Disfungsi Pengadilan HAM di Indonesia tercermin dari minimnya perkara pelanggaran HAM berat yang berhasil diputus di meja hijau. Sebagai negara hukum yang mengamanatkan perlindungan HAM melalui konstitusi, Indonesia telah membentuk instrumen yuridis khusus melalui Undang-Undang Nomor 26 Tahun 2000 tentang Pengadilan HAM. Namun, dalam implementasinya, institusi ini justru mengalami stagnasi yang signifikan, sehingga gagal dalam memenuhi harapan menuntaskan kejahatan luar biasa (extraordinary crime). Penelitian ini menggunakan metode Penelitian Normatif dengan Pendekatan Perundang-Undangan dan Pendekatan Konseptual. Hasil penelitian menunjukkan bahwa disfungsi Pengadilan HAM di Indonesia disebabkan oleh faktor-faktor struktural dan sistemik yang saling berkaitan. Pertama, terdapat problematika prosedural berupa ketidaksinkronan standar pembuktian antara Komnas HAM selaku penyelidik dan Kejaksaan Agung selaku penyidik. Perbedaan penafsiran terhadap standar "bukti permulaan yang cukup" dan "bukti yang cukup" mengakibatkan fenomena pengembalian berkas perkara secara berulang yang menciptakan ketidakpastian hukum dan menghambat proses pro-justitia. Kedua, adanya hambatan politik dalam mekanisme pembentukan Pengadilan HAM Ad Hoc. Pasal 43 ayat (2) Undang-Undang Nomor 26 Tahun 2000 memberikan kewenangan kepada DPR untuk mengusulkan pembentukan pengadilan, yang mengakibatkan proses penegakan hukum tersubordinasi oleh kepentingan politik praktis di parlemen. Ketiga, keterbatasan kompetensi serta integritas aparat penegak hukum dalam memahami paradigma kejahatan sistemik berdampak pada lemahnya tuntutan dan putusan yang dihasilkan. Implikasi dari disfungsi ini adalah langgengnya budaya impunitas di Indonesia, di mana aktor-aktor yang diduga terlibat dalam pelanggaran HAM berat terhindar dari pertanggungjawaban hukum. Hal ini secara langsung menutup akses korban terhadap hak restitusi, kompensasi, dan rehabilitasi yang secara administratif memerlukan putusan pengadilan yang berkekuatan hukum tetap. Penelitian ini merekomendasikan adanya reformasi hukum melalui revisi Undang-Undang Nomor 26 Tahun 2000, khususnya untuk memperjelas batas kewenangan antarlembaga penegak hukum dan mereduksi peran institusi politik dalam mekanisme yudisial guna menjamin independensi peradilan dan pemenuhan rasa keadilan bagi korban.