Garuda - Garba Rujukan Digital

Pengaruh ventilasi terhadap morfologi, stomata dan kadar klorofil tunas karet yang diperbanyak melalui microcutting Influence of ventilation on morphology, stomata and chlorophyll content of Hevea shoots propagated through microcutting . NURHAIMI-HARIS; Nurul Siti AYUNINGTIAS; Irma Herawati SUPARTO
E-Journal Menara Perkebunan Vol 79, No 2: Desember 2011
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

AbstractIn plant tissue culture, the culture vessels are usuallycovered tightly with screw caps, aluminium foils, parafilm,or plastic wrap. This condition restricts the exchange ofgases in culture vessels and will affect negatively thegrowth of explants. The use of ventilated closure improvesthe air quality in culture vessels. Microboxes provided withdifferent types of filter (yellow filter with Kv value13.09 Gas Exchange (GE)/day, green filter with Kv value81.35 GE/day and without filter) on their closure wereexamined as culture vessels for growing rubber explants atmultiplication step. The purpose of this research was toobserve the plant condition in different types of microboxcorresponding to the morphology, stomata and chlorophyllcontent of the shoots. The results showed no significantdifference of shoot height on each microbox. The use ofventilated closure increased significantly new leafformation and decreased leaf fall. Normal size and color ofleaves were found on shoots grown in microbox with greenfilter. Chlorophyll analysis revealed no significantdifferences on three types of microbox, however visualobservation showed that leaves were greener on microboxwith green filter. The stomata condition of shoots onmicrobox with green filter were similar with those ofmother plants in green house, while different condition ofstomata were found on shoots grown in microbox withyellow filter or without filter. In normal environment suchas at the field and green house, most of stomata wereclosed, in microbox provided with filter on the closure,most of stomata were half open, while on microbox withoutfilter most of stomata were wide open.bstrakDalam kultur jaringan tanaman, tabung/botol kulturditutup rapat dengan penutup yang dilengkapi ulir,aluminium foil, parafilm atau plastik wrap. Kondisitersebut menghambat pertukaran udara dalam tabung kultursehingga sering memberikan pengaruh negatif terhadappertumbuhan eksplan. Penggunaan penutup berventilasidapat meningkatkan kualitas udara dalam lingkungantabung/botol kultur. Oleh karena itu microbox denganpenutup berfilter diuji sebagai wadah untuk menumbuhkaneksplan karet pada tahap multiplikasi, yaitu microboxberfilter kuning dengan nilai Kv sebesar 13,09 (GasExchange (GE)/hari dan berfilter hijau dengan nilai Kvsebesar 81,35 GE/hari, sedangkan sebagai kontrol adalahmicrobox tanpa filter (tertutup rapat). Penelitian bertujuanmengamati kondisi tunas di dalam microbox berfilter,meliputi morfologi, stomata dan kandungan klorofil. Hasilpenelitian menunjukkan bahwa tinggi tunas tidak berbedanyata pada masing-masing microbox. Jumlah daun barudan daun gugur berbeda nyata, dimana pembentukan daunbaru terbanyak terdapat pada tunas dalam microboxberfilter kuning maupun hijau. Ukuran dan warna daunterlihat normal pada tunas dalam microbox berfilter hijau.Analisis kandungan klorofil tidak menunjukkan perbedaannyata, namun pengamatan visual menunjukkan bahwa daunlebih hijau pada microbox dengan filter hijau. Kondisistomata daun dari tunas dalam microbox dengan penutupberfilter hijau menyerupai stomata tanaman induk yangterdapat di rumah kaca dan lapangan, sedangkan kondisistomata berbeda ditemukan pada tunas dalam microboxberfilter kuning atau tanpa filter. Pada lingkungan normalseperti lapangan dan rumah kaca, sebagian besar stomatamenutup, pada wadah dengan tutup berfilter stomata agakmembuka sedangkan pada microbox tanpa filter sebagianbesar stomata terbuka lebar.

Optimasi sterilisasi permukaan eksplan stek mikro tanaman karet Optimization of surface sterilization on rubber microcutting explan Irfan MARTIANSYAH; Deden Dewantara ERIS; . NURHAIMI-HARIS; Darmono TANIWIRYONO
E-Journal Menara Perkebunan Vol 81, No 1: Juni 2013
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

AbstractAn increasing number of explants is necessary toobtain plantlets in large quantities, for mass propagationof rubber plants. However, high level of contamination atthe primary culture stage is still a major constraint in invitro microcutting of rubber. The aim of this study was tooptimize surface sterilization procedures to reduce micro-bial contamination at the primary culture. Sterilizationexperiment was conducted in two step., The first step wasto determine the effect of washing the explants withrunning water prior to sterilization and then using Deso-germe, ethanol or H 2 O 2 , while the second step was toidentify the suitable sterilization process on reducing thelevel of contamination. The results showed that the surfacesterilization with only one type of sterilization agent couldnot reduce contamination level caused either by bacteriaor fungi, while sterilization with three types of sterilizingagents increased the number of dead explants. The besttreatment for surface sterilization was the directsterilization of explants using 70% ethanol for one minuteand 17.6% H 2 O 2 for 20 minutes without washing with tapwater (A-CD treatment). The percentage of viable andaseptic explantsof this treatment was 76.7%, which wassignificantly higher than those of other treatments. Thistreatment reduced contamination level to 21.7%.AbstrakPeningkatan jumlah eksplan sangat diperlukan untukmemperoleh planlet dalam jumlah besar pada perbanyakanmassal tanaman karet secara in vitro. Namun, tingginyatingkat kontaminasi pada tahap kultur primer masih me-rupakan kendala utama dalam kultur stek mikro tanamankaret. Tujuan penelitian adalah mengoptimasi prosedursterilisasi permukaan eksplan untuk mengurangi jumlaheksplan yang terkontaminasi mikroba pada tahap kulturprimer. Percobaan sterilisasi dilaksanakan dalam duatahap, tahap pertama untuk mengetahui pengaruh pen-cucian eksplan dengan air mengalir pada awal sterilisasiserta penggunaan Desogerme, etanol dan H 2 O 2 , sedang-kan tahap kedua untuk mendapatkan proses sterilisasi yangpaling sesuai dalam menurunkan tingkat kontaminasi.Hasil penelitian menunjukkan bahwa perlakuan sterilisasipermukaan yang menggunakan satu jenis bahan sterilantidak dapat mengurangi kontaminasi, baik oleh bakterimaupun cendawan. Perlakuan sterilisasi eksplan dengantiga jenis bahan sterilan meningkatkan kematian eksplan.Perlakuan sterilisasi permukaan terbaik adalah sterilisasilangsung eksplan menggunakan etanol 70% selama satu menit dan H 2 O 2 17,6% selama 20 menit, tanpa pencuciandengan air mengalir (perlakuan A-CD). Persentase eksplansteril yang hidup sebesar 76,7%, berbeda nyata dibanding-kan dengan perlakuan lainnya. Perlakuan tersebut dapatmengurangi kontaminasi menjadi sebesar 21,7%.

Pengaruh bahan pra-sterilan, tutup tabung kultur, dan musim terhadap tingkat kontaminasi eksplan pada kultur microcutting karet Effect of pre-sterilization agent, culture tube closure, and season on the contamination level of rubber microcutting culture . NURHAIMI-HARIS; . SUMARYONO; M.P. CARRON CARRON
E-Journal Menara Perkebunan Vol 77, No 2: Desember 2009
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

AbstractMicrobial contamination is a major obstaclein clonal propagation of hevea (Heveabrasiliensis) through microcutting technology;therefore the ability to reduce contamination willdetermine the success of the application of thistechnology. The aim of experiments was toincrease healthy and survived plantlets by testingpre-sterilization agents for cleaning explantsduring pre-sterilization step, culture tubeclosures suitable for explants growth and anappropriate time for introducing explants at theprimary culture phase. The pre-sterilizationagents tested were aganol, alcohol anddesogerme, the culture tube closures used wereparafilm and cotton, and the time for culturingexplants were determined by using rubbergenotypes introduced during the year of 2006 and2007. The results show that desogermedecreased significantly the level of explantcontamination compared to aganol and alcohol,meanwhile the type of culture tube closure didnot affect the level of explant contamination. Thetype of culture tube closure influencedsignificantly the survival of explants where thenumber of survived explants in culture tubescovered with cotton was higher than that of withparafilm. Season also affected the contaminationfrequency of the explants. Higher number ofhealthy plantlets were obtained whenintroduction of the explants were conducted fromJune to October considered as dry season inBogor compared to introduction of the explantsduring rainy season from January to May.Different genotypes of rubber introduced at theprimary culture phase did not affect thepercentage of explant contamination.AbstrakKontaminasi oleh mikroba merupakanmasalah utama pada perbanyakan klonal tanamankaret (Hevea brasiliensis) melalui teknologimicrocutting sehingga kemampuan mengurangikontaminasi menentukan keberhasilan aplikasiteknologi tersebut. Penelitian ini bertujuanmempelajari pengaruh jenis bahan pra-sterilanyang efektif untuk pencucian eksplan tahap pra-sterilisasi, mempelajari pengaruh tutup tabungterhadap perkembangan eksplan serta meng-identifikasi waktu yang tepat untuk melaksanakanintroduksi eksplan pada tahap kultur primer(kultur awal) sehingga jumlah eksplan sehat dantumbuh dapat ditingkatkan. Bahan pra- sterilanyang diuji adalah aganol, alkohol dan desogerme,tutup tabung yang digunakan adalah parafilm dankapas, sedangkan identifikasi waktu kulturdilakukan melalui introduksi eksplan sepanjang tahun 2006 dan 2007 terhadap berbagai genotipetanaman karet yang tersedia. Hasil penelitianmenunjukkan bahwa desogerme menurunkansecara nyata tingkat kontaminasi eksplandibandingkan dengan aganol dan alkohol,sedangkan jenis tutup tabung tidak berpengaruhterhadap persentase kontaminasi. Jenis tutuptabung berpengaruh sangat nyata terhadappersentase eksplan yang hidup dan membentuktunas, di mana persentase eksplan membentuktunas pada tabung dengan tutup kapas lebih tinggidibandingkan dengan tutup parafilm. Musim jugasangat mempengaruhi tingkat kontaminasieksplan. Eksplan sehat jauh lebih banyakdiperoleh apabila penanaman eksplan dilakukanpada bulan Juni sampai Oktober, yang merupakanmusim kemarau di Bogor dibandingkan denganintroduksi eksplan pada bulan Januari sampaiMei, yang merupakan musim hujan. Jenisgenotipe yang ditanam pada tahap kultur primertidak berpengaruh terhadap persentasekontaminasi.

Kemiripan genetik klon karet (Hevea brasiliensis Muell. Arg.) berdasarkan metode Amplified Fragment Length Polymorphisms (AFLP) Genetic similarity of rubber clones (Hevea brasiliensis Muell. Arg) based on Amplified Fragment Length Polymorphisms (AFLP) method . NURHAIMI-HARIS; Hajrial ASWIDINNOOR ASWIDINNOOR; Nurita TORUAN-MATHIUS; Agus PURWANTARA
E-Journal Menara Perkebunan Vol 71, No 1: Juni 2003
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Summary Genetic similarity among ten rubber clones originating from the Wickham collection was studied by Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) markers. These clones have different levels of resistance to Corynespora cassiicola, one of the major pathogens in rubber plantations. The information resulted from this study will be used to determine resistant and susceptible clones which will be used in expression study of the genes encoding plant resistance to C. cassiicola. Genetic similarity values of clones were calculated from all AFLP markers and used to produce a dendrogram using Unweight Pair-Group Method Arithmetic (UPGMA) based on Numerical Taxonomy and Multivariate System (NTSYS) version 1.8 pc. A total of 481 fragments were detected by using ten pairs of selective AFLP primers, and 233 fragments (48,4 %) of them were polymorphic. The results clearly demonstrated that genetic background of these ten clones were 85.5% similar. At 88.0% similarity level, the clones could be divided into three clusters. Genetic similarity of IRR 100 (resistant clone) with RRIC 103, PPN 2444 and IAN 873 (susceptible clones) was 90.5, 89.5 and 89.0% respectively, while genetic similarity of other three resistant clones (AVROS 2037, PR 255 and BPM 1) to those susceptible clones was 88.0%. The lowest genetic similarity (85.5%) was found between RRIC 100 (resistant clone) and those three susceptible clones. By considering the distribution and the source of clones, AVROS 2037 (resistant) and PPN 2444 (susceptible) clones which have 88.0% genetic similarity will finally be selected for the expression study of the genes. Kemiripan genetik sepuluh klon karet yang berasal dari koleksi Wickham dipelajari dengan menggunakan marka Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP). Kesepuluh klon tersebut memiliki tingkat resistensi berbeda terhadap Corynespora cassiicola, salah satu cendawan patogen penting pada daun tanaman karet. Informasi yang diperoleh dalam penelitian ini akan digunakan untuk menetapkan klon resisten dan klon rentan untuk digunakan dalam mempelajari ekspresi gen yang menyandikan ketahanan tanaman karet terhadap C. cassiicola. Nilai kemiripan genetik kesepuluh klon karet dihitung berdasarkan semua marka AFLP yang diperoleh dan selanjutnya digunakan untuk. membuat dendrogram dengan menggunakan Unweight Pair-Group Method Arithmetic (UPGMA) berdasarkan Numerical Taxonomy and Multivariate System (NTSYS) version 1.8 pc. Dengan menggunakan 10 pasang primer AFLP selektif diperoleh sebanyak 481 fragmen DNA, S 2037, PR 255 and BPM 1) to those susceptible clones was 88.0%. The lowest genetic similarity (85.5%) was found between RRIC 100 (resistant clone) and those three susceptible clones. By considering the distribution and the source of clones, AVROS 2037 (resistant) and PPN 2444 (susceptible) clones which have 88.0% genetic similarity will finally be selected for the expression study of the genes. 233 fragmen (48,4 %) di antaranya polimorfik Dendrogram dengan nyata menunjukkan bahwa 85,5% latar belakang genetik kesepuluh klon karet tersebut adalah sama, dan pada tingkat 88,0% kesepuluh klon terpisah dalam tiga kelompok. Kemiripan genetik klon IRR 100 (resisten) dengan klon rentan RRIC 103, PPN 2444 dan IAN 873 masing-masing adalah 90,5, 89,5 dan 89,0%, sedangkan kemiripan genetik tiga klon resisten lainnya (AVROS 2037, PR 255 dan BPM 1) dengan ketiga klon rentan yang sama adalah 88,0%. Kemiripan genetik terendah (85,5%) terdapat antara klon RRIC 100 (resisten) dengan ketiga klon rentan tersebut. Dengan mempertimbangkan distribusi penyebaran klon dan asal klon maka klon resisten AVROS 2037 dan klon rentan PPN 2444 yang memiliki kemiripan genetik 88,0% akan dipilih untuk digunakan dalam studi ekspresi gen tanaman karet. acerun:yes'> Kesepuluh klon tersebut memiliki tingkat resistensi berbeda terhadap Corynespora cassiicola, salah satu cendawan patogen penting pada daun tanaman karet. Informasi yang diperoleh dalam penelitian ini akan digunakan untuk menetapkan klon resisten dan klon rentan untuk digunakan dalam mempelajari ekspresi gen yang menyandikan ketahanan tanaman karet terhadap C. cassiicola. Nilai kemiripan genetik kesepuluh klon karet dihitung berdasarkan semua marka AFLP yang diperoleh dan selanjutnya digunakan untuk. membuat dendrogram dengan menggunakan Unweight Pair-Group Method Arithmetic (UPGMA) berdasarkan Numerical Taxonomy and Multivariate System(NTSYS) version 1.8 pc. Dengan menggunakan 10 pasang primer AFLP selektif diperoleh sebanyak 481 fragmen DNA, S 2037, PR 255 and BPM 1) to those susceptible clones was 88.0%. The lowest genetic similarity (85.5%) was found between RRIC 100 (resistant clone) and those three susceptible clones. By considering the distribution and the source of clones, AVROS 2037 (resistant) and PPN 2444 (susceptible) clones which have 88.0% genetic similarity will finally be selected for the expression study of the genes.

Pengaruh periode pra-kondisi dan penutupan sungkup terhadap daya hidup planlet karet (Hevea brasiliensis Muell. Arg) Effect of pre-condition period and vessel closure on the survival rate of rubber (Hevea brasiliensis Muell. Arg) plantlets Masna Maya SINTA; . NURHAIMI-HARIS; . SUMARYONO
E-Journal Menara Perkebunan Vol 81, No 1: Juni 2013
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

AbstractAcclimatization of plantlets is a critical stage in themicropropagation of many plants. An experiment wasconducted to determine the effect of pre-condition periodand vessel closure on the growth and survival rate ofrubber (Hevea brasiliensis Muell.Arg.) plantlets derivedfrom in vitro microcutting during acclimatization.Plantlets were planted in plastic pots containing mixedgrowing media after being conditioned in ex vitroenvironment for 0, 3 and 6 days. Five closure vesseltreatments were closed pots placed in opened container,opened pots in closed glass container, closed pots inclosed glass container, opened pots in closed plasticcontainer, and closed pots in closed plastic container.Observation on leaf conditions, rooting frequency, andplant height were conducted at 1.5 months and on thepercentage of survive plantlets at 1.5 and 3 months afteracclimatization. The results showed that pre-conditionwas required to increase survival rate and growth of theplantlets. Pre-condition period of six days gave a highersurvival rate than 0 and 3 days which reached 100% and93% on opened pot in closed plastic container and closedpot in opened container, respectively after 1.5 monthsand was reduced to 80% after three months ofacclimatization. The highest formation of new leaves androots were also obtained on six days pre-conditionperiod. Plantlets with pre-condition for six days and wereplanted on closed pots in an opened container had thebest rooting frequency which was 90%. The resultshowed that the highest survival rate (80%) of rubberplantlets after three months was obtained when theplantlets were pre-conditioned in ex vitro conditions forsix days before acclimatization and planted on openedpots in a closed plastic container or closed pots in anopened container.AbstrakAklimatisasi planlet merupakan tahap kritis dalammikropopagasi tanaman. Penelitian dilakukan untuk me-nentukan pengaruh periode pra-kondisi dan penyung-kupan terhadap pertumbuhan dan daya hidup planletkaret (Hevea brasiliensis Muell.Arg.) asal stek mikro (invitro microcutting) selama aklimatisasi. Planlet ditanampada pot plastik berisi campuran media tanam setelahdikondisikan lebih dahulu pada lingkungan luar selama 0,3 dan 6 hari. Lima perlakuan penyungkupan adalahpenanaman planlet pada pot tertutup diletakkan dalamwadah terbuka, pot terbuka dalam wadah kaca tertutup,pot tertutup dalam wadah kaca tertutup, pot terbukadalam wadah plastik tertutup dan pot tertutup dalamwadah plastik tertutup. Pengamatan keadaan daun, pem-bentukan akar dan tinggi tanaman dilakukan pada 1,5bulan, sedangkan persentase planlet yang hidup diamatipada 1,5 dan 3 bulan setelah aklimatisasi. Hasil penelitianmenunjukkan bahwa periode pra-kondisi diperlukanuntuk meningkatkan daya hidup dan pertumbuhanplanlet. Pra-kondisi selama enam hari memberikan dayahidup planlet lebih tinggi dibandingkan dengan 0 dan 3hari yaitu 100% dan 93% pada perlakuan penanamanpada pot terbuka dalam wadah plastik tertutup dan pottertutup dalam wadah terbuka setelah 1,5 bulan danmenjadi 80% setelah tiga bulan. Penambahan daun barudan pembentukan akar tertinggi juga terdapat padaperlakuan pra-kondisi enam hari. Perlakuan pra-kondisienam hari dengan pot tertutup yang diletakkan dalamwadah terbuka memperlihatkan persentase pembentukanakar yang paling baik yakni 90%. Hasil peneltian me-nunjukkan bahwa daya hidup planlet karet tertinggi(80%) pada umur tiga bulan diperoleh apabila planletdipra-kondisi pada lingkungan ex vitro selama enam hari,kemudian ditanam pada pot terbuka dalam wadah plastiktertutup atau pot tertutup dalam wadah terbuka.

Isolasi dan kloning fragmen cDNA dari tanaman karet dengan sifat resisten dan rentan terhadap Corynespora cassiicola menggunakan metode cDNA-AFLP Isolation and cloning of cDNA fragments from rubber plant with resistant and susceptible characters to Corynespora cassiicola using cDNA-AFLP method . NURHAIMI-HARIS; Antonius SUWANTO; Maggy T SUHARTONO; Hajrial ASWIDINNOOR
E-Journal Menara Perkebunan Vol 78, No 1: Juni 2010
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

AbstractLeaf fall disease caused by Corynespora cassiicola fungi is one of the most important diseases in rubber plant. Rubber clone AVROS 2037 is considered resistant to this pathogen while clone PPN 2444 is susceptible. These two rubberclones were used to identify genes or transcripts differentially expressed during interaction between rubber plants and the fungi, using cDNA-Amplified Fragment Length Polymorphism (cDNA-AFLP) method. Induced genes/transcripts expression was examined to compare differencies between plants uninfected and infected with C. cassiicola at 24, 36, 48 and 72 hours after inoculation. cDNA-AFLP analysis was performed using restriction enzyme VspI and TaqI so the adapters and primers also have the recognition site of these enzymes. By using 29 specific primers, 35 out of approximately 1450 fragments were differentially expressed between AVROS and PPN 2444 clones. All of these fragments were cloned and sequenced. The homology-based grouping of these sequences resulted in 19 contigs and nine individual sequences. Among these, 10 contigs and five sequences have significant sequence homology with known genes in gene bank data base, such as Ran binding protein, protein transporter and transcriptional regulators of some organisms; arginase, GTP-binding protein, heat shock protein (HSP) and aconitase. Ran binding protein, GTPbinding protein and protein transporter were known as membrane proteins while arginase and HSP usually expressed as a response to wounding or toxin treatment. The present of arginase is usually related to the availability of nitric oxide (NO) in plant tissue. NO is well known as a signal molecule on plant defense response. AbstrakPenyakit gugur daun yang disebabkan oleh fungi Corynespora cassiicola merupakan salah satu penyakit penting tanaman karet. Klon karet AVROS 2037menunjukkan sifat resisten terhadap patogen tersebut sedangkan klon PPN 2444 merupakan klon yang rentan. Kedua klon karet tersebut digunakan untuk mengidentifikasi gen atau transkrip yang diekspresikan secara diferensial selama terjadi interaksi antara tanaman karet dengan C. cassiicola menggunakan teknik cDNA-Amplified Fragment Length Polymorphism (cDNA-AFLP). Ekspresi gen/transkrip dipelajari untuk membandingkan perbedaan antara tanaman yang tidak diinfeksi dengan yang diinfeksi patogen pada waktu 24, 36, 48 dan 72 jam setelah inokulasi. Analisis cDNA-AFLP dilaksanakan dengan menggunakan pasangan enzim restriksi VspI dan TaqI sehingga adapter dan primer memiliki sekuen pengenalan kedua enzim restriksi tersebut. Dengan menggunakan 29 pasang primer spesifik, sebanyak 35 dari sekitar 1450 fragmen memiliki ekspresi berbeda antara klon AVROS 2037 dan PPN 2444. Semua fragmen yang berbeda tersebut kemudian diklon pada vektor kloning dan disekuen. Hasil sekuensing dikelompokkan berdasarkan homologi sekuennya dan menghasilkan 19 contigs serta sembilan macam sekuen yang tidak mengelompok. Sebanyak 10 dari 19 contigs dan lima dari sembilan sekuen tersebut memiliki homologi dengan produk gen yang telah dikenal yang terdapat di pangkalan data GenBank, seperti putative Ran binding protein, protein transporter, regulator transkripsi, arginase, GTP-binding protein, heat shock protein (HSP) dan aconitase. Beberapa di antaranya seperti putative Ran binding protein, protein transporter dan GTP-binding protein dikenal sebagai protein membran, sedangkan arginase dan HSP merupakan protein atau enzim yang ekspresinya pada tanaman antara lain dipengaruhi oleh adanya pelukaan dan perlakuan toksin. Keberadaan arginase sering berhubungan dengan ketersediaan nitric oxide (NO) pada jaringan tanaman. NO dikenal sebagai salah satu sinyal molekul dalam mekanisme pertahanan tanaman.

Physiological and biochemical changes in cocoa seed (Theobroma cacao L.) caused by desiccation Perubahan fisiologi dan biokimia benih kakao (Theobroma cacao L.) akibat desikasi Nurita TORUAN-MATHIUS; . RACHMAWATI-HASID; . NURHAIMI-HARIS; Tolhas HUTABARAT
E-Journal Menara Perkebunan Vol 68, No 1: Juni 2000
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Ringkasan Benih kakao tergolong rekalsitran, benihnya sensitif terhadap desikasi dan apabila disimpan pada kondisi yang menyebabkan kehilangan air, benih akan kehilangan viabilitasnya. Viabilitas benih kakao hanya dapat dipertahankan beberapa hari saja dalam keadaan terbuka pada suhu kamar. Hal ini merupakan kendala dalam penyimpanan dan pengiriman benih kakao. Tujuan penelitian ini adalah untuk menetapkan pengaruh desikasi terhadap karakter fisiologis dan biokimia benih kakao. Benih ICS 60 (kakao lindak) dan DR2 (kakao mulia) diletakkan dalam cawan Petri kemudian disimpan pada suhu 25oC dan Rh 55-75% selama empat hari. Percobaan dilakukan dengan rancangan petak terpisah, petak utama adalah kandungan air awal dan kritikal. Sebagai anak petak adalah jenis kakao, masing-masing diulang empat kali. Peubah fisiologis yang diukur adalah viabilitas benih mencakup kandungan air benih, potensi tumbuh maksimum, daya berkecambah, kecepatan tumbuh, bobot kering kecambah normal, dan laju pertumbuhan kecambah normal. Di samping itu juga dilakukan pengamatan pola pita protein benih yang dianalisis dengan SDS-PAGE. Kandungan asam absisik (ABA) dan gula stahiosa, raftnosa, glukosa, fruktosa, arabinosa, silosa, serta sukrosa dalam benih yang ditetapkan dengan HPLC Integritas membran benih ditetapkan berdasarkan daya hantar listrik air perendaman benih yang diukur dengan konduktometer. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa adanya interaksi yang nyata antara desikasi dengan seluruh tolok ukur fisiologis. Desikasi menyebabkan penurunan daya berkecambah, bobot kering dan laju pertumbuhan kecambah normal, potensi tumbuh maksimum dan kecepatan tumbuh. Sedang untuk, kandungan ABA, sukrosa, arabinosa dan rafinosa mengalami peningkatan. Di samping itu desikasi menyebabkan dibentuknya protein baru dengan BM 32,5; 47,0 dan 51,0 kDa (DR2); 47,0 dan 51,0 kD (ICS 60). Beberapa protein yang hilang oleh pengaruh desikasi yaitu dengan BM37, 0 (DR2), 19, 0 dan 37, 0 kD (ICS60). Benih ICS60 lebih tahan terhadap desikasi dibandingkan dengan benih DR2. Summary Seed of cocoa is recalcitrant and sensitive to desiccation. In open condition at room temperature, the viability of cocoa seed ultimately lost for several days. These characters are a problem for seed storage and delivery. The objectives of this study are to investigate the effect of desiccation on physiological and biochemical characters of cocoa seed. Seeds of ICS 60 (bulk cocoa) and DR2 (fine cocoa) were placed on Petri dishes and stored at 25oC, Rh 55-75% for four days (critical water content). The experiment was conducted with split plot analysis, (1) The main plot was the storage condition initial and critical seeds water content. (2) The sub plot was the variety of cocoa, with four replications of each treatment. The effect of desiccation on seeds viability was tested, based on seed water content, maximum growth potential, seed germination, germination rate, dry weight of normal seedling, and seedling growth rate. Besides, the changes of seed proteins band pattern were also analysed by SDSPAGE. Abscisic acid, stachyose, raffnose, fructose, arabinose, xyllose, and sucrose seed content were determined by HPLC. The integrity of seed membrane based on the leakage of electrolytes from seeds was measured with a CM 100 multicell conductivity meter. The results showed that there is an interaction with highly significant correlation between desiccation and all of the physiological and biochemical parameters. Desiccation caused the decrease of seed germination, dry weight and growth rate'of normal seedling, maximum growth potential, and germination rate and while the leakage of electrolytes, ABA, sucrose, arabinose and raffinose increased. Besides, desiccation was also caused the formation of new proteins with MW 32.5, 47,0 and 51,0 kDa (DR2); 47,0 and 51,0 kD ICS 60) . On the other hand, several protein were disappeared i.e. MW 37,0 (DR2), 19,0 and 37,0 kD (ICS60). Seeds of ICS 60 are more tolerant to desiccation than seeds of DR2.

Pengaruh elisitasi terhadap pertumbuhan dan produksi alkaloida kinolin dari akar rambut tanaman kina (Cinchona succirubra Pavon ex Klotzsch) Effect of elicitation on growth and alkaloid quinoline production in hairy root of cinchona plant (Cinchona succirubra Pavon ex Klotzsch) Nurita TORUAN-MATHIUS; . NURHAIMI-HARIS; Joko SANTOSO; . ADE-HERI
E-Journal Menara Perkebunan Vol 74, No 1: Juni 2006
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

Summary Manipulation to increase alkaloid producti-vity in hairy root can be done by elicitation with the addition of certain enzymes. The objective of this research is to find out the effect of elicitation by cellulase and pectyoliase enzymes on the productivity of Cinchona succirubra hairy root culture. Hairy root was cultured on ½ MS macro nutrient with the addition of 40 g/L sucrose and 7 g/L agar. Elicitation was done by the addition of cellulase and pectiolyase at the concentrations of 0; 0.05; 0.10; 0.50; 1.00; 3.00; 5.00; 10.00; 15.00; 20.00 and 25.00 mg/L, respectively.The effect of elicitation was analyzed by fresh weight of hairy root, and alkaloid content in four-month-old culture.The result showed that the best growth was obtained by the addition of 15 mg/L cellulase, with fresh weight as much as 920 mg. The addition of 10 mg/L pectyoliase increased hairy root fresh weight as much as 880 mg. The highest quinoline alkaloid production was obtained by the addition of 25 mg/L celluase (Quinine 580, quinidine 492, cinchonine 234, dihydroxyn-chonine 195 and cinchonidine 165 µg/g fresh weight) and 1 mg/L pectyoliase (Quinine 2363, quinidine 238, cinchonine 104, dihydroxyn-chonidine 138 and cinchonidine 1558 µg/g fresh weight).Ringkasan Manipulasi untuk meningkatkan produk-tivitas akar rambut dapat dilakukan di antaranya dengan elisitasi melalui penambahan enzim tertentu ke dalam medium. Tujuan penelitian ini adalah untuk menetapkan pengaruh elisitasi dengan penambahan selulase dan pektioliase terhadap produktivitas akar rambut tanaman Cinchona succirubra. Akar rambut tanaman Cinchona succirubradikulturkan dalam medium MS ½ hara makro dengan penambahan sukrose 40 g/L dan agar 7 g/L. Elisitasi dilakukan dengan penambahan selulase dan pektioliase masing-masing pada konsentrasi 0; 0,05; 0,10; 0,50; 1,00; 3,00; 5,00; 10,00; 15,00; 20,00 dan 25,00 mg/L. Peubah yang diukur adalah bobot basah akar rambut dan kandungan alkaloida kinolin pada kultur berumur empat bulan. Hasil yang diperoleh menunjukkan bahwa pertumbuh-an terbaik terjadi pada penambahan konsentrasi selulase 15 mg/L dengan bobot basah 920 mg dan pektioliase 10 mg/L dengan bobot basah 880 mg. Produksi alkaloida kinolin tertinggi diperoleh pada konsentrasi selulase 25 mg/L (kinin 580, kinidin 492, sinkonin 234, dihidrok-sinkonin 195 dan sinkonidin 165 µg/g bobot basah) dan pektioliase 1 mg/L (kinin 2363, kinidin 238, sinkonin 104, dihidroksinkonin 138 dan sinkonidin 1558 µg/g bobot basah).

Konstruksi pustaka cDNA dari daun klon karet AVROS 2037 yang diinfeksi patogen Corynespora cassiicola Construction of a cDNA library from leaf of AVROS 2037 rubber clone infected by Corynespora cassiicola pathogen . NURHAIMI-HARIS; Hajrial ASWIDINNOOR; Antonius SUWANTO; Maggy T. SUHARTONO; Nurita TORUAN-MATHIUS; Agus PURWANTARA
E-Journal Menara Perkebunan Vol 73, No 2: Desember 2005
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

SummaryConstruction of cDNA library derived fromtranscripts made under certain condition is animportant first step to understand diseaseresistant mechanisms. To identify rubber genesor transcripts involved in defense responsetoward Corynespora cassiicola, cDNA librarywas constructed using rubber clone AVROS2037, one of resistant clone to this pathogen.cDNA library was constructed based on thestrategy of leaves infection using conidia, withthe assumption that transcript expression relatedto defense response would be induced bypathogen infection. RNA was isolated from leavesthree days after inoculation with conidia ofC. cassiicola. Steps involved in the cDNA libraryconstruction were RNA isolation, mRNApurification, cDNA synthesis, vector modifcation,cDNA insert ligation, plasmid transformation andclone verifications. Each gram of leaf producedapproximately 300  g RNA, and 0.25% of themwas mRNA. The mRNA was used to synthesizedcDNA. Ligation of cDNA and modified vectorwas facilitated by restriction enzyme SfiI. Theconstructs were transformed into the E. coliDH5 competent cells. A total of 8000 colonieswere produced. Random examination of 270colonies showed that approximately 93% of thesecolonies carried plasmid vector with DNA insertsize of 200 – 2000 bp, with average size of 500 –800 bp. cDNA library construction of rubberleaves from AVROS 2037 clone as well as somenecessary modification steps are presented in thispaper.RingkasanKonstruksi pustaka cDNA yang me-ngandung transkrip yang diekspresikan dalamkondisi tertentu merupakan tahap awal yangsangat penting dalam berbagai studi biologi.Untuk mengidentifikasi gen karet atau transkripyang berperan dalam respons pertahanan tanamankaret terhadap Corynespora cassiicola, pustakacDNA dibuat dengan menggunakan daun klonAVROS 2037 yang merupakan salah satu klonresisten terhadap patogen tersebut. PustakacDNA dibuat berdasarkan strategi menginfeksidaun dengan konidia C. cassiicola denganpertimbangan bahwa ekspresi transkrip yangberperan dalam respons pertahanan akandiinduksi oleh adanya infeksi patogen. Dengandemikian pustaka cDNA yang dibuat diharapkanmengandung gen atau bagian gen yang ber-hubungan dengan respons pertahanan. RNAdiisolasi dari daun setelah daun diinokulasiselama tiga hari dengan konidia C. cassiicola.Beberapa tahapan telah dilakukan, dimulaidengan isolasi RNA, pemurnian mRNA, sintesiscDNA, modifikasi vektor kloning, ligasi fragmencDNA utas ganda dengan vektor kloning sertatransformasi hasil ligasi ke bakteri Escherichiacoli DH5 kompeten. Dari setiap gram jaringandaun berhasil diisolasi RNA sekitar 300 g, dandari jumlah tersebut sekitar 0,25% mRNA dapatdiisolasi. mRNA yang diisolasi digunakan untuksintesis cDNA. cDNA dipotong dengan enzimrestriksi SfiI dan diligasi ke vektor plasmid yangdimodifikasi dengan menyisipkan situs enzimSfiI. cDNA-vektor rekombinan ditransformasi kedalam sel bakteri E. coli DH5 kompeten meng-gunakan metode standar. Transformasi konstrukini menghasilkan 8.000 koloni. Pengujian PCRterhadap 270 koloni yang dipilih secara acakmengindikasikan bahwa sekitar 93% kolonitersebut membawa cDNA sisipan dengan ukuranfragmen cDNA yang menyisip berkisar antara200 sampai 2000 bp. cDNA sisipan terbanyakterdapat pada ukuran antara 500 – 800 bp. Dalamtulisan ini dibahas tahap demi tahap proses yangdilakukan untuk membuat pustaka cDNA asaldaun karet klon AVROS 2037 serta beberapamodifikasi yang diperlukan.

Daya hidup planlet karet asal in vitro microcutting pada berbagai periode penutupan sungkup plastik dan komposisi media tumbuh Survival rate of in vitro microcutting-derived rubber plantlets on various plastic cover closed periods and medium compositions . SUMARYONO; Masna Maya SINTA; . NURHAIMI-HARIS
E-Journal Menara Perkebunan Vol 80, No 1: Juni 2012
Publisher : INDONESIAN RESEARCH INSTITUTE FOR BIOTECHNOLOGY AND BIOINDUSTRY

AbstractIn vitro culture through microcutting technology can be used for clonal propagation of rubber (Hevea brasiliensis Muell. Arg.) rootstocks. Acclimatization of in vitro plantlets to ex vitro conditions is a major bottleneck in the micropropagation of many plants.This research was conducted to study the effect of plastic cover closed period and media composition on the survival rate of rubber plantlets. Plantlets derived from microcutting were planted on plastic pots containing a mixture of soil, cocopeat, dung manure, and sand or zeolite. The plantlets were then placed inside a closed transparent plastic cover that opened after 2, 3, 4 and 6 weeks. The cover was placed under tree canopy. The second experiment used the same media composition with or without cocopeat and with sand or zeolite. At 1.5 month after culture, observation was done on the number of survived plantlets, plantlet height and the percentage of rooted plantlets. The results show that the best coverclosed period was six weeks and the best growing medium was a mixture of soil, cocopeat, dung manure, and zeolite (6:2:1:1v/v). On the two combined treatments, the survival rate was 73.3% after 1.5 month of acclimatization. The use of zeolite and a higher soil percentage gave positive influences on rubber plantlet survival rate. The second experiment results confirmed that the use of zeolite was better than sand and the use of cocopeat was definitely needed. It can be concluded that the best of acclimatization of rubber plantlets from microcutting was on a medium mixture of soil, cocopeat, dung manure, and zeolite (6:2:1:1) and placed inside a closed plastic cover for six weeks before the cover was opened gradually. AbstrakKultur in vitro melalui teknologi microcutting dapat digunakan untuk perbanyakan klonal batang bawah tanaman karet (Hevea brasiliensis Muell. Arg.). Aklimatisasi planlet in vitro ke kondisi ex vitro merupakan hambatan utama pada mikropropagasi berbagai jenis tanaman. Penelitian ini dilakukan untuk mempelajari pengaruh lama penutupan sungkup plastik dan komposisi media tumbuh terhadap daya hidup planlet karet. Planlet karet asal microcutting ditanam pada pot plastik berisi media dengan berbagai campuran tanah, cocopeat, pupuk kandang, dan pasir atau zeolit. Planlet selanjutnya diletakkan di dalam sungkup plastik transparan tertutup rapat yang dibuka setelah 2, 3, 4 dan 6 minggu. Sungkup plastik diletakkan di bawah tajuk pepohonan. Percobaan kedua menggunakan komposisi media serupa dengan atau tanpa cocopeat dan dengan pasir atau zeolit. Pada umur 1,5 bulan, pengamatan dilakukan terhadap jumlah planlet yang hidup, tinggi planlet, dan persentase planlet yang berakar. Hasil penelitian menunjukkan bahwa lama penyungkupan terbaik adalah enam minggu dan media tumbuh terbaik adalah campuran tanah, cocopeat, pupuk kandang, dan zeolit (6:2:1:1 v/v). Pada kombinasi kedua perlakuan tersebut, daya hidup planlet karet mencapai 73,3% setelah 1,5 bulan aklimatisasi. Penggunaan zeolit dan persentase tanah yang lebih tinggi berpengaruh positif terhadap daya hidup planlet karet. Hasil percobaan kedua menegaskan bahwa penggunaan zeolit lebih baik daripada pasir dan penggunaan cocopeat mutlak diperlukan. Dapat disimpulkan bahwa aklimatisasi planlet karet asal microcutting terbaik dilakukan pada media campuran tanah, cocopeat, pupuk kandang, zeolit (6:2:1:1) dan diletakkan di dalam sungkup plastik tertutup selama enam minggu sebelum sungkup dibuka secara bertahap.

Title

Found 22 Documents
Search

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title Search

Found 22 Documents Search

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Abstract

Title

Found 22 Documents
Search