Article Per Year (5 Year)
p-Index From 2020 - 2025
0.408
P-Index
This Author published in this journals
All Journal JURNAL PENDIDIKAN MIPA Spizaetus: Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi
Marsiana Coo Mogi
Universitas Nusa Nipa
Agriculture, Biological Sciences & Forestry Biochemistry, Genetics & Molecular Biology Education Immunology & microbiology Mathematics Social Sciences Other

Published : 2 Documents Claim Missing Document
Claim Missing Document
Check
Articles

Found 2 Documents
Search

 1 
Eksplorasi Senyawa Kulit Kopi sebagai Anti Covid-19 Melalui Penghambatan 3C-Like Protease Yohanes Bare; Frederiksen Novenrius Sini Timba; Maria Marcelina Dua Nurak; Marsiana Coo Mogi
JURNAL PENDIDIKAN MIPA Vol 12 No 2 (2022): JURNAL PENDIDIKAN MIPA
Publisher : Pusat Publikasi Ilmiah, STKIP Taman Siswa Bima

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.37630/jpm.v12i2.563

Abstract

Corona virus 19 menjadi pandemic di dunia saat ini, oleh karena itu perlu dilakukan terapi sehingga menurunkan prevalensi di Indonesia dengan menghambat protein yang terlibat dalam virus corona (3CL Protease). Salah satunya pemanfaatan bahan alam yang tidak terpakai. Kulit kopi merupakan material sisa dari pengolahan biji kopi. Satu ton ampas kopi akan terbentuk dari 2 ton kopi yang diproduksi dan berdampak terhadap masalah lingkungan. Kulit kopi memiliki berbagai macam senyawa yang masih dibutuhkan. Produksi kopi Tujuan penelitian ini adalah pemanfaatan bahan aktif kulit kopi sebagai nutrisi tingkat gen dengan menghambat kinerja 3C-like protease (3CLPro). Metode penelitian in silico, senyawa kulit kopi Hexosa (ID. 206), Malic acid (ID. 525), D-manitol (ID. 88038555) diunduh dari PubChem, protein 3CL Protease diunduh dari database protein data bank (PDB) dengan ID 2zu2 diimport ke software Molegro virtual docker 5 dan dilakukan preparasi. Selanjutnya protein target diprediksi cavity (sisi aktif protein) dengan parameter expand van der Waals maximum 10. Hasil docking dilakukan superimposed dengan protein yang telah dipreparasi menggunakan software PyMol. Visualisasi hasil docking dilakukan menggunakan perangkat lunak HEX 8.0.0.0. Hasil penelitian senyawa yang terkandung dalam kulit kopi memiliki potensi sebagai anti covid-19, hal ini dibuktikan dengan aktivitas senyawa Hexosa, Malic acid, D-manitol yang mengikat masing-masing enam residu asam amino. Pengikatan terhadap delapan belas residu asam amino yang berbeda diprediksi menjadi alternatif nutrisi dengan menghambat 3CL Protease.
Interaksi Molekuler Senyawa D-Manitol (Kulit Kopi) terhadap PLPro Yohanes Bare; Frederiksen Novenrius Sini Timba; Maria Marcelina Dua Nurak; Dewi Ratih Tirto Sari; Marsiana Coo Mogi
SPIZAETUS: JURNAL BIOLOGI DAN PENDIDIKAN BIOLOGI Vol 3, No 3 (2022): Spizaetus: Jurnal Biologi dan Pendidikan Biologi
Publisher : Universitas Nusa Nipa

Show Abstract | Download Original | Original Source | Check in Google Scholar | DOI: 10.55241/spibio.v3i3.79

Abstract

Perkembangan virus dalam proses replikasi menjadi target dalam menghambat siklus hidup virus. Protein yang memiliki peran dalam replikasi adalah PLPro. Terapi PLPro dilakukan dengan memanfaatkan limbah kopi yang diprediski memilki bioaktif D-manitol dengan sifat farmakologis. Tujuan penelitian ini adalah mengalisis potensi senyawa D-manitol yang terkandung dalam kulit kopisebagai kandidat terapi corona melalui penghambatan PLPro. Metode penelitian Ligan D-manitol (CID: 88038555) sedangkan Protein Papain like protease (PLPro) (PDB ID 6w9c), sebagai target protein anti-coronavirus diunduh struktur tiga dimensinya di Protein Data Bank. Selanjutnya struktur protein dipreparasi protein atau ligan, docking, visualisasi mengikuiti penelitian. Hasil docking senyawa dan protein menggunakan program PyMol versi 2.2. analisis docking dilakukan dengan mengeksplorasi interaksi kompleks baik 3D dan 2d, jenis ikatan, jumlah interaksi. Analisis menggunakkan program Discovery Studio ver 21.1.1.). Senyawa D-manitol memiliki potensi sebagai salah satu terapi covid-19 melalui penghambatan PLPro sehingga menyebabkan terhambatnya replikasi virus corona. Potensi ini didukung dengan adanya energi ikatan yang terbentuk sehingga meningkatkan stabilitas ikatan sebesar -156 Kj/mol. Penelitian lanjutan perlu dilakukan untuk konfirmasi terhadap aktivitas D-manitol sebagai terapi virus.
Co-Authors Bare, Yohanes Frederiksen Novenrius Sini Timba Maria Marcelina Dua Nurak Sari, Dewi Ratih Tirto