Dalam kajian ini penulis mencoba mengangkat pengelolaan pondok pesantren dalam mengembangkan pendidikan Agama Islam. Yang menjadi kajian dalam tulisan ini adalah pengembangan Pendidikan Agama Islam di Pesantren. Metode peneliitian yang digunakan adalah kualitatif deskriptif. Pendekatan ini lebih dideskripsikan dan diklasifikasikan sesuai dengan kondisi penelitian. Selain itu penulis juga menggunakan pendekatan penelitian kepustakaan atau library research. Dari hasil kajian ini menunjukkan bahwa pengelolaan pesantren dalam mengembangakan pendidikan agama Islam memiliki dua model pengembangan, yaitu: pesantren Salaf yang masih memiliki nilai-nilai tradisi sistem pendidikan Islam masa lampau dengan menggabungkan sistem baru seperti madrasah dan pesantren khalaf atau modern dengan sistem pengelolaan modern namun memasukkan nilai-nilai keislaman dalam manajemennya.