Aturan dan ketentuan protokol kesehatan, terkait persiapan Pembelajaran Tatap Muka (PTM) terbatas, berdasarkan Surat Keputusan Bersama (SKB) 4 Menteri, sekolah wajib memenuhi daftar periksa dan warga sekolah menerapkan protokol kesehatan yang ditetapkan oleh pemerintah, agar pelaksanaan pembelajaran berjalan aman dan selamat selama pandemi COVID-19. Berdasarkan tinjauan tersebut maka perlu dilakukan analisa mengenai penerapan protokol kesehatan sekolah dalam menghadapi pembelajaran tatap muka di sekolah dasar di masa pandemi COVID-19. Desain penelitian menggunakan survey deskriptif. Sampel penelitian yaitu 3 kepala sekolah, 9 guru, 3 tenaga kependidikan, 120 siswa dan 122 orang tua/wali. Teknik pengumpulan data menggunakan kuesioner melalui link google form. Analisis data univariat untuk menggambarkan kegiatan responden dalam penerapan protokol kesehatan. Data dianalisis dengan pedoman skoring kategorisasi menggunakan distribusi frekuensi dan persentase. Hasil penelitian, seluruh sekolah memiliki ketersediaan dan pengaturan sarana dan prasarana sekolah, ketersediaan data warga sekolah, data tugas satuan tugas COVID-19 sekolah berada dalam kategori sangat baik. Kategori penerapan protokol kesehatan warga sekolah, 100% kepala sekolah sangat baik, 100% guru sangat baik, 66,67% tenaga kependidikan sangat baik, 97,5% siswa sangat baik dan 97,5% orang tua/wali siswa sangat baik. Diperlukan upaya pemberian vaksinasi COVID-19 dalam upaya peningkatan penerapan protokol sekolah kepada warga sekolah, agar pembelajaran berjalan dengan aman dan selamat.