Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2021 - 2026
0.61
P-Index
This Author published in this journals
All Journal Jurnal Penelitian Kelapa Sawit Warta Pusat Penelitian Kelapa Sawit
Nanang Supena
Pusat Penelitian Kelapa Sawit
Agriculture, Biological Sciences & Forestry Chemical Engineering, Chemistry & Bioengineering Economics, Econometrics & Finance Industrial & Manufacturing Engineering

Published : 3 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 3 Documents
Search

 1 
Identifikasi SNP genom pada populasi Elaeis guineensis x Elaeis oleifera Sri Wening; Heri Adriwan Siregar; Edy Suprianto; Dani Setyawan; Hernawan Y Rahmadi; Retno Diah Setiowati; Mohamad Arif; Yurna Yenni; Nanang Supena; Sujadi Sujadi; Abdul Razak Purba
Jurnal Penelitian Kelapa Sawit Vol 29 No 2 (2021): Jurnal Peneltian Kelapa Sawit
Publisher : Pusat Penelitian Kelapa Sawit

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iopri.jur.jpks.v29i2.148

Abstract

Usaha pencarian marka DNA yang berhubungan dengan sifat yang diinginkan pada Elaeis oleifera guna introgresi sifat tersebut ke genome Elaeis guineensis memerlukan marka DNA yang polimorfik. Untuk menghasilkan marka DNA yang polimorfik dengan jumlah banyak, identifikasi SNP genom dilakukan melalui pengurutan kembali (resequencing) 12 individu contoh populasi hibrida E. guineensis x E. oleifera (hibrida OxG), yaitu E. oleifera tipe liar, F1 hibrida interspesifik, pseudo-backcross dan material maju E. guineensis, menggunakan next generation sequencing (NGS). Read (urutan basa yang “dibaca”/merupakan keluaran mesin NGS) dari 12 contoh memiliki mutu yang baik dan 96% total read yang disaring dapat dilakukan demultipleks dan ditentukan pada contoh yang sesuai. Setelah proses penyaringan dan pemotongan, 84% read dapat digunakan untuk pemetaan genom dan menghasilkan 5,7X hingga 10,42X cakupan genom. Dari 34.410.224 SNP yang teridentifikasi, 98,7% diantaranya adalah varian non-coding, dan berdasarkan lokasi, 69,1% total SNP adalah SNP intergenic. Sebanyak 5.618 SNP dari total SNP yang dihasilkan dibuktikan menggunakan targeted genotyping by sequencing pada 500 individu contoh. Sebanyak 74% SNP yang digunakan bermutu tinggi yang dibaca pada setidaknya 95% contoh. Principal component analysis menggunakan SNP tersebut mampu mengidentifikasi setiap latar belakang genetik contoh. Pembuktian tersebut menyimpulkan bahwa identifikasi SNP yang dilakukan melalui pengurutan kembali menghasilkan SNP bermutu tinggi yang dapat digunakan untuk pengembangan marka DNA yang dapat diperbantukan pada seleksi populasi pemuliaan E. guineensis x E. oleifera.
IMPLEMENTASI APLIKASI QR-CODE SCANNER BERBASIS WEB UNTUK PENELUSURAN RIWAYAT PRODUKSI BENIH PADA POHON INDUK KELAPA SAWIT Nanang Supena; Indah Azzahra S; Kayla Kusuma Prasetyo; Khara Kiasaty; Sarah Salsabila Batubara; Julyant Anggara
WARTA Pusat Penelitian Kelapa Sawit Vol. 30 No. 3 (2025): Warta Pusat Penelitian Kelapa Sawit
Publisher : Pusat Penelitian Kelapa Sawit

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iopri.war.warta.v30i3.221

Abstract

Aplikasi IOPRI Palm Scanner berbasis web dikembangkan untuk meningkatkan efisiensi penelusuran riwayat produksi benih kelapa sawit melalui pemindaian QR-Code yang terpasang pada pohon induk. Aplikasi ini dirancang untuk memudahkan akses data pohon induk, monitoring proses persilangan, dan pelacakan produksi benih di Pusat Penelitian Kelapa Sawit (PPKS). Dengan memanfaatkan teknologi frontend (HTML, CSS, JavaScript) dan backend (Laravel, PHP), sistem terintegrasi dengan database SIMSUS yang telah ada. Hasil pengujian menunjukkan aplikasi mampu mempercepat identifikasi pohon, mengurangi kesalahan input manual, dan menyajikan data secara akurat. Kendala seperti ketergantungan pada koneksi internet dan kerusakan label QR-Code menjadi tantangan yang perlu diatasi. Untuk pengembangan selanjutnya, disarankan penambahan fitur offline mode guna meningkatkan fleksibilitas penggunaan di lapangan.
Identifikasi SNP genom pada populasi Elaeis guineensis x Elaeis oleifera Sri Wening; Heri Adriwan Siregar; Edy Suprianto; Dani Setyawan; Hernawan Y Rahmadi; Retno Diah Setiowati; Mohamad Arif; Yurna Yenni; Nanang Supena; Sujadi Sujadi; Abdul Razak Purba
Jurnal Penelitian Kelapa Sawit Vol 29 No 2 (2021): Jurnal Peneltian Kelapa Sawit
Publisher : Pusat Penelitian Kelapa Sawit

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iopri.jur.jpks.v29i2.148

Abstract

Efforts in finding DNA markers for favorable characters of Elaeis oleifera introgressed into Elaeis guineensis genome requires polymorphic DNA markers. To generate high number of polymorphic DNA markers, a genome-wide SNP identification was done by resequencing 12 individual samples using next generation sequencing (NGS) from an E. guineensis x E. oleifera (OxG hybrid) population comprising wild E. oleifera species, interspesific F1 hybrids, pseudo-backcrosses, and advanced E. guineensis samples. The reads generated from the 12 samples have good qualities and 96% of total filtered reads could be demultiplexed and assigned to the corresponding samples. After filtering and trimming, 84% of reads were retained for genome mapping and produced 5.7X to 10.42X genome coverage. Among the 34,410,224 identified SNPs, 98.7% of them were non-coding variants, and based on their location 69.1% of the total SNPs were intergenic SNPs. There were 5,618 SNPs out of the total generated SNPs that were validated using targeted genotyping by sequencing on 500 individuals, and 74% of the SNPs produced high quality calls in at least 95% of the samples. Principal component analysis using the SNPs correctly identified each sample's genetic background. Thus, the SNPs had high quality and could be used to develop marker-assisted selection of the E. guineensis x E. oleifera breeding population.
Co-Authors Abdul Razak Purba Dani Setyawan Edy Suprianto Heri Adriwan Siregar Hernawan Y Rahmadi Indah Azzahra S Julyant Anggara Kayla Kusuma Prasetyo Khara Kiasaty Mohamad Arif Retno Diah Setiowati Sarah Salsabila Batubara Sri Wening Sujadi Sujadi Yurna Yenni