Salah satu kendala kultur jaringan kelapa sawit yaitu adanya risiko kontaminasi mikroorganisme pada setiap prosesnya. Kontaminasi mikroorganisme pada proses kultur dapat menghambat pertumbuhan dan perkembangan eksplan bahkan kegagalan tumbuh. Jenis – jenis kontaminasi yang sering ditemukan dalam kultur jaringan adalah bakteri dan jamur. Mikroorganisme kontaminan dapat tumbuh dengan baik pada media kultur jaringan karena terdapat kandungan nutrisi didalamnya. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui jenis kontaminasi mikroorganisme pada kultur jaringan kelapa sawit sehingga dapat ditentukan pengendalian kontaminasi yang sesuai dan tepat sasaran. Metode penelitian menggunakan metode purposive samping yang meliputi kriteria sampel, seleksi sampel, verifikasi sampel yang selanjutnya dilakukan isolasi, pemurnian, serta identifikasi dan pengamatan mikroskopik/makroskopik. Hasil penelitian menunjukan dua genus teridentifikasi dari isolat fungi yaitu Aspergillus sp. dan Penicillium sp. melalui pengamatan mikroskop dengan perbesaran 1000x. Selain itu, isolat bakteri teridentifikasi 4 isolat Gram negatif dan 1 isolat Gram positif melalui uji gram menggunakan KOH 3%. Kelimpahan tertinggi isolat bakteri terdapat pada sampel 3 dengan nilai 2,9 x 105 CFU/mL. Morfologi mikroskopik teridentifikasi bulat (coccus), batang (basil) dan spiral. Pengendalian mikroorganisme dilakukan dengan penggunaan antibiotik yaitu Tetracycline, Ciprofloxacin, dan Kanamycin serta penggunaan antifungal yaitu fluconazole dan ketoconazole. Pencegahan mikroorganisme dilakukan dengan sterilisasi alat dan bahan, pemilihan zat sterilan, teknik sterilisasi, kondisi ruang kultur yang bersih, pemantauan dan pemisahan kultur terkontaminasi secara berkala.