO ANGGREK HITAM (Coelogyne pandurata Lindl.) PADA PERLAKUAN KOMBINASI NAA DAN BAP Kartiman, Roni; Sukma, Dewi; Aisyah, Syarifah Iis; Purwito, Agus
Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI) Vol 5, No 1 (2018): June 2018
Publisher : Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT)

In Vitro Multiplication of Black Orchid (Coelogyne pandurata Lindl.) Using the Combination of NAA and BAPABSTRACTBlack orchid is an indigenous plant from Kalimantan, Indonesia. It becomes endangered because of forest over-exploitation and its low natural reproduction rate. Tissue culture is considered to offer a solution to conserve and propagate this species. The aim of this research was to evaluate the effect of Naphtalene Acetic Acid (NAA) and 6-Benzile Amino Purine (BAP) on shoots multiplication of black orchid. The basic medium used was a half of Murashige & Skoog (MS) composition supplemented with 150 mLL-1 coconut water. Initial explants used were 6-month-old shoots of germinating seeds. The shoot cultures were incubated for 23 weeks. Results showed that the best combination for shoot multiplication was NAA 0.0 mgL-1 with BAP 0.2 mgL-1. Shoot grew better on medium with BAP and without NAA while roots growth was better on medium without the two plant growth regulators. The addition of BAP up to 0.3 mgL-1 increased the leaf number, which however decreased at higher BAP concentration.Keywords: BAP, black orchid, Coelogyne pandurata, multiplication, NAA ABSTRAKAnggrek hitam merupakan flora langka asli Kalimantan, Indonesia. Keberadaa anggrek ini di alam semakin langka akibat eksploitasi berlebihan dan sulitnya perbanyakan secara alami. Kultur jaringan merupakan metode untuk mengatasi kelangkaan anggrek ini. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui pengaruh kombinasi NAA dan BAP terhadap multiplikasi anggrek hitam. Media dasar yang digunakan adalah ½ MS dengan penambahan air kelapa 150 mLL-1. Eksplan yang digunakan adalah tunas hasil semai biji umur 6 bulan. Kultur tunas diinkubasi selama 23 minggu. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kombinasi terbaik untuk multiplikasi tunas adalah NAA 0 mgL-1 dengan BAP 0,2 mgL-1. Tunas tumbuh lebih baik dalam media dengan penambahan BAP tanpa NAA, sedangkan akar pada media tanpa NAA dan BAP. Penambahan BAP sampai 0.3 mgL-1 mampu meningkatkan jumlah daun, namun menurun dengan penambahan di atas konsentrasi tersebut.Kata Kunci: anggrek hitam, BAP, Coelogyne pandurata, multiplikasi, NAA

Back Cover JBBI Vol 4, No 2, December 2017 Sriherwanto, Catur
Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI) Vol 4, No 2 (2017): December 2017
Publisher : Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT)

Appendix JBBI Vol 4, No 2, December 2017: Keyword Index and Author Index Sriherwanto, Catur
Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI) Vol 4, No 2 (2017): December 2017
Publisher : Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT)

PERBANYAKAN IN VITRO PISANG KEPOK var. UNTI SAYANG TAHAN PENYAKIT DARAH MELALUI PROLIFERASI TUNAS Imelda, Maria; Wulansari, Aida; Sari, Laela
Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI) Vol 5, No 1 (2018): June 2018
Publisher : Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT)

In Vitro Propagation of Kepok Banana var. Unti Sayang Resistant to Blood Disease through Shoot ProliferationABSTRACTKepok is a popular banana variety but sensitive to blood disease caused by Ralstonia solanacearum (Smith). The discovery of a natural mutant of Kepok banana var. Unti Sayang from Sulawesi which male bud falls naturally, is a shortcut to bypass the chains of the spread of blood disease, since the disease is transmitted by insects through the wounds of the male buds. The superior mutant needs to be mass propagated and disseminated to endemic areas to inhibit the spread of blood disease. To achieve that goal, an efficient and effective techniques of in vitro shoot proliferation needs to be developed. Shoot proliferation was performed by addition of BAP, thidiazuron and adenine sulphate. The results showed that the best medium for shoot multiplication was B2T5A (MS+2 mg/L BAP+0,5 mg/L TDZ+20 mg/L adenine sulphate), and for shoot growth was B4A (MS+4 mg/L BAP+20 mg/L adenine sulphate). Rooting was induced on MS medium without hormones. Acclimatization of plantlets on mixed soil, compost and husks with a ratio of 1:1:1 resulted in 92,35% survival rate.Keywords: blood disease, in vitro shoot, Â male budless, natural mutant, var. Unti Sayang Â ABSTRAKPisang kepok merupakan varietas yang digemari tetapi sangat peka terhadap penyakit darah yang ditimbulkan oleh bakteri Ralstonia solanacearum (Smith). Ditemukannya mutan alami pisang kepok yang jantungnya gugur secara alami yaitu varietas Unti Sayang dari Sulawesi, merupakan jalan pintas untuk memotong rantai penyebaran penyakit darah, mengingat penyakit ini ditularkan oleh serangga melalui luka bekas bunga jantan pada jantung. Mutan unggul tersebut perlu diperbanyak secara massal dan disebarluaskan ke daerah endemik untuk menghambat penyebaran penyakit darah. Untuk mencapai tujuan tersebut, perlu dikembangkan teknik perbanyakan in vitro pisang kepok Unti Sayang yang efektif dan efisien melalui proliferasi tunas. Proliferasi tunas dilakukan dengan penambahan BAP, thidiazuron dan adenin sulfat. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa media terbaik untuk multiplikasi tunas adalah B2T5A (MS+2 mg/L BAP+0,5 mg/L TDZ+20 mg/L adenin sulfat), media terbaik untuk pertumbuhan tunas adalah B4A (MS+4 mg/L BAP+20 mg/L adenin sulfat). Akar dapat diinduksi pada media MS tanpa hormon. Aklimatisasi planlet pada media campuran tanah, kompos dan sekam dengan perbandingan 1:1:1 menghasilkan 92,35% planlet hidup.Kata Kunci: penyakit darah, tunas in vitro, tanpa jantung, mutan alami, var. Unti SayangÂ

PERAN MUTASI GEN ACY II TERHADAP PRODUKSI ANTIBIOTIK SEFALOSPORIN Mustika, Indria Puti; Wibisana, Ahmad
Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI) Vol 4, No 2 (2017): December 2017
Publisher : Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT)

The Roles of AcyII Gene Mutations for Production of AntibioticsÂ Derived From CephalosporinSemisynthetic antibiotics cephalosporins are widely used to treat infectious diseases, especially those caused by gram-negative bacteria. Various types of semisynthetic antibiotics could be synthesized using 7-aminocephalosporanic acid (7-ACA) as the main raw material. 7-ACA is obtained by conversion of cephalosporin C, either chemically or enzymatically. Converting cephalosporin C to 7-ACA enzymatically in one step involves the cephalosporin acylase enzyme. Currently, all of cefalosporin acylase enzymes produced by wild-type microbes have only high activity on glutaryl-7-ACA as the main substrate. Genetic engineering of the encoding gene of cefalosporin acylase is required to obtain recombinant enzyme having high activity on cephalosporin C. In this paper, the engineering attempts made on acyII gene from Pseudomonas SE83 using directed mutagenesis, error prone PCR, and structural modeling are described.Â Keywords: AcyII gene, cephalosporin, cephalosporin C acylase, enzyme activity, mutationÂ ABSTRAKAntibiotik sefalosporin semisintetik banyak digunakan untuk mengatasi penyakit infeksi, khususnya yang ditimbulkan oleh bakteri gram negatif. Berbagai jenis antibiotik semisintetk dapat disintesis menggunakan senyawa asam 7-aminosefalosporanat (7-ACA) sebagai bahan baku utamanya. Senyawa 7-ACA diperoleh melalui konversi sefalosporin C, baik yang dilakukan secara kimiawi maupun enzimatis. Konversi sefalosporin C menjadi 7-ACA secara enzimatis dalam satu langkah melibatkan enzim sefalosporin asilase. Hingga saat ini, seluruh enzim sefalosporin asilase yang dihasilkan oleh mikroba wild type hanya mempunyai aktifitas yang tinggi terhadap glutaryl-7-ACA. Rekayasa genetik terhadap gen pengkode enzim sefalosporin asilase diperlukan untuk memperoleh enzim rekombinan yang mempunyai aktifitas tinggi terhadap substrat sefalosporin C. Dalam ulasan ini diuraikan upaya-upaya rekayasa yang telah dilakukan terhadap gen acyII dari Pseudomonas SE83 menggunakan teknik mutasi terarah, error prone PCR, dan pemodelan struktur.Kata kunci: Aktivitas enzim, gen acyII, mutasi, sefalosporin, sefalosporin C asilaseÂ Received: 14September 2017Â Â Â Â Accepted: 19 December 2017 Â Â Â Â Published: 30 December 2017Â Â Â Â Received: 14September 2017Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Accepted: 19 December 2017 Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Published: 30 December 2017Â Â

ISOLASI DAN ANALISIS GENISTEIN DARI TEMPE BUSUK MENGGUNAKAN METODE KROMATOGRAFI KOLOM Soetjipto, Hartati; Martono, Yohanes; Yuniarti, Zulfa
Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI) Vol 5, No 1 (2018): June 2018
Publisher : Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT)

Isolation and Analysis of Genistein of Overripe Tempe using Column Chromatography MethodABSTRACTGenistein is one of the aglycone isoflavone compounds in tempe that has various biochemical activities, including anticancer, antitumor, and antioxidants. Commonly used isoflavone extraction methods resulted in isoflavone crude extract. The aim of this study was to isolate the genistein of overripe tempe through determining the appropriate combination of mobile phases in genistein isolation and the determination of genistein content in both crude extract and isolate. The overripe tempe was first extracted, then genistein was isolated from the crude extract using column chromatography method. The determination of mobile phase combination was done by Thin Layer Chromatography while the genistein content was quantitatively determined by using High Performance Liquid Chromatography. The results showed that the appropriate combination of mobile phase for genistein isolation was chloroform : methanol (15 : 1, v/v). Genistein content in the crude extract and isolates were 4737.50 and 31.36 Î¼g/g extract, respectively. The genistein purity in the isolates was 63.80%, while the purity in the isoflavone extract was 31.98%.Keywords: genistein, HPLC, isoflavone, overripe tempe, TLCÂ ABSTRAKGenistein merupakan salah satu senyawa isoflavon aglikon dalam tempe yang memiliki bermacam-macam aktivitas biokimia, diantaranya antikanker, antitumor, dan antioksidan. Metode ekstraksi isoflavon yang umum diterapkan, menghasilkan ekstrak kasar isoflavon yang masih berupa campuran. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengisolasi genistein dari tempe busuk melalui tahap penentuan kombinasi fase gerak yang tepat dalam isolasi genistein serta penentuan kandungan genistein baik dalam ekstrak kasar maupun isolat. Tempe busuk mula-mula diekstrak, selanjutnya genistein diisolasi dari ekstrak kasar menggunakan metode kromatografi kolom. Penentuan kombinasi fase gerak dilakukan secara Kromatografi Lapis Tipis, sedangkan kandungan genistein secara kuantitatif ditentukan dengan menggunakan Kromatografi Cair Kinerja Tinggi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kombinasi fase gerak yang tepat untuk isolasi genistein adalah kloroform : metanol (15 : 1, v/v). Kandungan genistein dalam ekstrak kasar dan isolat genistein berturut-turut sebesar 4737,50 dan 31,36 Î¼g/g ekstrak. Kemurnian genistein dalam isolat adalah sebesar 63,80%, sedangkan kemurniannya dalam ekstrak isoflavon adalah sebesar 31,98%.Â Kata Kunci: genistein, HPLC, isoflavon, tempe busuk, KLT

KARAKTERISTIK DAN SIFAT KINETIKA ENZIM KITINASE ASAL JAMUR ENTOMOPATOGEN Beauveria bassiana Elawati, Nunung Eni; Pujiyanto, Sri; Kusdiyantini, Endang
Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI) Vol 5, No 1 (2018): June 2018
Publisher : Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT)

Characteristics and Kinetics of Chitinase Enzyme from Entomopathogenic Fungus Beauveria bassianaBeauveria bassiana is one of the entomopathogenic fungi that produces chitinase when infecting the host. Chitinase is widely used as biocontrol agents because it can degrade chitin into an environmentally friendly product. This study aims to characterize and test the kinetics of chitinase from B. bassiana. This characterization includes determination of pH and optimum temperature, enzyme stability and enzyme kinetics test by determining Km and Vmax value with Lineweaver-Burk equations. The result of experiment showed that the chitinase B. bassiana had pH and optimum temperature of 5 and 40ÂºC respectively. This enzyme was stable until 90 minutes incubation at 40ÂºC. The Km and Vmax values were 0.181 mg/L and 0.022 mg/L.sec respectively. The Km value is higher than Vmax, which means the affinity of the enzyme to the lower substrate requiring high substrate concentration to increase the reaction rate. It can be concluded that the chitinase activity of B. bassiana is still low.Keywords: Beauveria bassiana, characteristics and kinetics, chitinase enzyme, entomopathogenic, Lineweaver-BurkABSTRAKBeauveria bassiana merupakan salah satu jamur entomopatogen yang memproduksi kitinase saat menginfeksi inangnya. Enzim kitinase saat ini banyak digunakan sebagai agen biokontrol karena dapat mendegradasi kitin menjadi produk yang ramah lingkungan. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi dan menguji kinetika enzim kitinase asal jamur B. bassiana. Metode yang digunakan dalam karakterisasi ini mencakup penentuan pH dan suhu optimum, kestabilan enzim pada suhu optimumnya, dan uji kinetika enzim yang mencakup penentuan nilai Km dan Vmaks dengan persamaan Lineweaver-Burk. Hasil penelitian karakterisasi menunjukkan bahwa enzim kitinase B. bassiana mempunyai pH dan suhu optimum masing-masing 5 dan 40ÂºC. Enzim ini stabil sampai pada 90 menit inkubasi pada suhu 40ÂºC. Nilai Km diperoleh 0,181 mg/L dan Vmaks sebesar 0,022 mg/L.detik. Nilai Km lebih tinggi daripada Vmaks, yang artinya afinitas enzim terhadap substrat rendah sehingga membutuhkan konsentrasi substrat yang tinggi untuk meningkatkan kecepatan reaksi, maka dapat disimpulkan bahwa aktivitas kitinase dari B. bassiana masih tergolong rendah.Kata kunci: Beauveria bassiana, entomopatogen, enzim kitinase, karakteristik dan kinetik, Lineweaver-Burk

OPTIMASI PROSES UNTUK EKSPRESI GEN ENDOGLUKANASE DARI Bacillus sp. RP1 OLEH Escherichia coli BL21 (DE3)/ egc Victor, Hans; Moeis, Maelita Ramdani
Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI) Vol 5, No 1 (2018): June 2018
Publisher : Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT)

Process Optimization for Endoglucanase Gene Expression Derived from Bacillus sp. RP1 by Escherichia coli BL21 (DE3)/egcABSTRACTCellulases are one of the most used enzymes in industrial processes. In an effort to increase production, industries have developed strategies such as isolating new cellulase producing strains, genetic engineering and process optimization since the last 50 years. One endoglucanase producing strain, Bacillus sp. RP1 was isolated from hot springs. The ribosome binding site and coding sequence of the endoglucanase gene (egc) from Bacillus sp. RP1 was cloned into pGEM-T Easy. The recombinant plasmid was used to transform E. coli BL21 (DE3). Cloning was followed by process optimization. Medium composition was selected using Plackett-Burman design. The medium components tested were rice hull, molasses, ammonium chloride, urea and fishmeal. Rice hull and molasses were found to be the factors most influencing enzyme activity and dry cell weight, respectively. The next step involved Box-Behnken method and response surface methodology to optimize the responses against molasses concentration, rice hull concentration and fermentation time. The concentration intervals used to test were 1%, 5.5% and 10% while the fermentation time used were 24, 36 and 48 hours. The conditions which optimized both enzyme activity and dry cell weight were 7.45% molasses, 6.45% rice hull and 39.52 hours of fermentation.Keywords: Bacillus sp. RP1, E. coli BL21 (DE3), egc, Endoglucanase, optimizationÂ ABSTRAKSelulase adalah salah satu enzim yang banyak dimanfaatkan dalam berbagai industri. Sebagai upaya untuk memenuhi kebutuhan, 50 tahun terakhir dikembangkan beberapa strategi untuk meningkatkan produksi selulase yang mencakup rekayasa genetika dan optimasi proses. Karena itu, dilakukan kloning gen egc dan RBS yang berasal dari Bacillus sp. RP1 yang diisolasi dari sumber air panas ke dalam vektor pGEM-T Easy. E. coli BL21 (DE3) ditransformasikan dengan vektor yang mengandung gen egc tersebut. Setelah kloning, optimasi proses berupa desain medium turut dilakukan untuk mengoptimalkan ekspresi gen egc. Desain medium diawali dengan seleksi komposisi medium menggunakan metode Plackett-Burman. Komponen medium yang diuji adalah kulit beras, molase, amonium klorida, urea dan tepung ikan. Kulit beras dan molase diperoleh sebagai bahan yang paling berpengaruh terhadap aktivitas enzim dan berat kering sel. Tahap selanjutnya melibatkan metode statistik Box-Behnken dan metodologi respons permukaan yang bertujuan mengoptimalkan respons aktivitas enzim dan berat kering sel terhadap konsentrasi molase, konsentrasi kulit beras dan lama fermentasi. Konsentrasi yang diuji adalah 1%, 5,5% dan 10%, sedangkan lama fermentasi yang diuji adalah 24, 36 dan 48 jam. Konsentrasi optimal molase adalah 7,45% dan konsentrasi optimal kulit beras adalah 6,45% dengan lama fermentasi optimal 39,52 jam.Kata Kunci: Bacillus sp. RP1, E. coli BL21 (DE3), egc, Endoglukanase, optimasi

POTENSI SENYAWA BIOAKTIF TANAMAN GENUS Phyllanthus SEBAGAI INHIBITOR REPLIKASI VIRUS HEPATITIS B Firdayani, .; Kusumaningrum, Susi; Miranti, Yosephine Ria
Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI) Vol 4, No 2 (2017): December 2017
Publisher : Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT)

Potency of Plant Bioactive Compounds from the Genus PhyllanthusÂ as Hepatitis B Virus Replication InhibitorIn this research, simulations of molecular docking of Phyllanthus bioactive compounds were performed into the core protein of HBV. This simulation aimed to predict the interaction between compounds with virus core protein causing disruption of capsid formation and inhibiting its replication. The docking simulation was completed by Molegro Virtual Docker 6.0. The 3D stable conformation of molecule structures were docked into HBV core protein downloaded from Protein Data Bank, then the results were analyzed to view the minimum energy and interactions that occurred. The coordinate docking was done at the same coordinate as the previously docked reference ligand position and was validated. From the results it was known that repandusinic acid formed the most stable affinity bond with amino acid residues of viral core proteins. Interaction of B chain forming hydrogen bonds with the amino acid residues of Thr 33, Trp 102, Phe 23, Leu 140, Tyr 118 and Ser 141, and C chain with Thr 128, Val 124 and Glu 117.These compounds can be used as marker for anti HBV.Keyword: Bioactive compounds, core protein, HBV , molecular docking, PhyllanthusÂ ABSTRAKPada penelitian ini dilakukan simulasi penambatan molekul senyawa-senyawa bioaktif Phyllanthus ke dalam protein inti virus hepatitis B. Simulasi ini bertujuan untuk memprediksi interaksi terbentuk antara senyawa dengan protein yang menyebabkan terganggunya pembentukan kapsid virus dan menghambat replikasinya. Simulasi penambatan molekul dilakukan menggunakan program Molegro Virtual Docker 6.0. Sebagai reseptor target digunakan struktur 3D protein inti yang diunduh dari Protein Data Bank. Posisi penambatan dilakukan pada koordinat yang sama dengan posisi ligan referensi yang sudah tertambat sebelumnya dan tervalidasi. Dari hasil simulasi diketahui bahwa asam repandusinat membentuk komplek dengan energi afinitas ikatan yang paling kecil dengan residu asam amino protein inti virus. Interaksi terjadi dengan rantai B yang membentuk ikatan hidrogen dengan asam amino Thr 33, Trp 102, Phe 23, Leu 140, Tyr 118 dan Ser 141, dan rantai C dengan asam amino Thr 128, Val 124 dan Glu 117. Senyawa ini dapat dijadikan sebagai marka untuk anti VHB.Kata kunci:Â Penambatan molekul,Â Phyllanthus, protein inti, senyawa bioaktif, VHBReceived: 11 December 2017Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Accepted: 27 December 2017Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Published: 31 December 2017Â

ANALISIS BIOINFORMATIKA BERBASIS WEB PADA SEKUEN GENOM PARSIAL SAGU (Metroxylon sagu Rottb.) Purwoko, Devit; Cartealy, Imam Civi; Tajuddin, Teuku; Dinarti, Diny; Sudarsono, Sudarsono
Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI) Vol 5, No 1 (2018): June 2018
Publisher : Badan Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT)

WEB-based bioinformatic analysis on partial genome sequence of Sago (Metroxylon sagu Rottb.)ABSTRACTSago genome sequencing analysis is still very limited. This study is a preliminary study of sago sequence analysis obtained from NGS technology to understand and identify new genetic sequences that have homology to genes in the NCBI database. Sequences were analyzed using Blast2Go to determine the genetic function annotation, putative gene identification was performed on the Arabidopsis database using the BLASTx program with a 10-3 e-value limit on The Arabidopsis Information Resource (TAIR) (http://www.arabidopsis.org/index.jsp). Gene interactions were analyzed using DAVID and GeneMania programs. Based on sequence analysis with Blast2Go, 33 sequences with Blastx hit consisting of: 29 sequences had a high homology. The sago sequences with a similarity of ≥ 90% are glutamate decarboxylase and HT1-like serine threonine kinase with hit number 10. The distribution of interactions between genes from GeneMania analysis is known to be mostly interconnected in the 65.13% protein domain, predicted 19.83%, genes with 14.47% shared expression and the remaining 0.57% had localization together.Keywords: bioinformatics, gene annotation, gene ontology, genome sequence, Metroxylon sagu ABSTRAKKajian analisis sekuen genom sagu hingga saat ini masih amat terbatas. Penelitian ini merupakan riset pendahuluan analisis sekuen sagu yang diperoleh dari teknologi NGS untuk mengetahui dan mengidentifikasi sekuen gen baru yang memiliki homologi dengan gen pada database NCBI. Sekuen dianalisis menggunakan perangkat Blast2Go untuk mengetahui anotasi fungsional gen, identifikasi gen putatif dilakukan terhadap database Arabidopsis menggunakan program BLASTx dengan batas e-value 10-3 pada The Arabidopsis Information Resource (TAIR). Interaksi gen dianalisis menggunakan program DAVID dan GeneMania. Berdasarkan analisis sekuen dengan Blast2Go, diperoleh 33 sekuen dengan Blastx hit yang terdiri atas: 29 sekuen memiliki homologi yang tinggi. Gen dengan rataan kemiripan ≥ 90% adalah glutamate decarboxylase dan serine threonine-kinase HT1-like dengan jumlah hit 10. Persebaran interaksi antar gen hasil analisis GeneMania diketahui sebagian besar saling terkait pada domain protein 65,13%, koneksi yang berhasil diprediksi 19,83%, gen dengan ekspresi bersama 14,47% dan sisanya 0,57% memiliki peranan bersama. Kata Kunci: anotasi gen, bioinformatika, Metroxylon sagu, ontologi gen, sekuen genome

Page 8 of 55 | Total Record : 542

6 7 8 9 10

Filter by Year

2014 2023

Filter By Issues

All Issue Vol. 10 No. 1 (2023): Juni 2023 Vol. 9 No. 2 (2022): December 2022 Vol. 9 No. 1 (2022): June 2022 Vol. 8 No. 2 (2021): December 2021 Vol. 8 No. 1 (2021): June 2021 Vol. 7 No. 2 (2020): December 2020 Vol. 7 No. 1 (2020): June 2020 Vol. 6 No. 2 (2019): December 2019 Vol. 6 No. 1 (2019): June 2019 Vol 6, No 1 (2019): June 2019 Vol. 5 No. 2 (2018): December 2018 Vol 5, No 2 (2018): December 2018 Vol 5, No 1 (2018): June 2018 Vol. 5 No. 1 (2018): June 2018 Vol. 4 No. 2 (2017): December 2017 Vol 4, No 2 (2017): December 2017 Vol. 4 No. 1 (2017): June 2017 Vol 4, No 1 (2017): June 2017 Vol. 3 No. 1 (2016): June 20160 Vol 3, No 1 (2016): June 20160 Vol. 3 No. 2 (2016): December 2016 Vol 3, No 2 (2016): December 2016 Vol. 3 No. 1 (2016): June 2016 Vol 3, No 1 (2016): June 2016 Vol. 2 No. 2 (2015): December 20150 Vol 2, No 2 (2015): December 20150 Vol. 2 No. 1 (2015): June 20150 Vol 2, No 1 (2015): June 20150 Vol 2, No 2 (2015): December 2015 Vol. 2 No. 2 (2015): December 2015 Vol 2, No 1 (2015): June 2015 Vol. 2 No. 1 (2015): June 2015 Vol. 1 No. 1 (2014): December 20140 Vol 1, No 1 (2014): December 20140 Vol 1, No 1 (2014): December 2014 Vol. 1 No. 1 (2014): December 2014 More Issue

Home Page

OAI Link

Editorial Team

Contact

Reviewer

Google Scholar

Contact Name
-

Contact Email
-

Phone
-

Journal Mail Official
-

Editorial Address
-

Location
Kota adm. jakarta pusat,

Dki jakarta

INDONESIA

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Home Page

OAI Link

Editorial Team

Contact

Reviewer

Google Scholar

Contact Name -

Contact Email -

Phone -

Journal Mail Official -

Editorial Address -

Location Kota adm. jakarta pusat, Dki jakarta INDONESIA

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Contact Name
-

Contact Email
-

Phone
-

Journal Mail Official
-

Editorial Address
-

Location
Kota adm. jakarta pusat,

Dki jakarta

INDONESIA