Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2021 - 2026
0.702
P-Index
This Author published in this journals
All Journal Jurnal Penelitian Kelapa Sawit
Hernawan Y Rahmadi
Pusat Penelitian Kelapa Sawit
Agriculture, Biological Sciences & Forestry

Published : 4 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 4 Documents
Search

 1 
Konservasi Sumber Daya Genetik Pisifera: Kalogenesis Kelapa Sawit Keturunan SP540T yang berumur 41 tahun Ernayunita Ernayunita; Sri Wening; Hernawan Y Rahmadi; Yurna Yenni; Taryono Taryono
Jurnal Penelitian Kelapa Sawit Vol 29 No 2 (2021): Jurnal Peneltian Kelapa Sawit
Publisher : Pusat Penelitian Kelapa Sawit

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iopri.jur.jpks.v29i2.147

Abstract

Kelapa sawit turunan SP540T telah banyak digunakan untuk tujuan pemuliaan maupun produksi komersial varietas unggul kelapa sawit. Oleh karena itu, konservasi sumber daya genetik SP540T sangat diperlukan, salah satunya melalui kultur jaringan yang dapat menghasilkan tanaman yang true to type. Media kultur jaringan yang digunakan dalam penelitian ini adalah modifikasi MS diantaranya media MS+110,5 mg/l 2,4-D, media MS+110,5 mg/l 2,4-D+karbon aktif, dan media MS modifikasi Protokol Kultur Jaringan PPKS sebagai pembanding. Hasil penelitian menunjukkan pembentukan kalus primer dan sekunder terbaik teramati pada perlakuan MS+110,5 mg/l 2,4D+karbon aktif yaitu sebesar 13,00% dan berbeda nyata dibandingkan perlakuan lainnya. Berdasarkan hasil penelitian ini, media tersebut dapat digunakan untuk perbanyakan maupun konservasi sumber daya genetik SP540T.
Identifikasi SNP genom pada populasi Elaeis guineensis x Elaeis oleifera Sri Wening; Heri Adriwan Siregar; Edy Suprianto; Dani Setyawan; Hernawan Y Rahmadi; Retno Diah Setiowati; Mohamad Arif; Yurna Yenni; Nanang Supena; Sujadi Sujadi; Abdul Razak Purba
Jurnal Penelitian Kelapa Sawit Vol 29 No 2 (2021): Jurnal Peneltian Kelapa Sawit
Publisher : Pusat Penelitian Kelapa Sawit

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iopri.jur.jpks.v29i2.148

Abstract

Usaha pencarian marka DNA yang berhubungan dengan sifat yang diinginkan pada Elaeis oleifera guna introgresi sifat tersebut ke genome Elaeis guineensis memerlukan marka DNA yang polimorfik. Untuk menghasilkan marka DNA yang polimorfik dengan jumlah banyak, identifikasi SNP genom dilakukan melalui pengurutan kembali (resequencing) 12 individu contoh populasi hibrida E. guineensis x E. oleifera (hibrida OxG), yaitu E. oleifera tipe liar, F1 hibrida interspesifik, pseudo-backcross dan material maju E. guineensis, menggunakan next generation sequencing (NGS). Read (urutan basa yang “dibaca”/merupakan keluaran mesin NGS) dari 12 contoh memiliki mutu yang baik dan 96% total read yang disaring dapat dilakukan demultipleks dan ditentukan pada contoh yang sesuai. Setelah proses penyaringan dan pemotongan, 84% read dapat digunakan untuk pemetaan genom dan menghasilkan 5,7X hingga 10,42X cakupan genom. Dari 34.410.224 SNP yang teridentifikasi, 98,7% diantaranya adalah varian non-coding, dan berdasarkan lokasi, 69,1% total SNP adalah SNP intergenic. Sebanyak 5.618 SNP dari total SNP yang dihasilkan dibuktikan menggunakan targeted genotyping by sequencing pada 500 individu contoh. Sebanyak 74% SNP yang digunakan bermutu tinggi yang dibaca pada setidaknya 95% contoh. Principal component analysis menggunakan SNP tersebut mampu mengidentifikasi setiap latar belakang genetik contoh. Pembuktian tersebut menyimpulkan bahwa identifikasi SNP yang dilakukan melalui pengurutan kembali menghasilkan SNP bermutu tinggi yang dapat digunakan untuk pengembangan marka DNA yang dapat diperbantukan pada seleksi populasi pemuliaan E. guineensis x E. oleifera.
Konservasi Sumber Daya Genetik Pisifera: Kalogenesis Kelapa Sawit Keturunan SP540T yang berumur 41 tahun Ernayunita Ernayunita; Sri Wening; Hernawan Y Rahmadi; Yurna Yenni; Taryono Taryono
Jurnal Penelitian Kelapa Sawit Vol 29 No 2 (2021): Jurnal Peneltian Kelapa Sawit
Publisher : Pusat Penelitian Kelapa Sawit

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iopri.jur.jpks.v29i2.147

Abstract

Pisifera from SP540T descendants has been widely used for breeding purposes and commercial seed production due to their superior characteristics. However, the reproduction rate of this material was quite low. Therefore, genetic resource conservation of SP540T-derived Pisifera is very important. Tissue culture technology which enables to produce true to type clone is one of the conservation methods. The objective of this work was to know the best tissue culture medium to induce callogenesis of SP540T-derived Pisifera. This experiment used young leaves as the explants and MS medium in the form of MS+110,5 mg/l 2,4-D, MS+110,5 mg/l 2,4-D+activated charcoal, and MS modification of PPKS's Tissue Culture Protocol medium as a comparison. The results showed that MS+110,5 mg/l 2,4-D+activated charcoal produced 13.00% calli, which was the highest percentage of callogenesis and was significantly different than the other treatments. Based on the results, the medium can be used for multiplication and conservation of Pisifera from SP540T descendants.
Identifikasi SNP genom pada populasi Elaeis guineensis x Elaeis oleifera Sri Wening; Heri Adriwan Siregar; Edy Suprianto; Dani Setyawan; Hernawan Y Rahmadi; Retno Diah Setiowati; Mohamad Arif; Yurna Yenni; Nanang Supena; Sujadi Sujadi; Abdul Razak Purba
Jurnal Penelitian Kelapa Sawit Vol 29 No 2 (2021): Jurnal Peneltian Kelapa Sawit
Publisher : Pusat Penelitian Kelapa Sawit

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.22302/iopri.jur.jpks.v29i2.148

Abstract

Efforts in finding DNA markers for favorable characters of Elaeis oleifera introgressed into Elaeis guineensis genome requires polymorphic DNA markers. To generate high number of polymorphic DNA markers, a genome-wide SNP identification was done by resequencing 12 individual samples using next generation sequencing (NGS) from an E. guineensis x E. oleifera (OxG hybrid) population comprising wild E. oleifera species, interspesific F1 hybrids, pseudo-backcrosses, and advanced E. guineensis samples. The reads generated from the 12 samples have good qualities and 96% of total filtered reads could be demultiplexed and assigned to the corresponding samples. After filtering and trimming, 84% of reads were retained for genome mapping and produced 5.7X to 10.42X genome coverage. Among the 34,410,224 identified SNPs, 98.7% of them were non-coding variants, and based on their location 69.1% of the total SNPs were intergenic SNPs. There were 5,618 SNPs out of the total generated SNPs that were validated using targeted genotyping by sequencing on 500 individuals, and 74% of the SNPs produced high quality calls in at least 95% of the samples. Principal component analysis using the SNPs correctly identified each sample's genetic background. Thus, the SNPs had high quality and could be used to develop marker-assisted selection of the E. guineensis x E. oleifera breeding population.
Co-Authors Abdul Razak Purba Dani Setyawan Edy Suprianto Ernayunita Ernayunita Heri Adriwan Siregar Mohamad Arif Nanang Supena Retno Diah Setiowati Sri Wening Sujadi Sujadi Taryono, Taryono Yurna Yenni