Muhammadiyah didirikan pada saat kondisi pendidikan pemerintah kolonial yang diskriminatif dan kondisi pendidikan Islam yang memprihatinkan. Kondisi tersebut mendorong KH. Ahmad Dahlan untuk menyelenggarakan sekolah Muhammadiyah, yang memadukan pengetahuan umum dengan pengajaran agama. Hal ini bertujuan untuk memberi keseimbangan antara kecerdasan intelektual dengan kecerdasan spiritual pada siswa. Pendidikan karakter KH. Ahmad Dahlan didasarkan pada ajaran Islam, yaitu iman, ilmu, dan amal. Pada prinsipnya, agama bukan sekedar sebagai pengetahuan saja, tetapi harus sampai pada amalan. KH. Ahmad Dahlan menolak sistem pendidikan pemerintah kolonial Belanda saat itu, yang diskriminatif dan sangat intelektualis. Selain itu, KH. Ahmad Dahlan menganggap penting dilaksanakannya pendidikan yang bersifat menyeluruh, yang dilaksanakan dalam sistem pondok, dan dikelola dengan prinsip kekeluargaan. Melalui sistem pondok, dengan kebersamaan guru dan murid setiap harinya, secara tidak langsung anak tidak hanya belajar dari buku-buku pelajaran, tetapi juga melalui kehidupan yang mereka alami sehari-hari. Pendidikan karakter berbasis agama dalam pendidikan akhlak menurut KH. Ahmad Dahlan sesuai dengan karakteristik masyarakat Indonesia yang berbasis agama dan budaya, jika diterapkan saat ini selaras pula dengan desain induk pendidikan karakter yang dikembangkan oleh pemerintah.