Sumber daya manusia dianggap sebagai aset utama sebuah organisasi dalam mencapai tujuan. Politeknik Pelayaran Sulawesi Utara secara aktif terus berbenah setelah pandemi COVID-19, namun masih terasa adanya penurunan kinerja pegawai. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis hubungan antara kompensasi dan motivasi terhadap disiplin kerja dan kinerja pegawai. Sampel penelitian berjumlah 175 pegawai, dengan analisis menggunakan metode Partial Least Squares – Structural Equation Modeling (PLS-SEM) melalui SmartPLS 4.0. Hasil penelitian menunjukkan bahwa kompensasi, motivasi, dan disiplin kerja memiliki pengaruh positif dan signifikan terhadap kinerja pegawai, masing-masing sebesar 19,9%, 22,5%, dan 45,6%. Selain itu, disiplin kerja terbukti memediasi pengaruh kompensasi dan motivasi terhadap kinerja pegawai dengan sangat signifikan. Temuan ini menegaskan pentingnya melakukan peningkatan kompensasi dan motivasi kerja guna memperkuat disiplin dan kinerja pegawai di Politeknik Pelayaran Sulawesi Utara