Penelitian ini dilatarbelakangi oleh tantangan perkembangan zaman abad 21 di era revolusi industri 4.0 saat ini peserta didik dituntut memiliki keterampilan berpikir kritis. Salah satu solusinya adalah implementasi Program yang inovatif yaitu program madrasah riset.Tujuan Penelitian untuk menganalisis implementasi program riset dalam meningkatkan berpikir kritis (Critical Thingking) siswa. Metode penelitian menggunakan metode penelitian kualitatif, Informannya berjumlah 11 Informan. Adapun Hasil penelitian ini yaitu Implementasi Program Madrasah Riset dalam Meningkatkan berpikir kritis Siswa MAN 2 Jakarta Timur berjalan dengan baik, terlihat dari 3 tahapan implementasi Madrasah riset pertama tahap Perencanaan, dengan diawali MAN 2 ditetapkan sebagai madrasah penyelenggara riset tahun 2020, merumuskan sasaran dan tujuan penyelenggaraan program serta strategi untuk mencapai tujuan yang di harapkan. Kedua tahap Pelaksanaan program madrasah Riset melalui pembelajaran riset, kegiatan KIR (Karya Ilmiah Remaja), pembinaaan dan pelatihan riset, pelaksanaan mulok riset. Ketiga tahap Evaluasi program madrasah riset ini disesuaikan dengan capaian target dalam pembelajaran dan rubrik penilaiannya menyesuaikan dengan tugas yang diberikan. Adapun Program Madrasah Riset ini dapat meningkatkan berpikir Kritis siswa terlihat dari 6 aspek dari mulai siswa dapat melaksanakan interpretasi, analisis, evaluasi, inferensi, ekspalansi dan pengaturan diri atau regulasi diri dengan baik, sehingga dengan melaksanakan program madrasah riset ini siswa terlatih dalam berpikir kritis