Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2020 - 2025
1.463
P-Index
This Author published in this journals
All Journal VALENSI Indonesian Journal of Biotechnology Chimica et Natura Acta Indonesian Journal of Chemistry Jurnal Kartika Kimia al Kimiya : Jurnal Ilmu Kimia dan Terapan
Umi Baroroh
Indonesian School Of Pharmacy
Agriculture, Biological Sciences & Forestry Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Chemical Engineering, Chemistry & Bioengineering Chemistry Education Environmental Science Immunology & microbiology Materials Science & Nanotechnology

Published : 8 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 8 Documents
Search

 1 
Pola Perubahan Urutan Asam Amino pada Hemaglutinin Virus H5N1 Indonesia Idar Idar; Soni Muhsinin; Umi Baroroh; Muhammad Yusuf
Chimica et Natura Acta Vol 7, No 3 (2019)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | Full PDF (210.021 KB) | DOI: 10.24198/cna.v7.n3.26314

Abstract

Wabah virus flu burung tipe A, H5N1 yang memiliki patogenisitas tinggi diketahui telah menginfeksi dan mematikan jutaan unggas di Indonesia sehingga menimbulkan kerugian yang besar secara ekonomi pada peternakan unggas.  Hemaglutinin pada virus ini merupakan salah satu faktor penentu patogenisitas virus. Selain itu, komponen virus ini rentan mengalami mutasi dan dapat menyebabkan pergeseran dan penataan ulang antigen virus sehingga tercipta clade virus yang baru. Kemudian peranan HA dalam penempelan virus ke sel inang menyebabkan HA ini menjadi target untuk pengembangan obat maupun vaksin. Dengan demikian, penelitian ini bertujuan mencari pola urutan asam amino hemaglutinin yang khas pada H5N1 yang memiliki patogenisitas tinggi di Indonesia. Penelitian ini dilakukan dengan cara mengumpulkan urutan asam amino hemaglutinin H5N1 yang menginfeksi unggas di Indonesia mulai 2006 sampai 2016. Kemudian untuk mengetahui pola urutan asam amino hemaglutinin yang khas pada H5N1, dilakukan analisis penjajaran. Berdasarkan analisis tersebut dikethui bahwa urutan asam amino bagian loop hemagglutinin yang berada pada daerah asam amino posisi 341-346 memiliki pola –RRK-.
Studi In Silico Gadolinium(III)-Diethylene Triamine Pentaacetic Acid-Folat Dan Modifikasinya Terhadap Reseptor Folat Sebagai Senyawa Pengontras Untuk Deteksi Kanker Muhammad Yusuf; Bayu Shiddiq Widhi Pratama; Umi Baroroh; Shabarni Gaffar; Ukun M.S. Soedjanaatmadja
Chimica et Natura Acta Vol 9, No 3 (2021)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24198/cna.v9.n3.36035

Abstract

Tumor ganas atau kanker merupakan salah satu masalah utama kesehatan di dunia.  Pendeteksian dini sel kanker dengan menggunakan Magnetic Resonance Imaging (MRI) memungkinkan penanganan yang lebih baik. Pemilihan senyawa kontras yang tepat dapat meningkatkan akurasi diagnosa terhadap penyakit kanker. Sel kanker banyak mengekspresikan reseptor folat α yang mampu mengikat asam folat dalam tubuh. Penambahan asam folat ke dalam senyawa pengontras Gadolinium (III)-diethylene triamine pentaacetic acid (Gd-DTPA) berguna untuk meningkatkan spesifisitas diagnostik sel kanker. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui interaksi senyawa pengontras dengan molekul target reseptor folat α dengan penambatan molekul dan simulasi dinamika molekul (MD). Struktur Gd-DTPA-folat dimodelkan dari struktur kristal Gd-DTPA dan folat. Hasil penambatan molekul dan simulasi MD menunjukkan interaksi Gd-DTPA-folat menurunkan afinitas folat terhadap reseptornya. Hasil perhitungan energi reseptor folat dengan folat dan Gd-DTPA-folat pada simulasi MD masing-masing -47,65 kkal/mol dan -43,78 kkal/mol. Modifikasi dilakukan pada struktur asam folat dengan penambahan gugus formil dan diuji kembali dengan penambatan molekul dan simulasi MD. Hasil simulasi menunjukkan bahwa modifikasi berpengaruh terhadap peningkatan afinitas folat dengan reseptor folat α melalui interaksi elektrostatik, dengan energi yang dihasilkan pada penambatan molekul dan MD masing-masing sebesar -7,04 kkal/mol dan -60,04 kkal/mol. Hasil penelitian ini diharapkan dapat bermanfaat untuk menghasilkan senyawa pengontras yang spesifik terhadap sel kanker.
Computational Design of Nanobody Binding to Cortisol to Improve Their Binding Affinity Using Molecular Docking and Molecular Dynamics Simulations Umi Baroroh; Nur Asni Setiani; Irma Mardiah; Dewi Astriany; Muhammad Yusuf
Indonesian Journal of Chemistry Vol 22, No 2 (2022)
Publisher : Universitas Gadjah Mada

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22146/ijc.71480

Abstract

Currently, nanobody binding cortisol has been deposited in the database. Unfortunately, the affinity is still in micromolar order. Substituting hydrophobic residues in the binding pocket and utilizing CDR2 and CDR3 is the strategy to improve the affinity. A single and double substitution at positions 53 and 101 have been introduced to the nanobody structure through molecular modeling. The affinity toward cortisol was evaluated using molecular docking to get the binding pose. The highest binding energy pose was used as the initial coordinate to analyze further using 100 ns molecular dynamics simulations. The binding affinities calculated by MMGBSA showed that MT3, MT5, and MT6 have better binding affinity than WT. In contrast, the ligand movement through MD simulations reveals that MT1, MT3, and MT5 are relatively stable. Hence, docking and MD simulations showed that MT3 is the best mutant than others. This mutant is substituting the threonine to isoleucine at position 53. New hydrophobic interactions occurred and caused the increase of binding. Eventually, this study provides valuable structural information to improve the binding affinity of nanobody binding cortisol for further development of this molecule to antibody-based biosensor design. 
TEKNIK STERILISASI EKSPLAN TUNAS KENTANG GRANOLA KEMBANG (Solanum Tuberosum L.) UNTUK KULTUR IN VITRO Syarif Hamdani; Delima Nugraha; Tiara Berliana; Umi Baroroh
Jurnal Kartika Kimia Vol 3 No 2 (2020): Jurnal Kartika Kimia
Publisher : Department of Chemistry, Faculty of Sciences and Informatics, Jenderal Achmad Yani University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.26874/jkk.v3i2.63

Abstract

Potato (Solanum tuberosum L.) is a plant that widely used, both fresh and processed. However, the productivity of this plant is still low because the quality of seeds is still limited and is not good enough. The cultivar of granola kembang is potential to be developed because of the short harvest life and high yield. In vitro propagation through tissue culture can be done to produce high-quality seeds. The success of tissue culture is strongly influenced by explant sterilization techniques. Bacterial, fungal, and browning contamination can interfere with the process of culture propagation. In this study, six sterilization techniques were applied to potato shoot explants to get the right sterilization techniques for in vitro culture of potato. Various combinations of sterilant and their order of use are also used. Growth of stem length and number of leaves was also investigated for four weeks after planting (WAP). The results showed that sterilization using Tween-20, benomyl 50%, and agrimycin outside LAF and NaOCl 15% (v/v), NaOCl 10% (v/v), and alcohol 70% inside LAF could produce the highest percentage of sterile explant, 70%, compare to other techniques. Nevertheless, the sterilization technique used in this study did not affect the acceleration of stem growth and the number of leaves. Keywords: granola kembang, in vitro, potato, sterilization, tissue culture
Dyes Removal from Wastewater by Coral Reef Waste as a Low-Cost Adsorbent Umi Baroroh; Adang Firmansyah; Deni Deni; Lina Maudyawati; Ahmad Zainuddin
Jurnal Kimia Valensi Jurnal Kimia VALENSI Volume 8, No. 1, May 2022
Publisher : Syarif Hidayatullah State Islamic University

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.15408/jkv.v8i1.20673

Abstract

Despite the positive impact of the rapid industrial growth in Indonesia, it has caused several problems. The non-biodegradable pollutant, such as reactive dyes that result from the textile industry, is harmful to the environment and human health. This contaminating agent should be removed from the waste before being disposed to the surrounding ecosystem. Adsorption is one of the simple and low-cost techniques to eliminate dye from the effluent. Waste from coral reefs is interesting to be explored as a dye-removing adsorbent because it is abundant in nature, cheap, and reusable. Therefore, this study aims to determine the adsorption performance of coral reef waste in removing several dyes, i.e., methylene blue (MB), remazol brilliant blue (RBB), disperse orange (DO), and vinyl sulfone (VS) from wastewater. The adsorption capacity was determined to evaluate the effectiveness of coral reef waste in removing the dyes at the isotherm model. Adsorption capacity and isotherm model were used to evaluate the effectiveness of this natural adsorbent. Based on the percentage removal and coefficient distribution value, the removal selectivity of RBB was the best, followed by DO, VS, and MB, respectively. In conclusion, coral reef waste is promising to be developed as a low-cost adsorbent for removing dyes from wastewater.
Desain Peta Plasmid Pengkode α-Amilase Saccharomycopsis fibuligera R64 Mutan dan Pemodelan Struktur Protein Umi Baroroh; Shinta Kusumawardhani; Mia Tria Novianti; Muhammad Yusuf; Irma Mardiah; Ridha Nurfadlillah Azhari
Chimica et Natura Acta Vol 10, No 3 (2022)
Publisher : Departemen Kimia

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.24198/cna.v10.n3.42053

Abstract

Enzim α-amilase merupakan enzim yang banyak digunakan pada industri berbasis pati, diantaranya industri pangan, farmasi, tekstil, dan detergen. Enzim ini bahkan semakin dikembangkan di bidang biomedis, bioanalitik, dan kesehatan. α-Amilase dari Saccharomycopsis fibuligera R64 (Sfamy R64) merupakan enzim dari isolat lokal yang memiliki aktivitas amilolitik yang terbaik dari isolat lainnya, meskipun kemampuan adsorptivitasnya masih rendah. α-Amilase dengan adsorptivitas yang baik sangat diperlukan dalam industri pengolah pati karena dapat mengurangi penggunaan energi dan biaya produksi melalui penghilangan proses gelatinisasi. Dengan menambahkan sisi pengikatan di permukaan enzim melalui pergantian asam amino serin menjadi tirosin dan triptofan sehingga bersifat lebih aromatik telah dilakukan secara in silico dan menunjukkan hasil yang positif, mutan Sfamy R64 (sfamy R64 mut11). Protein ini dirancang pada sistem ekspresi Pichia pastoris secara ekstraselular dengan alfa-faktor sebagai sinyal peptida, promotor AOX1, dah penanda poli glisin dan histidine. Penelitian ini menggunakan berbagai web server online untuk merancang konstruksi gen dan pemodelan protein. Hasil perancangan didapatkan dengan mensubstitusi K48Q untuk menghindari pengenalan sisi Kex2 dan urutan nukleotidanya menunjukkan kandungan basa GC 38%, CAI 0,94, dan enzim restriksi yang digunakan adalah EcoR1 dan Not1. Hasil pemodelan struktur menunjukkan bahwa penanda poli glisin dan histidine terpapar keluar struktur dengan nilai DOPE sebesar -57260. Hasil perancangan ini diharapkan mampu mengekspresikan α-amilase rekombinan secara optimal.
Analisis Bioinformatika dan Ekspresi Protein Rekombinan Hemagglutinin Domain Globular dari Virus H5N1 Indonesia pada Eschericia coli BL21 (DE3) sebagai Komponen Vaksin Subunit Influenza Muhammad Yusuf; Rima Handiyani; Shinta Kusumawardani; Idar Idar; Umi Baroroh; Toto Subroto
al Kimiya: Jurnal Ilmu Kimia dan Terapan Vol 8, No 2 (2021): al Kimiya: Jurnal Ilmu Kimia dan Terapan
Publisher : Department of Chemistry, Faculty of Science and Technology, UIN Sunan Gunung Djati Bandung

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.15575/ak.v8i2.14138

Abstract

 Flu burung merupakan salah satu penyakit zoonosis yang patut diwaspadai di Indonesia, khususnya galur High Pathogenic Avian Influenza (HPAI) karena dapat mematikan jika menular kepada manusia. Penggunaan vaksin influenza pada unggas, merupakan langkah preventif terhadap evolusi virus yang berbahaya dan juga penyebarannya. Selama ini, Indonesia masih menggunakan seed vaksin impor yang berasal dari luar Indonesia. Namun, karena Indonesia merupakan negara yang berada di garis khatulistiwa, karakteristik virus bisa berbeda dengan virus dari nothern-hemispere maupun southern-hemispere. Mengingat hal tersebut, Indonesia harus mengembangkan vaksin influenza menggunakan galur virus lokal. Berbeda dengan vaksin whole virus, vaksin rekombinan memiliki keunggulan dari sisi kemurnian, kecepatan produksi, dan kesesuaian galur terhadap virus yang beredar saat diperlukan. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis sekuen hemagglutinin (HA) Indonesia dengan strain lainnya serta mengekspresikkan protein HA1 rekombinan pada Escherichia coli  BL21 (DE3). Galur yang digunakan pada studi ini berasal dari virus H5N1 (A/Indonesia/05/05), khususnya bagian domain globular dari HA1. Sekuen HA1 bervariasi antara strain Indonesia dengan nothern-hemispere maupun southern-hemispere dan merupakan protein yang terpapar ke luar virus. Gen HA1 disisipkan pada vektor pET-28a, kemudian plasmid diisolasi menggunakan meoe manniatis, setelah itu diekspresikan dengan induksi 1 mM IPTG selama 4 jam. Protein HA1 telah berhasil diekspresikan secara intraseluler dan telah dikonfirmasi pada berat molekul 40 kDa menggunakan SDS-PAGE. Penelitian ini dapat digunakan untuk mengembangkan vaksin subunit yang lebih spesifik terhadap virus yang beredar di lapangan.
Optimization of methanol‐induced expression and His‐tag purification of Saccharomycopsis fibuligera R64 mutant α‐amylase in Pichia pastoris Clara Claudia; Elsa Destiana; Rista Awalia; Mia Tria Novianti; Taufik Ramdani Tohari; Dewi Astriany; Shinta Kusumawardani; Muhammad Yusuf; Umi Baroroh
Indonesian Journal of Biotechnology Vol 30, No 2 (2025)
Publisher : Universitas Gadjah Mada

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22146/ijbiotech.100845

Abstract

The Sfamy R64 α‐amylase mutant from Saccharomycopsis fibuligera was expressed in Pichia pastoris to explore its industrial potential. The gene encoding the mutant enzyme was cloned into the pPICZαA vector and transformed into P. pastoris SMD1168. Optimal expression was achieved at 1.5% methanol concentration, with the highest enzyme activity observed at 48 h, reaching 24.06 U/mL. The recombinant protein was purified using Ni‐Sepharose affinity chromatography in native and denaturing conditions. The native conditions retained higher protein integrity and activity, while the denaturing process resulted in partial degradation. Molecular dynamics (MD) simulations conducted to assess the structural stability of the His‐tagged Sfamy R64 α‐amylase mutant and its interaction with the maltose substrate. The simulation confirmed the stable binding of maltose in the active site and the solvent accessibility of the His‐tag, supporting its effectiveness in affinity chromatography. The RMSD, RMSF, and time‐evolution snapshots demonstrated that the protein remained structurally stable over 100 ns at an optimum temperature of 50 °C. The findings suggest that the Sfamy R64 mutant α‐amylase is a promising candidate for industrial applications, combining high expression yields, efficient purification, and stable enzyme‐substrate interactions. The results offer a strong basis for further optimization and large‐scale enzyme production.
Co-Authors Adang Firmansyah Bayu Shiddiq Widhi Pratama Clara Claudia Delima Nugraha Deni Deni Dewi Astriany Dewi Astriany Elsa Destiana Hamdani, Syarif Idar Idar Irma Mardiah Lina Maudyawati Luh Putu Ratna Sundari Mia Tria Novianti Mia Tria Novianti Muhammad Yusuf Muhammad Yusuf Muhammad Yusuf Muhammad Yusuf MUHAMMAD YUSUF Nur Asni Setiani R. Ukun M.S. Soedjanaatmadja Ridha Nurfadlillah Azhari Rima Handiyani Rista Awalia Shabarni Gaffar Shinta Kusumawardani Shinta Kusumawardani Shinta Kusumawardhani Soni Muhsinin Taufik Ramdani Tohari Tiara Berliana Toto Subroto