Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2020 - 2025
1.463
P-Index
This Author published in this journals
All Journal VALENSI Indonesian Journal of Biotechnology Chimica et Natura Acta Indonesian Journal of Chemistry Jurnal Kartika Kimia al Kimiya : Jurnal Ilmu Kimia dan Terapan
Umi Baroroh
Indonesian School Of Pharmacy
Agriculture, Biological Sciences & Forestry Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Chemical Engineering, Chemistry & Bioengineering Chemistry Education Environmental Science Immunology & microbiology Materials Science & Nanotechnology

Published : 8 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 3 Documents
Search
Journal : Chimica et Natura Acta

 1 
Pola Perubahan Urutan Asam Amino pada Hemaglutinin Virus H5N1 Indonesia Idar Idar; Soni Muhsinin; Umi Baroroh; Muhammad Yusuf
Chimica et Natura Acta Vol 7, No 3 (2019)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (210.021 KB) | DOI: 10.24198/cna.v7.n3.26314

Abstract

Wabah virus flu burung tipe A, H5N1 yang memiliki patogenisitas tinggi diketahui telah menginfeksi dan mematikan jutaan unggas di Indonesia sehingga menimbulkan kerugian yang besar secara ekonomi pada peternakan unggas.  Hemaglutinin pada virus ini merupakan salah satu faktor penentu patogenisitas virus. Selain itu, komponen virus ini rentan mengalami mutasi dan dapat menyebabkan pergeseran dan penataan ulang antigen virus sehingga tercipta clade virus yang baru. Kemudian peranan HA dalam penempelan virus ke sel inang menyebabkan HA ini menjadi target untuk pengembangan obat maupun vaksin. Dengan demikian, penelitian ini bertujuan mencari pola urutan asam amino hemaglutinin yang khas pada H5N1 yang memiliki patogenisitas tinggi di Indonesia. Penelitian ini dilakukan dengan cara mengumpulkan urutan asam amino hemaglutinin H5N1 yang menginfeksi unggas di Indonesia mulai 2006 sampai 2016. Kemudian untuk mengetahui pola urutan asam amino hemaglutinin yang khas pada H5N1, dilakukan analisis penjajaran. Berdasarkan analisis tersebut dikethui bahwa urutan asam amino bagian loop hemagglutinin yang berada pada daerah asam amino posisi 341-346 memiliki pola –RRK-.
Studi In Silico Gadolinium(III)-Diethylene Triamine Pentaacetic Acid-Folat Dan Modifikasinya Terhadap Reseptor Folat Sebagai Senyawa Pengontras Untuk Deteksi Kanker Muhammad Yusuf; Bayu Shiddiq Widhi Pratama; Umi Baroroh; Shabarni Gaffar; Ukun M.S. Soedjanaatmadja
Chimica et Natura Acta Vol 9, No 3 (2021)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24198/cna.v9.n3.36035

Abstract

Tumor ganas atau kanker merupakan salah satu masalah utama kesehatan di dunia.  Pendeteksian dini sel kanker dengan menggunakan Magnetic Resonance Imaging (MRI) memungkinkan penanganan yang lebih baik. Pemilihan senyawa kontras yang tepat dapat meningkatkan akurasi diagnosa terhadap penyakit kanker. Sel kanker banyak mengekspresikan reseptor folat α yang mampu mengikat asam folat dalam tubuh. Penambahan asam folat ke dalam senyawa pengontras Gadolinium (III)-diethylene triamine pentaacetic acid (Gd-DTPA) berguna untuk meningkatkan spesifisitas diagnostik sel kanker. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui interaksi senyawa pengontras dengan molekul target reseptor folat α dengan penambatan molekul dan simulasi dinamika molekul (MD). Struktur Gd-DTPA-folat dimodelkan dari struktur kristal Gd-DTPA dan folat. Hasil penambatan molekul dan simulasi MD menunjukkan interaksi Gd-DTPA-folat menurunkan afinitas folat terhadap reseptornya. Hasil perhitungan energi reseptor folat dengan folat dan Gd-DTPA-folat pada simulasi MD masing-masing -47,65 kkal/mol dan -43,78 kkal/mol. Modifikasi dilakukan pada struktur asam folat dengan penambahan gugus formil dan diuji kembali dengan penambatan molekul dan simulasi MD. Hasil simulasi menunjukkan bahwa modifikasi berpengaruh terhadap peningkatan afinitas folat dengan reseptor folat α melalui interaksi elektrostatik, dengan energi yang dihasilkan pada penambatan molekul dan MD masing-masing sebesar -7,04 kkal/mol dan -60,04 kkal/mol. Hasil penelitian ini diharapkan dapat bermanfaat untuk menghasilkan senyawa pengontras yang spesifik terhadap sel kanker.
Desain Peta Plasmid Pengkode α-Amilase Saccharomycopsis fibuligera R64 Mutan dan Pemodelan Struktur Protein Umi Baroroh; Shinta Kusumawardhani; Mia Tria Novianti; Muhammad Yusuf; Irma Mardiah; Ridha Nurfadlillah Azhari
Chimica et Natura Acta Vol 10, No 3 (2022)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24198/cna.v10.n3.42053

Abstract

Enzim α-amilase merupakan enzim yang banyak digunakan pada industri berbasis pati, diantaranya industri pangan, farmasi, tekstil, dan detergen. Enzim ini bahkan semakin dikembangkan di bidang biomedis, bioanalitik, dan kesehatan. α-Amilase dari Saccharomycopsis fibuligera R64 (Sfamy R64) merupakan enzim dari isolat lokal yang memiliki aktivitas amilolitik yang terbaik dari isolat lainnya, meskipun kemampuan adsorptivitasnya masih rendah. α-Amilase dengan adsorptivitas yang baik sangat diperlukan dalam industri pengolah pati karena dapat mengurangi penggunaan energi dan biaya produksi melalui penghilangan proses gelatinisasi. Dengan menambahkan sisi pengikatan di permukaan enzim melalui pergantian asam amino serin menjadi tirosin dan triptofan sehingga bersifat lebih aromatik telah dilakukan secara in silico dan menunjukkan hasil yang positif, mutan Sfamy R64 (sfamy R64 mut11). Protein ini dirancang pada sistem ekspresi Pichia pastoris secara ekstraselular dengan alfa-faktor sebagai sinyal peptida, promotor AOX1, dah penanda poli glisin dan histidine. Penelitian ini menggunakan berbagai web server online untuk merancang konstruksi gen dan pemodelan protein. Hasil perancangan didapatkan dengan mensubstitusi K48Q untuk menghindari pengenalan sisi Kex2 dan urutan nukleotidanya menunjukkan kandungan basa GC 38%, CAI 0,94, dan enzim restriksi yang digunakan adalah EcoR1 dan Not1. Hasil pemodelan struktur menunjukkan bahwa penanda poli glisin dan histidine terpapar keluar struktur dengan nilai DOPE sebesar -57260. Hasil perancangan ini diharapkan mampu mengekspresikan α-amilase rekombinan secara optimal.
Co-Authors Adang Firmansyah Bayu Shiddiq Widhi Pratama Clara Claudia Delima Nugraha Deni Deni Dewi Astriany Dewi Astriany Elsa Destiana Hamdani, Syarif Idar Idar Irma Mardiah Lina Maudyawati Luh Putu Ratna Sundari Mia Tria Novianti Mia Tria Novianti MUHAMMAD YUSUF Muhammad Yusuf Muhammad Yusuf Muhammad Yusuf Muhammad Yusuf Nur Asni Setiani R. Ukun M.S. Soedjanaatmadja Ridha Nurfadlillah Azhari Rima Handiyani Rista Awalia Shabarni Gaffar Shinta Kusumawardani Shinta Kusumawardani Shinta Kusumawardhani Soni Muhsinin Taufik Ramdani Tohari Tiara Berliana Toto Subroto